传教士的破坏作用，通过四川余蛮子的英雄传奇得到了说明。余栋臣当了土匪，是由于他同中国天主教徒发生了土地争执，后者得到了一位法国神父的支持。一八九○年，他发动了一个长达十年的、主要是针对天主教徒的恐怖运动和抢劫运动。趁官员们顾此失彼的时候，余栋臣就同哥老会合作，建立了一支近万人的武装。这就是一位共产党的史学家称之为会党的第一次大规模反帝起义。
一八九五年夏，叛乱者攻击了成都和重庆的新教布道团。敌视并不是宗教上的原因引起的，而是由于官方对排外进行鼓励造成的。这次骚乱的直接原因有：长江上游对汽船航行开放，谣传成都将成为通商口岸，以及传教士有权在没有同当地官员商量之前就可购买土地和租借房地产等。
一八九九年四月，当英国人扩大其香港租借地时，官方对这种排外主义的鼓励，导致了广东新安地区的武装抵抗。英国人曾被告诫说，三合会在一个名叫钟书云的人的统率下，准备在新安举行叛乱并洗劫香港。叛乱者有这样的口号：“既然皇帝已把我们的领土出租给英国人，那么，我们弟兄们的义务，就是自己来守住它，招兵、收税，全由我们自己来管理。能够这样做的人就是国家的主人。”尽管钟书云被免除了导致中国人遭到重大伤亡的抗英的责任，但新安余留的部分和邻近的归善地区，却为次年孙中山的追随者同清军的冲突提供了有利的场所。
一八九八年，汉口的民众起来抗议用税款抵付外债，焚烧和毁坏了成百万美元的财产。由于厘金进款全用来偿付一八九八年英德债款的利息，使得地方当局连实施法律的钱也没有了。这恰恰是总督张之洞想要转告给贝思福勋爵的意见，失去了税款，使他只能用不足额的军队去平息叛乱了。当人们问张之洞，为什么他这样害怕骚乱时，他回答说：“老百姓认为向他们抽税，是为了付给外国人。这就激发了中国人对外国人常有的那种内在的仇视情绪。”尽管英国商人对于这种处境，已得到女王陛下政府将会保护他们的答复，但意味深长的是，十八个月以后，当英国兵舰要开进张之洞的辖区时，他已有足够的军队来维持秩序了。
这件事表示中国官员正在试图维持那种微妙的平衡。为了证明外国干涉造成了无政府主义的后果，他们同意甚至鼓励群众闹事。但是当这种混乱失去控制，威胁到他们自己的衙门，并招致进一步的干涉时，他们就不遗余力地对骚乱进行镇压。
一九○○年夏，当反动的清朝统治者和当地的一些官绅对义和团反对外国机构的运动进行投机时，华北“受控制的叛乱”就转变成了一种排外运动。如果张之洞、李鸿章和其他稳健派势力看到有任何成功的可能时，他们是会支持义和团的。然而，他们却袖手旁观，竭力保持自己所在省份的安宁。然而，群众闹事并不总是那么顺从官绅的操纵的。义和团运动的口号开始是反清灭洋，以后变为扶清灭洋，但当联军入侵华北、从而暴露了清朝统治者的软弱无能时，反清的口号又很快地恢复了。
即使在义和团灾难发生以前，农民的秘密结社也往往倾向于同政府作对。广西是一个贫穷的省份，但却分摊了由于举借外债而造成的赋税负担的很大一部分。官僚政治的腐败和自然灾害，是引起一八九八年李立亭在那里领导的三合会数千人骚乱的原因，这次广西起义的规模，仅次于太平军起义。孙中山的三个追随者想加入李立亭的行列，但来得太迟了。
迄今为止，革命者的领导能力和组织能力同农民的爱好暴力还不相称。但是，到一九○○年，孙中山和他的副手们终于根据他们所期待的起义的需要分派了任务。郑士良代表革命党人，已着手在广东沿海建立基地。杨衢云、陈少白、李纪堂、福本和平山在香港致力于筹措经费和后方接济。孙中山由宫崎和清藤协助，在日本进行策划。尽管李纪堂给了孙中山二万元，但孙中山的经费很明显还很短缺。
这种长期的穷困已在上海引起很大的失望。长江流域会党的头目在那里，已由毕永年训练好，正在等待孙中山的指示和款项。这些哥老会的龙头，都是花钱的能手，听说有大量金钱由康有为交给湖南人的领袖唐才常使用，便都离开毕永年，加入湖南活动分子的行列，因而使毕永年感到很沮丧。毕一直在努力争取他的湖南朋友站到孙中山这边来，但唐并不真正关心改良派和革命派之间纲领的差别，而只是认准康有为和保皇会能拿出更多的金钱。毕永年情绪沮丧，隐姓埋名当和尚去了。在写给平山的告别信中，毕永年谈到自己的忧虑。他认为中国注定要受人奴役，所有那些要拯救它的人只不过是被自私的愿望驱使而已。当这个消息传到横滨的孙中山那里时，他感到“如失左右手”。没有毕永年，孙中山同长江流域各省的联系就中断了。五年后，他同长江流域的接触才开始恢复。