一八九二年，孙中山想当一名学者的愿望实现了。当时，在原来的十二名学生中，只有他和另外一个人完成了学业。他的成绩最好，得奖最多。然而，在这成功的时刻，他又必须面对另外一个难题，这就是他不愿放弃自己的政治抱负。
甚至在学校创办时，在教会圈子里就有一些人对此持怀疑的态度。一八八七年，《中华基督教医学报》就对是否会有足够的具有英语知识的中国学生愿意学医表示怀疑。因为少数懂得英文的人，在商业或是在外交使团和海关机构中，能得到更多的收入。第一个班级中只有这样少的人毕业，这个事实似乎证实了这种担心。
但是，更重要的是，由欧洲人培养出来的中国医生到底有没有出路？在香港或者上海这样的地方机会尚且有限，何况别处？由于大多数中国人不愿花钱看西医，所以一些外国人觉得，在今后许多年内西医最好是由教会赞助。
此外，这个医科学校的课程没有完全按照英国的标准，所以该校的毕业文凭不被香港医学总会所承认。虽然孙中山是“从香港西医书院领有准许内、外科开业行医证书的人”，但这种证书没有给他签发出生和死亡证明的权利，也没有给他任何法律上的保护。然而，他倒可以享有“对草药医生的有限保护和承认”。也就是说，虽然他学的是西医，但在法律上只有一个普通的中国草药医生的地位，而后者是根本不需要毕业文凭的。
孙中山明白这些障碍，他只好开业当中医。但他的老师们说，他不是培养出来干这种事的，所以他就以把两种医学结合起来作为妥协。他依靠几位中国绅士的帮助，在靠近家乡的澳门开办了“中西药局”。他在这里既配制传统的中草药，也配制新式的西药。他向传统的中国医院——一八七一年在华侨帮助下建于澳门的镜湖医院借钱，作为他这个冒险事业的资金。他支付利息的办法是：免费给医院配药，免费治疗医院的病人。这就给了他实习新式外科医术的机会，如果遇到困难的手术，康德黎博士便从香港来帮助他。据说，他是一位熟练的外科医生。
然而，如果英国人并不完全承认他的西医资格，按照葡萄牙人的规定，他的地位更是岌岌可危了。那些葡萄牙医生，他们垄断了这个殖民地的西医业务，把他视为职业上的威胁，借口他没有葡萄牙的学位，怂恿澳门当局禁止他营业。真正的原因，大概是由于在这两个殖民地的医务当局之间缺乏相互的承认。因为葡萄牙人也和其他持有外国学位的人一样，不准在香港行医，所以澳门政府也没有义务承认香港的医学文凭，特别是这种连英国标准也不符合的文凭。
孙中山在澳门开业行医（中西医）后不久，地方当局就取消了他治疗葡萄牙病人的资格；后来，他们又进一步禁止一切药房给外国医生开的处方配药。这显然是一般的指示，并非针对孙中山的，但这样一来，孙中山作为一个西医就受到了限制，因为没有采取步骤禁止孙中山当中医，所以不能确知他的中西药局是否当即关了门。但不管怎样，孙中山在澳门开业的时间足够使他同当地一家葡萄牙人结下了珍贵的情谊，几年后当广州密谋遭到失败时，孙中山曾在他的家里避难。
在澳门的挫折并未阻止孙中山继续行医。一八九三年他迁到广州，在这里他又尝试把中西医结合起来。他在这个省会中心的一家商店里设下诊所，同时又在城西开设一家“东西药房”。担任该药房司理的是他从前在广州博济医校的一个同学。此后，他和他的老师区凤墀的女婿尹文楷医生合作，在靠近香山县属的石岐镇分设了一个药局。由于孙中山集中力量办诊所，各个药房又经营中药，他的事业一开始就取得成功，他的医术也不久就有了名气。然而，据陈少白说，孙中山花钱太快，不久经济上就遇到了困难。
虽然这几年孙中山献身于医学，但他并未忘记自己的政治抱负。在一八九二年，他在澳门处于进退两难的时候，他在自己的村子里又开始了炸弹试验。次年，他又恢复了他的讨论小组的活动，这个小组包括尤列、陈少白、郑士良和陆皓东，他甚至首次提出了成立一个名叫兴中会的反满组织的建议。在这重新恢复政治兴趣的同一时期，他当上了葡萄牙文周报中文副刊的匿名编辑，这个周报是他的朋友佛兰德斯在澳门出版的。该刊在华侨中流传，据说上面有激烈的反满宣传。根据这些轶事，持有同情态度的传记作者相信了孙中山的这种说法，即他那时行医的主要目的是为了推进革命事业。