梁不愿早事联合，只言各宜先向自党运动，以待时机。要之康党素来夜郎自大，常鄙视留学生及吾党，且欲使吾党仰其鼻息。究其实学，尚远不如胡礼垣著之新政安衡。……我也听几位博学的湖南人对他们亦有同样的评论。
杨衢云提到的“湖南人”，肯定是指从前的长沙学生，他们和梁启超不同，不是康有为的私人门徒，并不感到一定要和他一起顽固地保卫清朝皇帝不可。显然，一八九八年的失败，加上康有为在同事中专横的作风，使改良派内部有了分歧。孙中山在日本首次和非广东人交往，他发现这些人都是受过中国传统教育和具有革命热情的人。
孙中山在利用这个机会时，并没有表现骄傲的态度。有一次，他甚至告诉毕永年和另一个湖南人——谭嗣同的学生唐才常，假如康有为愿意解散保皇会和拥护革命，不但两党可以联合，而且他将说服他所有的同志接受康有为的领导。孙中山为了联合而情愿付出这么高的代价，虽然这是不大可能的，但这个姿态却反映了他希望和解的心情。此外，孙中山为了争取毕永年的富有战斗精神的朋友——唐才常和林圭是他们当中的领袖——甚至在他们策划一九○○年长江流域起义时，与之合作。这些湖南的积极分子，从前一味地推崇康有为，一直在“勤王”与反满的共和立场之间摇摆，现在当他们准备在自立会的旗帜下拿起武器时，便形成一种不稳定的因素了。
清廷并没有把孙中山所鼓吹的革命看作是比康有为的改良运动更大的威胁。对于西太后和那些与她共享权力的人来说，康有为曾发誓要向他们报仇，毫无疑问是两个人中更令人感到不安的一个。虽然他们害怕孙中山，但认为康有为用儒家的学说掩盖他的“野心”，是个更直接的威胁。孙中山最多不过是像太平天国那样的造反者，利用下层阶级的不满，但康有为作为一个文人，曾经成功地渗入宫廷，把皇帝变成同盟者，并且威胁着西太后本人。一个是闯入者，人们都知道他是个什么人；而另一个—以及他在知识界的追随者—则是从内部侵蚀传统组织的癌。因此，朝廷的外交应变能力主要用来对付改良派而不是革命派的威胁。对康有为的煽动计划和他的邪恶信念的一再谴责，雪片似的飞向英国外交部，要求它禁止康有为利用其殖民地作为通向中国的跳板。中国驻伦敦公使甚至指责康有为在加拿大曾想强奸他的一个华侨东道主的妻子。
中国驻东京公使李盛铎承认康有为在北京政府的黑名单上名列前茅，企图以此争取孙中山对清廷的效忠。一八九九年底，李盛铎曾建议给孙中山以厚禄，作为他放弃革命、效忠清廷的报酬。果真如此，这种做法的动机大概是想把所有反颠覆活动的目标都集中到康有为身上，争取孙中山的支持者的帮助，以设法制止康有为在海外的煽动。孙中山明确地拒绝了这个表示，它是通过一个日本人为中间人作出的。
然而，康有为的改良运动变成了一个以海外为基地的颠覆势力不仅增添了清王朝的麻烦，它也使孙中山的处境复杂起来了。为了加强与改良派讨价还价的力量，或者独立地坚持下去，他必须发展壮大自己的运动，而这个运动迄今还未从一八九五年的广州灾难中恢复过来。幸运的是，他的日本合作者为了这个事业准备提供计划和经费，甚至准备冒生命的危险。
在一八九八年改良主义者逃出北京前，孙中山和日本人已制定了一个引人注目的计划，这就是和菲律宾独立战士结盟。他们的想法，是帮助把这个群岛从美国人手中解放出来，然后让之变为反对清王朝的辅助基地。这似乎是一种进行中国革命的迂回曲折的方法，人们就不应忘记，在这里起作用的是一些非常富于想象力和浪漫色彩的人。就在他们首次会见时，孙中山曾以忠诚泛亚主义的热烈主张使宫崎深为感动，而现在实施这种想法的时机比他们预期的来得还要快。
在西班牙人统治下产生的菲律宾解放运动，当一八九五年兴中会在香港成立时已很活跃。它最初想寻求日本人的援助，但失败了。后来，运动的新领导人阿奎那度顺利地在吕宋获得了一个立足点。但是，在一八九七年底，当阿奎那度的山区共和国陷入困境时，他接受了西班牙人的资金帮助，退隐香港。他留在这里直到一八九八年春，当美国人为反对西班牙而罗致他的帮助时才离开。后来，当美国决定保持它的新征服地时，原来的运动又重新恢复了。从此就一直反对美国对菲律宾的接管。宫崎此时正去中国执行任务，在他们的香港总部会见了菲律宾的造反者。阿奎那度请求外援，六月，他的一位使者彭西到达日本。发现日本人虽表同情，但不想卷入同美国人的纠纷，彭西就向孙中山求助。孙利用这桩冒险事业作为发泄中国革命能量的机会。一八九八年秋，宫崎和平山回到日本，孙说服了他们，使之相信把中日革命轴心放在帮助阿奎那度的反美游击队是适宜的。犬养表示赞同，但为避免得罪美国人，他要孙担任谈判的首席代表。