章炳麟的称赞文章在《苏报》发表后，立即引起人们对《革命军》的注意。因为政府千方百计要超越公共租界的司法权限，惩办邹容和其他几个反满运动的魁首，使邹容及其《革命军》获得了更大的声誉。六月二十一日，中国当局要求逮捕蔡元培、吴稚晖、钮永建、汤尔和这四个煽动者。后来，这个名单又增加了章炳麟、陈范和邹容。外国领事们倾向于中国当局，但受到上海外文报纸支持的工部局则予以抵制。一九○三年六月二十九日达成了一个协议，租界巡捕试图在苏报社和爱国学社捕人。但这时大多数被告都不在场。蔡元培约在十天前到青岛去了，除了吴稚晖前往伦敦外，其他人都在赴日本的途中。只有章炳麟和他的学生不想逃避法网。章炳麟在二十九日被捕，两天后，邹容自行投案。他投案的理由，是想照料章炳麟，但他这种目光短浅的做法，实际上对章毫无帮助。
七月七日，《苏报》和爱国学社被封闭，当章炳麟、邹容和其他四人被囚于公共租界监狱时，中国当局为引渡他们进行了半年之久的外交斗争。北京政府完全明确地指出租界不是外国的殖民地，外国只有处理它的罪犯的司法权。张之洞很得体地说，他想起了他在一九○三年处理汉口起义者的经验。那时，英国领事毫不迟疑地交出了在租界里抓到的犯人，张之洞把这看成一个先例。他严厉地指出，外国人欲谋私利亦自知“理屈”。他指责外国意在把他们的主权扩大到租界，使之变成外国的领土。实际上，这的确是工部局一直孜孜以求的，这个具体案件，不过是工部局为了在公共租界内享有对中国人的司法权和中国当局进行的长期拔河比赛的又一个回合罢了。
虽然其他外国领事，都表示同意中国的要求，但英国因其在公共租界占有最大的利益，拒绝移交这些犯人。对中国当局来说，不幸的是，他们最近残暴地对待政治犯的例子，使英国的抵制变得强硬起来，或者至少为它提供了一个借口。就在这一年，沈荩，一个曾支持过唐才常的记者，在北京被捕并被鞭打至死。但主要的争端仍然是司法权，这是这个时期的一种奇怪现象，中国的民族主义者如章炳麟、邹容以及在他们之前的孙中山和康有为，都指责帝国主义侵犯中国的主权，但这些人都得到帝国主义国家的保护。
这个案件最后在一九○三年十二月移交给会审公廨。按早先的协议，这个机构对在租界内犯法的或是被外国人起诉的中国人都有裁判权。在前一种情况，由一个中国地方法官单独审理案件，但是习惯上有一个外国陪审推事列席审判。按条约规定，这个具体案件应单独由中国地方法官审判，但是，一个英国陪审推事却僭取了最高裁判权，而他的两个中国同僚，即地方法官和会审公廨的地方法官，主要只起咨询的作用。此外，这个案件虽然是按中国的法律进行审判，但原告和被告都由英国律师代表。被告则被控进行煽动诽谤。
尽管章太炎和邹容说是想用被捕的方法为革命事业增光，但是在监狱里度过的半年，显然使他们不想受折磨了，他们也不再自炫其革命感情。章炳麟在驳康有为的公开信中有煽动性的言论，此信曾印成小册子，卖一角钱一本，但他声称，那只是一封私人通信，对它的出版他毫无所知。他还否认为《苏报》撰稿。中国地方法官对于章炳麟这种傲慢无礼的态度，一句罕见的评论是：“他该挨揍。”
邹容的小册子，虽然比章炳麟的信具有更明显的煽动性，但它较少摆出进攻的姿态。他和章炳麟一样，声称并不打算发表自己的文章，那是在日本时当作一篇作文写的。此外，他宣布，他不再持有小册子中所表示的革命观点了。他要鼓吹的是社会主义，而不是消灭满人，社会主义是他今后写作的主题。
虽然《革命军》的确包含了罕见的对土地不均的抗议——是就这个时期的政治文献而言——却没有理由认为，邹容现在对于社会主义的推崇与他新近宣布的革命信仰有什么不一致。尽管他明显地想逃避他那煽动性的文章所带来的后果，但在盘问之下，他的一些真实的意图还是透露出来了：
“推翻朝廷是你的想法吗？”
“我不想推翻朝廷，但想做第二个卢梭。”
“你想进行另一次法国革命？”
“假如卢梭是一个革命者，为什么给他树纪念碑？”
“卢梭的作品不正是法国革命的一个重要原因吗？”