长江地区的失败，使改良派暂缓考虑有关广东的计划，而使孙中山可以自由行动。然而，孙中山只有在得到金钱和军火之后才能行动。然而，行动的最初阶段——在中国领土上进行集结，还是按计划实行了。
造反者在以前的秘密计划中曾企图在牵制性攻击的援助下以正面的突然进攻来夺取广州。现在，他们决定在该省东部的惠州府建立基地，从东南向广州进攻。他们选择了三洲田作为军队的集合和出发地点。三洲田是归善县的一个村庄，在大鹏湾北五英里，距英属新界东部边界不到十英里。惠州是“强悍”的人——惯匪、盐枭、海盗和会党分子聚居的地方。
即使把官方的歪曲考虑进去，这个县确实是非常难以控制的。约在十年前，政府军曾倾其全力对付归善东部三合会众的抢劫活动，但从未净绝根除。客家人的大量集中，在惠州的局势中构成了另一个爆炸性的因素。此外，英国人近来侵入新安地区也成了产生新的怨恨的根源。
这个地区在战略上也处于有利的地位，由于它靠近海边，孙中山从这里可以期待来自海上的增援。因为它又靠近英属新界，从而提供了两条可以通向外面的交通线。三洲田这个主要的革命基地，则有丛林和峻岭掩护，这里的隘口提供了许多进攻的可能性。它的西南是新安县，西北是东莞县，从这里到广州不到七十英里；正北是东江和州府惠州城，该城也归善县所属府的府治；东边是海丰，也是个著名的叛乱中心，云集三合会徒和海盗。
选择惠州作为第二个革命战役的场所，是由于郑士良的影响。郑士良是那个地区理想的野战总指挥。他是归善当地的客家人，是个三合会会员。虽然战士都是从广东各地包括香山招募来的，然而大多数来自惠州，并且是客家人和三合会会员。为了使分散的三合会会员统一行动，郑士良请来了一位名叫黄福的三合会显要人物，他是从北婆罗洲的山打根回来的。在郑士良从香港到来之前一直担任大元帅。事实上，造反军队的大多数军官，原来都不属于兴中会，而是当地的土匪头子或三合会首领，这些人控制着效忠于他们的各种武装集团。三合会会员只有在他们自己的称做“草鞋”的密使从黄福那里得到信号时才能行动，而黄福则是从郑士良那里领受命令。这种间接指挥的方法是从一八九五年延续下来的。
在广州，从夏威夷来的兴中会老战士邓荫南同郑士良一样，是孙中山的追随者，他不是正式的指挥者。当时，史坚如以其强烈的自我牺牲精神来激励他的小组。他们和新吸收的成员一起，想对这个省城发动突然袭击，以支持郑士良从东面的大举进攻。史坚如在北江、西江、东江联络土匪头子，他希望等到郑士良的主力在惠州的战役打响后，能有数千人集中于广州。由于广州政府只有两万人的军队，且大部分被拴在惠州，所以估计广州经不起一次突然的袭击。
造反的领导权在广州，被基督教徒所控制。在广州格致书院里，参加者和同情者包括史坚如和他的一些同学以及中国教员。它的姐妹学校，也是革命的温床。两位中国天主教神父胡氏兄弟，一位中国长老会牧师和一位皈依基督教的绅士，都是重要的造反者。左斗山是长老会教徒，他的书店在一八九五年曾是革命者的藏身处，现在又恢复了活动。他是通过另一个教徒苏复生接头的，后者是左斗山的新书店——大光观书楼的司事。普通船工出身的练达成，是一个教会学校的毕业生、担任重要角色的虔诚的基督教徒。在惠州城北面的县府博罗的兴中会新成员中，李植生是个巴塞尔布道团的皈依者。巴塞尔布道团在粤东的客家人中间特别活跃。李植生参加过惠州战斗，后来他到日本，在留学生的革命造反者中传授有关制造炸药的专门知识。
惠州战役的参加者，百分之三十是基督教徒，百分之七十是三合会员。然而，这两个团体并不相互排斥—像郑士良和李植生这些人，既是基督教徒，又是三合会成员，都是客家人，他们的结合看来很奇怪，特别是在义和团起义期间，当皈依者成为主要的迫害对象时尤其这样。这种合作是在孙中山的领导下进行的，它重复了一八九五年的经验，说明会党并不是一成不变地反基督教的。显然关键在于领导：当受到官绅的煽动时，兄弟会为反对基督教而横冲直撞；当它由布道学生所组织时，则扮演了历史上的反满角色。