虽然这些菲律宾人有资金，但需要帮助其购置和运送军火。这是孙中山和日本人要做的事。通过有名无实的领袖和中间人用尽一切复杂的办法，最后雇了三井会社一艘废弃了的船，装载一船军火前往菲律宾。这些枪支弹药是从日本军队那里买来的，他们暗地里襄助这桩冒险事业。从最好的方面来说，可以成功地击败白种人最近的帝国主义暴行；从最坏的方面来说，也可以留下日本是亚洲保护人的美名。
一八九九年初夏，六个日本冒险家作为军事顾问先行，另外几个日本战士乘军火船布引丸号于六月十九日离开日本。孙中山、杨衢云和另外几个在香港的革命党人，要与宫崎、彭西一起尽快去同独立军会合。但是，这艘船在浙江海面遇到暴风雨沉没后，这个计划便落空了。军火全部损失，十三个人都淹死了。孙中山手中还有七万五千比索可供支配，他又装备了一艘军火船，试图在一九○○年一月从台湾开出。然而这时美国已有警觉，日本人没有别的选择，只好取消这次航运，把军火卸下来。
这些没有使用的军火，不久便被孙中山考虑进另一次起义计划之内。但是，在国内没有更多密切联系的战斗组织参加，是不可能实现的，同时，有争议的兴中会领导权问题仍有待于解决。
自从一八九五年会员大量逃离香港以后，这个问题便被搁置下来。凭他新近的出名和日本人对他的承认，孙中山实际上已取代了杨衢云，但在杨衢云回来之前他不能正式赶走他。杨衢云离开香港后的两年间，于一八九七年初在约翰内斯堡定居之前，他曾在许多地方呆过。在约翰内斯堡，他受到当地富裕的粤籍华侨的热情接待。杨衢云寻找的主要是避难所而不是政治上的支持，不过他还是建立了一个由十二人组成的兴中会分会。这年秋天，他收到谢缵泰关于和改良派谈判的令人鼓舞的报告后，便决定回香港去。孙中山成功的消息还给他留下了深刻的印象，不论是真实的还是想像的。杨衢云曾从外国报纸上看到，孙中山在日本已积累了一笔几百万元的军事经费，将要发动另一次起义。至于杨衢云自己的不大的贡献，是从南非华侨中筹得的几百镑。一八九八年三月，杨衢云在香港与家人和谢缵泰重新会合后，便去横滨见孙中山和陈少白。
会见的气氛是紧张的，杨衢云在与孙中山会谈后，马上离开了。陈少白急欲知道这次见面的细节，孙中山向他描述他如何使杨衢云就范。孙中山说，他回顾了广州事件，责备杨误了事：“你要做总统，我就让你做总统。你说要最后到广州，我就让你最后到广州。你为什么到了时期，你自己不来，那还罢了。随后我打电止你不来，隔一日，你又不多不少派了六百人来，把事情闹糟了……”杨衢云完全被震慑住了。后来，杨听说孙中山已为新的图谋筹集了经费，要求原谅他前过，容他重新归队。孙中山见他可怜，也就宽恕了他。
虽然在孙中山的想象中他已制服了杨衢云，但领导权问题仍没有解决。这就是对孙中山和杨衢云的谈话产生怀疑的一个理由。这种说法与我们所知杨衢云的火爆脾气也很不相符。假如杨衢云在这次对抗之后还未能从孙中山那里夺回主动权，其中可能另有原因。当孙中山和陈少白享受着他们的日本东道主的慷慨赠与之时候。杨衢云却必须为维持生活而工作。他要维持家计，没有一个有钱的兄弟来替他分担。杨发现他这次回来是很轻率之后，就开始在横滨当英文教师。尽管杨衢云仍是名义上的领导，但孙中山却继续无形地控制着复活了的起义集团。
在所办的新事中，有一件是兴中会创办了第一份报纸。在日本，陈少白越来越不耐烦，于是在一八九九年秋返回香港。当他发现英国人不会找他的麻烦后，便请孙中山从日本送铅字去。铅字很快就来了，因为孙中山从菲律宾的军火交易中得到一些好处。到这年的年底，第一期《中国日报》出来了。兴中会的老支持者区凤墀和何启也给予帮助，六个月后，当义和团骚乱使英国人对反对清王朝的活动更加宽容的时候，该报就能在反对保皇会海外宣传的斗争中采取好战的立场。这是孙中山对改良派独霸新闻领域的首次挑战。
郑士良随着陈少白恢复了兴中会香港分会，继续加强与当地会党的联系，孙中山与国内就越来越接近了。至于宫崎和平山，已于一八九八年开始分别在华南和华北观察情况，他们成了孙中山的两个非常得力的代理人。除了一八九四年短暂的北方之行外，孙中山从没有走出过广东地区，他对哥老会一无所知。平山实际上是使兴中会与这个重要的战斗后备力量建立联系的第一个人。但是，湖南的改良主义者毕永年和哥老会的头目十分友好。孙中山希望通过毕永年把他的基层组织扩大到长江流域，为此于一八九九年派毕回国，毕在国内用了约一个月时间把湖南、湖北的哥老会头目集合拢来。兴中会的另一个新的鼓动者史坚如和毕永年相遇在一起，史坚如是一个非凡的年轻人，出身书香门第，他坚信中国的未来将掌握在孙中山和会党的手里。