他们选了代理总督德寿这个广东统治集团中最强有力的人物作为第一个牺牲品。但是史坚如的侦探发现，因为惠州战斗的爆发，总督已采取了特别的防卫措施。他的督署戒备森严，他本人也很少冒险外出。靠近他的后花园，有一片私人住宅，史坚如以他的朋友名义，租了其中的一间。到十月二十三日，在他朋友的妻子在这里暂住以减少人们的怀疑之后，史坚如和几位同谋者便搬了进去。甘油炸药、导火线和其他装置都用轿子穿过市区秘密地运了进来。虽然惠州战斗已经结束，但消息很久以后才传到省城，所以还有许多士兵从这里源源不断往东开。但是，倘若史坚如知道了这个消息，他也会觉得在道义上也不能气馁。经过十月二十六日通宵的工作，他们挖了一条地道，把装进一只桶里的炸药安放在离督署五十至一百码的地方。第二天凌晨，点燃了导火线后，他们便向澳门进发，随时等候一声巨响把德寿送上“西天”。可是当他们到达码头时，什么事也没有发生。史坚如让哥哥和另一个同谋者留在船上，独自回去查看，发现毛病出在那潮湿了的导火线上。自从甘油炸药运到以来，史坚如几天没有合眼，这时又独自干了一个通宵，直到十月二十八日黎明才把药线重新接好。按计划，史坚如应马上离开这里前往澳门或香港，可是他记起了上次的教训，决定留下来等待炸药爆炸。当他正在一个长老会的小教堂休息时，终于听到了爆炸声。这爆炸声震动了清晨还在酣睡的城市。头一次谣传说，德寿已被炸死，但很快就证实爆炸并没有击中目标。德寿仅仅自床坠地，对督署造成的唯一破坏是后围墙等处坍塌数丈。
德寿竟能幸免于难，这似乎难以置信，史坚如忍不住又转回去查探究竟。事实是因为他对爆炸知识的无知，使用了过小的雷管，只有一部分甘油炸药爆炸了。他已经想好一个新的主意，去拜访他的朋友胡氏兄弟。这两位天主教神父让他急速离开这个城市，可是那天正是星期日，渡船已经停驶。史坚如只好等到第二天，但被在码头上监视的营勇认出。当从史坚如的衣服里搜出一张用德文写的有关如何配制炸药的说明书时，对他不利的判决便完备了。
德寿命令把俘虏交南海县知县审讯。考虑到史坚如年轻并出身于仕宦之家，官吏们只把他看成一个从犯，并企图通过优待来争取他的合作。他们命史坚如抽鸦片烟，诱使他供出为首者的名单。当史坚如坚持说这完全是他一个人干的时候，知县便转而采用传统的审讯方法，他被拷打，受烙刑，手指甲和脚趾甲都被拔了出来，但他拒绝在四十名嫌疑犯中指认他的同谋者。
当史坚如备受折磨的时候，他在广州格致书院的老师尹士嘉牧师、博济医院的嘉约翰博士和一位中国基督教朋友，到沙面恳求美国领事出来干预。但这位领事了解到史坚如实际上不是教徒而只是格致书院的学生，便告诉来访者，他对此无能为力。他说，迄今为止他的干预权限只是涉及教徒而并非学生。
当然，中国政府对这种权限是非常尊重的。一八九五年，孙中山的几位同谋者因为是宗教人士，被从警察当局手中解救出来。现在，正是义和团骚乱之后，中国基督教徒得到更强有力的保护。这次被捕的另一个基督教徒刘锦州，是史坚如租后楼寓所的担保人，当他口诵耶稣新约不已时，中国官吏认为他是个白痴，由嘉约翰博士保释出来。左斗山第二次卷进了革命密谋，被捕后也获释。杨香甫因书写反对朝廷的口号，被捕后判处死刑，但因他是个基督教徒，该判决遂减为监禁，光复后始获释。
然而，史坚如除了没有受洗的证明书外，自己又承认比任何其他嫌疑犯更多地参与了这次密谋，所以逃脱不了陆皓东那种即使外国干预也无济于事的命运。十一月九日他被砍头，死时只有二十一岁。尽管他没有出卖他在广州的任何朋友，但据清统治当局的原始资料说，他曾提到杨衢云是他加入兴中会的介绍人，并且指派他在广州担任密谋的首领。
此时，孙中山已回到日本避难。惠州起义杰出的战士，除了郑士良留在香港外，大多数逃到东南亚，在那里帮助提高华侨的政治觉悟。另外，像一八九五年那样，密谋的失败使兴中会在广州的活动暂时全部停止。兴中会的组织活动在香港主要限于出版《中国日报》。
但是，广州政府并不想让起义的领导者得到安宁。到目前为止，他们的功劳只不过抓到了史坚如和几个惠州起义的领导人，他们期望抓到更多的罪犯，便把注意力集中到杨衢云身上。杨衢云不仅被史坚如的供词所牵连，而且自己也吹牛说他曾在幕后为惠州起义出过主意。事实证明，他是香港基地的关键人物。当广州当局出示悬赏三万银两购杨衢云的首级时，朋友们曾劝他暂避东南亚，但他坚持呆在香港，靠教授英文维持家庭生活。一九○一年一月十日，一个持枪的歹徒闯进杨衢云的教室，当着学生的面向他开枪射击，此时他的妻子和女儿正坐在隔壁房间。第二天早上，杨衢云临死前在医院发表了一个声明，谴责中国政府事先为这次暗杀定了赏格。感到愤慨的香港官员进行了深入的调查，两年后，一个罪犯回到香港被捕，经审讯后判处死刑。在审讯时，检察当局指控这次暗杀是由李家焯组织的。就是这个广州官员，一八九五年曾受德寿之命紧紧地追捕过兴中会的起义者。供词证明，那三个罪犯除了分得赏银外，还被授予五品官服。但是，一九○一年九月，广州当局自己将这个主要的刺客砍头，这可能是为了灭口。因为发现了他保留的一封香港警察局长写给他的信。