尽管学生军自愿回国充当驱俄的先锋，但这支队伍充满了反满的潜力，而其领导者也把对朝廷的忠诚排除在爱国目的之外。叶澜在演说时大声发问：“吾军此举为国民乎？为满洲乎？”钮永建回答说：“为国民！”他们傲慢地打电报给袁世凯这个在全国也是在北方最强有力的官员，要求他抵抗俄国人，“否则与之决绝”。钮永建和另一个成员被推举与袁世凯联系，请其给学生军提供援助。与此同时，一个湖北学生向中国驻日公使告密，说学生军实际上是革命的工具。于是，蔡钧公使便电告代理两湖总督端方，这样，大陆当局对学生颠覆分子预期的潜入遂有了警惕。北京的官员看出这个集团与一九○○年唐才常的汉口起义者有相似之处。他们最担心的是学生与会党接触，北京当局告诫所有地方官员，要他们对归国学生严加防范。同时，蔡钧公使也说服日本政府强迫解散学生军，禁止学生进行军事训练。
学生们在正规组织解散之后，不几天就转入地下，他们依靠一个由好斗的坚定分子组成的小组，其中有黄兴、秦毓鎏和还未启程赴天津的钮永建，成立了一个新的团体，即军国民教育会。令人惊奇的是，这个团体从它发起的日子一九○三年五月十一日起，直到一九○五年夏它加入第一个包括一切革命党派的组织同盟会为止，一直成功地隐瞒了它的革命目的。由秦毓鎏起草的该组织的秘密宣言，表面上是致力于“养成尚武精神，实行爱国主义”，实际上既是向中国的“野蛮”征服者满人挑战，也向可能使他们的国家遭受更大损害的“文明各强国”挑战。在此期间，钮永建去见袁世凯的使命以失败告终。他和他的同伴汤尔和逃到上海才免遭逮捕。但在他们逃离之前，因传闻钮在天津被袁杀害的消息，结果在民族主义者中间引起很大的愤怒。东京的团体群情激愤，发誓当他们回到各自的家乡后要进行鼓吹、起义和暗杀。同年在湖南活动的两个这样的运动员，就是黄兴和陈天华。黄兴已在弘文书院毕业。陈天华原是有功名的人，后来成为革命者，不久就成了革命小册子最伟大的作者之一。
上海是另一个孕育民族主义的地方。它的许多新式学校，它的不断成长的商人阶层，特别是公共租界所提供的庇护所，使它的颠覆性不亚于东京。
毫无疑问，在上海激进的知识分子中，给人印象最深的是蔡元培。他是浙江人，前翰林院编修，这时在南洋公学任教，是那些由于十九世纪九十年代的灾难性事件而转向西学的旧式学者之一。他同情一八九八年的改良派，但终于对渐进主义的改良计划感到失望，他在义和团运动之后，参加了激进分子的行列。
一九○二年春天，蔡元培和刚从日本回国的章炳麟以及其他激进的学者一起，成立了中国教育会，表面上是为了出版有独创性的新式教科书。因为这是这样一个时期，新成立的新式学校大都依靠日本的书籍，有时翻译得很匆忙，日本的国旗还留在书的封面上。教育会的领导者还想通过这个组织为革命做些工作，他们没有资金和具体的行动计划，然而他们对东南各省激进的知识分子仍起到了鼓舞作用。
八月，在教育会为声援东京示威者于上海举行的一次大会上，吴稚晖痛斥了清廷。考虑到清政府正在干预留学生，教育会提出成立他们自己的独立的新式学校。此时，南洋公学的学生由于当局禁止他们谈论时政和阅读新书正在继续罢课。蔡元培和他的学生离开学校，求助于教育会。十一月，教育会成立了爱国学社，招收了一百多名前南洋公学的学生。蔡元培为总理，吴稚晖为学监，章炳麟为国文教员。像蔡元培任商务印书馆编译所所长一样，大多数教师也兼其他的工作，他们在爱国学社都是尽义务的。学校开设了英语课程。
教育会的创办人之一黄宗仰，是该会经费的主要筹措者。他是皇帝的老师翁同磳的门徒和同乡，是位有造诣的作家和诗人，又是个和尚。爱国学社和开办的爱国女学，就是凭借他的关系，得到两个上海富商家庭的妇女的捐款建立起来的。
一九○三年四月，上海的民族主义者收到东京的朋友们发来的电报，报告在广西使用法国军队的事。在一次大会上，旅沪的广西商人参加了对北京当局的强烈抗议。另一次大会是针对满洲的危急情况的。这次集会不仅向北京抗争，而且电告各国政府，请求协助抗俄。有人主张罢市、罢工，还作了建立一个赞成立宪的政治团体的尝试，但失败了，他们响应东京的行动，组织了一支义勇军。