一九○二年四月，章炳麟（章太炎）、秦力山和其他煽动叛乱者，在东京举行支那亡国二百四十二年纪念会。由于中国驻日公使的请求，日本警察当局命令取消集会，但已来不及通知学生，有数百人到了会场。孙中山曾在一八九九年见过章炳麟，现在被邀请参加。一个同样的大会在横滨举行，华侨正在被学生民族主义者鼓动起来。
章炳麟，浙江人，是个不可轻视的古典文学大师，早先曾与康有为、梁启超交往，他对满人从来没有好感，然而在他认为清廷还能够保卫中国、反对外国人时，他一直支持改良。一九○○年后，他加入了那些要求恢复汉族统治的人们的行列。
学生的课外活动，大多限于同乡的圈子。可是，由于日益增长的对政治活动的兴趣，各种屏障开始被打破。操各种不同方言的学生用书面语言彼此沟通。一九○二年，中国留学生会馆已成为一个多省份的社会服务组织，来自湖北的军校学生吴禄贞曾在成立大会上说，会馆的东京本部就好像费城的独立厅一样。七月底，学生的团结和大胆，导致了同中国公使蔡钧的冲突，学生们在使馆闹事，被迫使用武力加以驱逐。其中一个带头人是吴稚晖，他是来自江苏的一个有功名的人，以前是上海南洋公学的教师。这一年他被派往日本，去监督一群留日的粤籍学生。这群学生中有胡汉民，他是才华横溢的古典文学学者，是革命群星中另一颗未来的明星。
吴稚晖和另一名示威者在中国公使的坚决要求下，被逐出日本。吴离开时，想跳进围绕皇宫的护城河自杀，陪同的日本警察把他捞了上来。这件事提高了他的声望，留学生会馆联电清外务部，要求召回蔡钧公使。尽管日本人通过东亚同文会的干预，进行了调解，但并没有使所有学生都感到满意。粤籍学生领袖胡汉民退学回国，以示抗议。
这年冬天，富有战斗精神的学生成立了第一个明确反朝廷的组织。一些像冯自由那样的励志会会员，由于受到马志尼的少年意大利的鼓舞，建议把他们的团体称为少年中国会。但是为慎重起见，他们最后选用了青年会这个已用于中国基督教青年会的名称。该会有二十多名学生参加，其中有很多来自大限的早稻田大学，这是一所最早传播近代自由主义思想的学校，会员们的气质，可以从他们的会章所揭示的目的看出来：民族主义和“破坏主义”。
青年会的领袖之一张继，后来成为中华民国的重要人物。他是直隶一个士大夫的儿子，一八八九年来到早稻田，学习政治和经济。另一个在青年会中有名的早稻田学生是秦毓鎏，曾在上海南洋公学和江南水师学堂学习过。
由于取得的成就和得到源源不断的官费留学生的增援，那些积极分子的胆子就大起来了，一九O三年一月二十九日学生们在东京举行新年团拜时，就闹出一件满城风雨的事。虽然有政府的督学和驻日公使蔡钧在场，康有为从前的门徒马君武，仍登台发表革命演说，湖北学生刘成禺接着发言，宣称只有推翻清王朝才能救中国。马君武和刘成禺两人的演说事先曾得到孙中山的扼要指点，刘成禺为此被驱逐以示惩罚，他后来在美国加入了孙中山的队伍。
一九○三年一年中，帝国主义对中国的侵略，使学生有了许多表现他们的爱国主义的机会。学生们很难直接同外国人交涉，但他们在谴责自己的政府对外国让步和与外国勾结方面，是很勇敢的。例如，广西巡抚王之春曾建议借法国的军队和金钱来镇压该省三合会的暴动。东京学生为此提出抗议，并在送给北京当局的一封信中要求把巡抚撤换。接踵而来的是一个牵涉到俄国人的更为严重的危机，他们在义和团运动期间侵占了中国的领土南满，至今仍没有撤走，四月底，俄国侵占新的地区，同时向中国提出七项要求，要求以独占租借地作为撤离的条件，虽然北京的外交过去在保卫东北各省上并非完全没有效果，可是现在朝廷却面临抉择：要么屈从于俄国人，要么把满洲向所有列强开放。这个问题在日本引起了轰动。日本的民族主义者依仗他们新近与英国结盟，开始鼓吹对俄战争。受这种激愤情绪的影响，中国学生也行动起来，要求坚决进行抵抗。
带头行动的是钮永建，他是江苏将弁学堂的毕业生和前广东将弁学堂的督办，现在来日本接受进一步的军事训练。钮永建求助于中国留日学生会馆，建议成立拒俄义勇队。当那些学生干事预料政府不会同意而拒绝合作后，他便转而求助于青年会，在这里钮的主意受到了欢迎。在青年会的两个会员的帮助下，钮永建在五月初组织了一个有五百多名学生参加的群众大会。成立了现在所称的学生军，由正在日本陆军士官学校上学的湖北学生蓝天蔚任队长。有一百三十多名学生志愿参加战斗，在东京另有五十名签约承担义务，还有十二名女生报名当护士。这样，便成立了当时最大的富有战斗性的学生组织。在它的积极的组织者中，还有一个革命运动未来的领袖黄兴，他是从湖南来的一个有功名的人，是张之洞在武昌的两湖书院的毕业生。一九○二年，他被湖北政府派往日本留学，研究教育。黄兴把他的课余时间全都用来研究军事科学。他成了一个杰出的革命战士。