正当他们向福建边缘艰苦跋涉之际，郑士良的由农民扩充起来的部队于十月十八日或十九日到达崩岗墟，当晚在同约有七千清兵的战斗中获得了胜利。但是因为缺乏子弹，使他们不能追击敌人。当他们耗费精力横越人烟稀少的粤东山脉时，敌人却能以逸代劳地等待他们。十月二十日，起义军队已到达归善东面的三多祝，离厦门一百五十多英里，这好像是他们曾到达的最远的地方。他们的下一站应该是梅林，还有四五天的行程。可是由于村庄很少，没有补充给养的机会，他们的粮食越来越少了。表明这种困境的一个迹象，是他们在这个地区的一个村庄抢劫，这是整个战役期间关于这种事情唯一的报告。一支清军已逼近，据清军的消息说，二十日在三多祝附近竟日的战斗中打败了起义者。在这一仗中，几百名造反者被打死，清军救出了大量俘虏，其中包括上周被俘的县丞。尽管郑士良的军队还未被击溃，而且可能还有两万之众，但它原来的势头已被刹住，它不能再引起惊慌了。与此同时，邻县海丰三合会重新集合了几千士兵，但也被清军驱散。当郑士良受困时，这些三合会并没有给予有效的援助。
正在这个时候，十月二十日，或是在这次战斗开始后约两星期，孙中山的一位信使带来了不好的消息，说即使郑士良能成功地到达厦门亦无所助益。日本人也断定，从这个起义中退出来，是最符合他们在中国的利益的。儿玉在两个星期之前，曾轻率地想利用革命者来挽救他心爱的厦门计划。但由于担心俄国的反对，他采取了节制的态度，何况现在已经很清楚，革命党人是不能到厦门来了。这是孙中山着重于依赖外援的战略上的一个错误。没有一个外国强国会认为自己强大到能挡开所有其他帝国主义强国，单独驾驭中国。义和团暴动表明，“瓜分中国”的代价是高昂的。虽然郑士良干得不错，而且他的主力仍然完整无损，但这对日本人来说是不够的。不仅救援的远征队被取消了，而且孙中山和平山周也在台湾被驱逐出境。孙中山不但没有钱援助被围困的郑士良，连他自己也没有足够的旅费返回日本，为此不得不向他的旅馆老板借了一百元钱。
孙中山派去惠州军中的使者山田良政经由香港、海丰带给郑士良一面革命旗帜——陆皓东的青天白日旗，它是以用于学校运动会为借口在日本秘密缝制的。这面旗帜第一次飘扬在中国土地上了，但是由于没有更多的物质援助，郑士良是很难让它长期飘扬的。一些士兵想恢复他们原来的战略：返回西南方向约六十英里的三洲田基地，与新安和虎门的三合会汇合，从这里向广州发动进攻。水师提督何长清拖拖拉拉的军队终于采取了行动，于十月二十日占领了三洲田。现在郑士良面对着的是一支全省充分动员起来的清军，这支军队从不小看起义者的威胁，做好了全力以赴投入战斗的准备。召来指挥战斗的清军指挥官之一是台湾有名的黑旗军头目刘永福。虽然广州清军的装备是低劣的，但它对郑士良的军队却占了压倒的优势，后者不足两千杆枪，弹药供应越来越少。组织进一步的抵抗已没有意义，考虑孙中山已把战斗的处置权交给了他的战地指挥官，所以郑士良发布了解散的命令。大多数士兵回到家乡，首领和受雇的新兵则到达海岸，乘舢板去香港。
香港当局没有找这些退却军队的麻烦。卜力总督在战斗进行期间曾写了倾向于革命者的报告给张伯伦，并拒绝了广东政府在香港购买军火的要求。然而，尽管有卜力个人的同情，但起义者没有利用这个殖民地作为基地的事实，与他们的失败无疑是有关系的。
从进行闪电式的小规模战斗及几次重大的战斗看来，起义者的损失是非常小的。清统治当局声称打死了他们几百人，但据革命者的消息说只有四个将领阵亡。一位牺牲者是山田良政，这位忠诚的使者在完成其使命后，在三洲田附近被清军捉住。这是外国义士为中国共和牺牲者之第一人。
在广州，发出了对内地战斗虽然响亮然而无用的回声，这回声亦即是在这次革命运动中刚刚升起的一颗明星的丧钟声。史坚如对沙湾遭到突然袭击尽管感到意外，但当此消息传到广州时，他不是持袖手旁观的态度。他认为，在省会采取一个突然的、戏剧性的行动，也许会减轻对惠州战斗者们的压力并挽回局势。如果重要官员被刺杀，广州就会陷入混乱，从而很容易成为北江和西江三合会的囊中物。虽然史坚如没有足够的钱按原计划武装他的土匪士兵，但他和他的哥哥终于变卖掉他们继承的约值三千元的财产，用来购买几百磅德国甘油炸药。这些炸药都是邓荫南和其他几位同志从澳门或香港走私来的。