更为重要的是，孙中山在意奥尼兰书院学到了西方的知识。刚入学时，他一个英文字母都不认识，三年后在毕业典礼上，他的英语语法获得了二等奖；夏威夷国王架刺鸠亲自授奖。此外，意奥兰尼使他想得到更多的西方教育——比帮助他哥哥的事业所需要的还要多。
因此，又在哥哥的店铺里呆了一段时间之后，孙中山进了当时该群岛的最高学府奥阿厚书院（即泮拿荷学校）。这所美国公理会学校设在奥阿厚（离檀香山两英里）的泮拿荷，在这里上学的学生都是同夏威夷福音会（公理会教友和长老会教徒）有关系的传教士的子女。孙中山在奥阿厚对政治学和医学都有兴趣，甚至想到美国去继续深造。他在这个环境里对基督教的感情越来越深了。
但是孙中山对外国宗教的这种感情，使他在夏威夷的教育意外地结束了。原因是孙眉对弟弟的进步本来高兴，甚至把自己的一部分财产登记在弟弟的名下，但是他并非为了让他的弟弟同中国的传统疏远而资助他受教育的。虽然孙眉从来没有显示过他有什么学者的才能，但是在学问和宗教问题上他却忠于传统的观念。在夏威夷的中国人中间，宗教问题是一个有争论的问题，并已经使他们的团体发生分裂；孙眉参加了保守的一派。一八八三年，当孙文行将皈依基督教时，愤怒的孙眉便将他送回翠亨村，不让他再回来了。
孙中山在国内的行为，证实了他哥哥的忧虑。他在夏威夷所受的世俗的和宗教的教育，同农民的习俗和信仰发生了矛盾。不久，他和他的朋友陆皓东因为故意亵渎当地的木偶神像，震惊了他们的家庭和整个村子。因此，这两个偶像破坏者被驱逐出村。在此之前，孙中山就因对政治有浓厚的兴趣出了名；他热情地谈论太平天国—儿童时代村里传颂的英雄，谈论拿破仑和华盛顿这些在夏威夷课本中读到的富于浪漫色彩的人物。
从偏僻的乡间生活逃出来并继续求学对于孙中山来说是他所高兴的。他前往香港，进入一所英国教会学校一一拔萃书室。与此同时，他开始跟基督教伦敦传道会会长区凤墀研究经史之学。这也许是对家庭的一个让步，或许是为了满足个人进一步学习中文的愿望。一八八四年四月，孙中山转入皇仁书院，这是一所著名的中等学校，就读的都是各国中产阶级的孩子。孙中山的父亲由于性格仁慈，可能给了他经济上的支持。
现在，孙中山决定正式加入基督教。一八八四年，他由刚到中国的美国公理会传教士喜嘉理牧师施行了洗礼。同时受洗的还有孙中山的朋友陆皓东，陆后来成了孙中山忠实的追随者。孙中山对喜嘉理和其他两位基督教牧师区凤墀、王煜初都有极为深厚的感情。施洗礼后，区牧师为孙中山起了个新名字：逸仙，这是日新的广州读音。
但孙中山尊重中国的传统，他仍然是个孝顺的儿子。一八八四（或一八八五）年五月七日，他回到翠亨村完婚，这是他父亲早已为他订下的。新娘卢慕贞（一八六七——一九五二）是一个商人的女儿，婚后她仍留在村里，孙中山则回香港求学去了。
有关孙中山在国内的恶劣行为的消息在此期间传到孙眉耳里，这位哥哥对基督教的反感（孙中山的一位知已形容它是“荒谬的”）并未稍减，命孙中山回夏威夷去。这是两年里孙中山第一次接到哥哥的信，因此他顺从地返回茄荷蕾。但是，如果孙中山希望和解的话，他的哥哥却不会这样。孙眉要他交还先前给他的财产，据说还叫他“出去靠自己卖力为生”。另一个传说则说，孙眉希望要他在店里工作，学做生意，以洗涤他的异端思想。
不管具体细节如何，这是孙中山一生中的一个重要时期。然而他并不气馁，他前去檀香山找他的基督教朋友寻求帮助。他在意奥兰尼的同学钟工宇那里暂时寄住，拜见了夏威夷布道会会讲广州话的业师芙兰谛文。当谛文牧师知道孙中山希望回国继续深造时，便为他向朋友们筹募了必需的三百美元，捐赠者中有一些是有势力的美国企业家。钟工宇也把他一个月的薪金五元钱捐献出来，还让孙中山在他的裁缝店里任意选用他所需的衣物。这样，在一八八六年春，孙中山穿着新衣服带了很少的钱回到中国。
孙眉终于认识到他的弟弟决心要选择自己的道路，也就决定恢复关系，通过由他父亲转交汇款的办法恢复对弟弟的资助。一八八八年父亲去世时，兄弟俩已完全和好了。此后，孙眉的忠实支持在孙中山的生涯中起了十分重要的作用。他资助了孙中山的职业训练，最早促进了他革命的政治活动。孙中山的基督教徒同胞和西方朋友—曾引起孙眉怀疑的传教士和老师——则提供其他的帮助。在后来孙中山走投无路时，他还要多次地向这些人求助。