对马来亚的渗透虽然直到一九○五年以后才有了明显的效果，但它揭示了下层华侨潜在的爱国心。它也表明《苏报》案的广泛影响，由于《苏报》案，才对邹容的小册子发生兴趣。但是，对马来亚的渗透运动是尤列用了多年的时间才苦心发起的。孙中山从来没有对哪一个华侨社会进行长期的组织工作。他总是又急又猛，企图把网一下子铺开，但一旦有了以他的名义行事的组织者和鼓动者之后，他就撇下不管了，因此他撒在海外的网是很容易破的。后来，当他有了足够的活动分子来巩固他的组织之后，哪怕他只是在一个海外团体中露一下面，便会激起对他的慷慨支持。然而，他在这个时期在河内消磨了半年是得不偿失的，就在这个时候，他错过了东京的许多激动人心的事件，包括对《苏报》案的反响。
这时在香港，孙中山在党内主要对手谢缵泰，在孙中山和当地兴中会都不知道的情况下，在广州又布置了一次行动。谢缵泰和他的父亲曾同一个名叫洪全福的人相熟，此人是洪秀全的从侄，太平天国的一个老革命战士。洪全福隐居香港，是个医生，他答应在李纪堂提供资金的条件下，建立一支三合会武装。虽然孙中山在去河内的途中经过香港，但是直到他到了安南之后才知道这个件事。这完全是谢缵泰的一次表演，但剧情对孙中山来说并无惊奇之处。三合会的一班无赖之徒、传教士、买办和教徒，包括一些惠州起义的老兵都被收罗进来。计划制定在旧年除夕攻打广州。香港报界再次进行合作，帮助谢缵泰起草了《对外宣言》。伦敦《泰晤士报》有影响的马礼逊也答应支持。但是，谢缵泰宣称他要在占领广州后让容闳担任“临时政府”大总统。
但是，香港警察在二十四日突然搜查了谋反者的总部并通知了广州衙门，后者便及时地制止了起义。一八九五年，孙中山的同伙曾想用水泥桶偷运枪械；这次，他以前的同伙则把武器装在棺材里埋在广州北门附近。李纪堂在这次起义中捐献了五十万元，远比惠州起义时为多。也许这个数字有所夸大，但后来李纪堂的确破产了。谋反者至少有价值十八万元的军火。中国当局认为，这是孙中山的一个同广西谋反者有关联的计划。他们还注意到有大批基督教徒参加甚至谴责有名的何东参与了这个密谋。何东也是香山人，他毕业于皇仁书院，被提升为怡和洋行买办，支配着他自己的一个强有力的财团，这个财团在中国有着广泛的影响。何启虽然没有被提到，但他的文学之交胡礼垣却列在清政府的嫌疑犯名单上。
由于此次失败，谢缵泰退出舞台，“使孙逸仙博士和他的追随者不再受他掣肘”。他下定决心，此后要在香港英文报纸的专栏上鼓吹“革新”和“独立”。
孙中山回到横滨后，发现只有约十位华侨仍是忠诚的。兴中会的建立从来就不可靠，保皇会的侵害更使它削弱。然而，在学生和流亡者这方面，情况有所改善。黄宗仰，这个从前上海教育会的合伙者和《苏报》案的逃亡者，在孙中山的住宅中得到了一套房间。黄宗仰和其他能够克服自己的偏见并同孙中山建立了密切关系的文人学士一样，对孙中山有深刻印象，俩人成了亲密的朋友。以前《苏报》的发行人陈范也在横滨避难，开始同孙中山交换政治观点。至于学生，现在经常来访的有数十名之多，其中有马君武、杨守仁以及两个热心的广东人胡毅生和廖仲恺。廖仲恺生于旧金山，一九○二年到日本，在早稻田和中央大学学习，后来他成为孙中山的主要助手和外交思想方面的重要顾问。
一些学生开始劝孙中山扩大兴中会，但是他要等待一个适当的时机。现在，那些自费留学生发现要进入成城学校很难，孙中山决定亲自训练他们。他的日本朋友日野熊藏少佐曾和他一起研究过布尔人的战术。日野是日本最高司令官的心腹，他得到另一个日本军官的帮助，帮助孙中山的追随者在青山创办了一所秘密的军事学校。一九○三年八月，为期八个月的第一个班级开学了。显然，这桩冒险事业是得到犬养的支持的，后者曾接待过孙中山及其年轻朋友的来访。学校的学科包括军事科学，重点是布尔人的战术，孙中山认为这种战术最适合中国的革命，还有就是学习制造枪械这门学科。
李自重的入学是一个值得注意的动向。李自重是冯自由的内弟，是香港“保险大王”、近代商业最早创办者李煜堂的儿子。年轻的李自重是以学生的身份在东京露面的，他和在旧金山出生的廖仲恺以及在他们之前的冯自由和王宠惠是华侨被近代教育和民族主义所吸引的象征，这两种力量将把他们同士绅家庭的子弟结合在一起。