鉴于清军逼近，郑士良打电报给在台湾的孙中山，要求紧急运送军火。孙中山对此感到震惊，答复说，他在台湾的布置还没有就绪，命令革命军的队伍暂时分散，避免同敌人接触。可是郑士良固执己见，又打电报说，如果能够把军火送到广东沿岸，他就能够坚持下来。水师提督何长清的二百人先头部队在此期间已占领了沙湾集镇，离三洲田不到八英里，骑兵巡逻队甚至逼近造反者的营地。郑士良仍在等待着孙中山的答复，然而他的副将黄福却不知道孙中山有关撤退的命令，决定率冲锋队八十人袭击沙湾，把三洲田的营地交给好友照管。
惠州战役开始的这一仗所取得的主动局面和令人鼓舞的发动，都是未曾料到的。黄福的勇猛的战士把政府军打得落花流水，缴获了他们的枪支和几箱子弹。还抓了三十个俘虏，这些俘虏的辫子统统被剪掉了。在这次战役中，黄福和他的勇士们仿效太平军的做法，暂时让俘虏充当杂役来帮他们做事，只有广东人才能得到这种宽待，而落入他们手中的湖南人则很快就被处决了。政府军的指挥官由于得到情报，发现起义者的实力即使不在数量上占优势，也在士气上占优势，他们就不再向前推进了，而是守在坚固的阵地上，等待敌人下一步的行动。沙湾的居民在战斗期间持中立的立场，这就使起义者坚信清军是得不到农民的支持的。
郑士良的军队按原来的计划应该继续向西推进，控制新安其他地区，在新安和北边的虎门，包括可能由史坚如招募来的一些新兵在内，有几千支持者正在等待他们。当他们的内应在城内活动时，他们和这些人相互配合可以从珠江口威胁广州。眼前的障碍是水师提督何长清在深圳的具有实力的军队，这些部队警戒着造反者从西南方面向该县的接近。然而，造反者首次同何长清的士兵遭遇的后果，并没有引起其对手的重视。
第二天，郑士良带着孙中山最近的电报来到此处，使这个战略突然放弃了。尽管孙中山最后批准他们前进，但并不是他们所期望的方向。孙中山要他们朝东北向闽南的海滨城市厦门进发，而不是向广州进逼。
在厦门建立一个据点，以便迎接从台湾基地来的远征队，这是起义者七月份在香港争论时就已提出的。那时，宫崎及其同事提出立即发动进攻，不要等待日本人从台湾来的援助。孙中山觉得只要郑士良在惠州的兵士有一半抵达厦门，他就能使从台湾来的远征队登陆成功，然后会合其他部队一齐向广州进攻。当时英国已经拒绝他们进入香港，孙中山所持的要等日本人前来援助的论点，显然是胜利的保证。可是起义者后来所有的军事准备证明，他们并没有选定厦门作为直接的目标，道理是显而易见的。因为厦门离他们在三洲田的基地约有二百五十英里，到达那里要穿越难走的山岳地带。而当他们长途跋涉返回广东时却要面对一支已有戒备的清军。此外，他们的一切努力都集中在广东招募新兵，并没有听说兴中会在福建有什么进展。参加起义的绝大多数是广东人，广东是他们唯一熟悉的省份，在那里他们可以指望得到友好的接待。无论如何，他们这样做看来是合乎逻辑的，那就是他们希望夺取广东东部沿海地区，以便得到国外的援助。孙中山这时仍计划使用为菲律宾人购买的军火，台湾是最便于装载的港口，而为此目的远道前去厦门是没有必要的。三洲田距海岸只有几英里，他们很自然地会想到派一批人到海丰或陆丰去接应从台湾来的远征队，同时部署他们的主力逼近广州。但孙中山却命令把所有的纵队直接开往厦门，这突如其来的做法，改变了他们原来的计划。
在十月初的那些日子里，孙中山在台湾的确切经历是不清楚的。但可以肯定，他突然改变战略是因为他同该岛的民政长官后藤新平谈判的结果。后者是按总督儿玉的指示行动的。这时，平山周和山田良政同孙中山在一起。山田良政的弟弟山田纯三郎对于谈判的过程有过生动的描述。据他说，儿玉亲自劝告孙中山，既然他们计划从惠州东北部出发，顺道占领厦门和福建，而且最终要夺取整个国家，所以不要一开始就征服广东。至于他本人，则是很想看见他们从海丰和陆丰得到军火补给的。接着，孙中山要求借一笔钱，答应等革命成功后连本带利一起归还。后藤回答说，在这个基础上借款是冒险的，而且重新偿还也太麻烦。他倒有一个较好的主意，就是等到海丰和陆丰的革命者全都武装起来，应去夺取厦门，在那里，台湾银行的地方分行手头有几百万元。为什么不去抢这个银行，然后在革命胜利后中国只做“道义上”的偿还呢？他本人可以保证，日本对这个抢劫事件是不会过于追究的。