次年，梁启超还忙于建立横滨大同学校的高等分校。这所新学校除招收若干初级学校的毕业生外，还吸收了十几名从前长沙时务学堂的学生，开始，在湖南改良运动处于高潮期对激进思想的爱好，在梁启超的继续指导下，他们和来自横滨的广东人一起学习外国史以及日语和英语。他们研究希腊的哲学家以及孟德斯鸠、伏尔泰、卢梭、达尔文和华盛顿等人的学说。很快他们就开始把自己和这些外国人等同起来，年轻的广东人郑贯一称自己是“中国的摩西”。
梁启超在中国近代史上，开始在这些年轻的知识分子中间起着种子的作用。他通过对欧洲哲学、历史和科学的日译本的大量译述，最后成了整整一代中国知识分子的良师益友。孙中山自称是干革命的，而梁启超则的确是讲授革命的。尽管孙中山曾在伦敦的图书馆进行过研究，但关于民族主义、民主和社会主义方面，他还有许多的东西需要从他的改良派对手那里学习。
由于康有为不再是个障碍，孙中山和梁启超好像可以结束他们的对抗了；改良派和革命派的群英会聚，使起义者和学者之间的意见取得一致。梁启超不仅仇恨西太后、荣禄、袁世凯和九月政变的其他恶棍，而且彻底放弃了拥护王朝的立场，转向拥护共和主义。在他与孙中山会谈时，他同意做革命旗帜下的副统帅。为了打消他对康有为命运的顾虑，孙中山说，“弟子为会长，为之师者，其地位岂不更尊？”梁启超自己曾宣称，康有为可以从事著述，如果他不赞成革命纲领，他们只好不去理他了。梁启超与孙中山的关系已经密切到他们开始联合出版一种反满的期刊《中国秘史》。一八九九年下半年出版的两期，都强调了宋、明和太平天国时期的种族问题。
梁启超把自己置身于一个自认为是孔子的继承人——康有为的庇荫之下至少有五年之久，他这时的背叛，可以部分地归因于他想要自己做主的愿望。像“南海圣人”的其他门徒一样，梁启超早期曾用“厂”字作为他的别号的第二个字，这个“厂”字与康有为的姓相似。这成了康有为门徒的一种标志。当时他在《清议报》上赞美革命，与孙中山策划密谋时，他废去了这个对康有为表示尊敬的标志，自称“任公”，而不是“任厂”。他的行为的许多方面，都反映出他努力想摆脱康有为的精神统治。
梁启超和其他十二个觉悟了的改良主义者一起，给康有为写了一封信，承认了共和主义的原则，并建议老师退出政界。他还要求陈少白和改良主义者徐勤坐下来谈判，拟出一个初步的协议。可是徐勤反对与革命派订约，向康有为揭发了梁启超的背叛。康有为这时已回香港，马上发了一封措辞严厉的信斥责这十三个“惹是生非者”，并命令梁启超和欧榘甲这两个主要的肇事者离开日本，分别前往夏威夷和旧金山，为保皇会执行任务。送信的使者带来了旅费。
现在摆在梁启超面前的抉择是，要么和康有为分裂，要么作为一个悔过者回到他那儿去。他选择了后者，但他以宣称忠于合作事业，甚至以谋求孙中山对他在国外工作的支持，来表示他对康有为的服从是有保留的。在与改良派学者打交道时，孙中山的反应像往常一样，可说是容忍的模范。一八九九年底，当梁启超前往夏威夷时，孙中山曾给梁一封介绍信给其哥哥孙眉，从而保证了梁的成功。既接受康的使命，又恳求孙的帮助，梁的这种做法虽然常被指责为口是心非，但看来很明显，由于这两者实在是相差不远，他是勉强地作出这种选择的。他或许对把领导权托付给孙中山这样的人还有所疑虑。孙中山虽然有爱国主义和反满的战斗精神，但很可能给了他一个乡巴佬的印象。他认为孙中山不尊重中国的传统和学术成就，也不是十分有才华的西方学术的解说者。
梁启超没有消除对通商口岸西方化了的中国人的这些怀疑，很快就被孙中山的同事杨衢云发现。杨衢云于一八九八年来到日本，他与改良派建立的关系，不像孙中山那样天真幼稚。人们还记得，推崇杨衢云的谢缵泰，多年来一直在香港与改良派进行的谈判，杨衢云到日本后，与之相应的努力配合起来了。杨衢云是一八九九年夏天与梁启超谈判的参与者。当时，梁启超在和孙中山的通信中，曾坚持邀请杨衢云参加他们的会谈。但在六月，关于在横滨冯镜如的营业所同梁启超举行会谈一事，杨衢云却送出了一份悲观的报告：