此后直到一九○○年六月的三年中，孙中山从没有离开过日本，在此期间，他的革命计划无不得到他的日本伙伴的集体帮助或个人的帮助。他们联合进行的第一件事，是试图使孙中山的革命派和康有为的改良派合并，按他们的潜力来说，这也许是最重要的。
一八九二至一八九四年孙中山在广州行医时，据说他的住所距康有为和梁启超的住所不到半英里远。但是他们的接近仅仅是地理上的。地位的悬殊，阻碍了他们之间建立真正的亲密联系的可能性。康有为的书院万木草堂靠近左斗山的书店，由于这个书店有翻译书，所以康有为常来光顾。这是孙中山曾借其一隅作为诊所的同一家铺子。当他得知康有为对西方文献感兴趣后，便想安排一次会见。康有为通过一个中间人回答说，假如孙中山想见他，就应当首先呈上门生帖子。虽然受到冒犯，孙中山在一八九五年准备发动广州起义时，还是再试了一下。他和陈少白拜访了康有为的书院，然而主人不在。同年晚些时候，在成立农学会时，孙中山再次求助于康有为及其学生，甚至成功地引起了康有为的一个得意门生陈千秋的兴趣，但后者却遭到老师的反对。
在这个时期，惟一同康有为有过接触的革命党人是陈少白。一八九五年上半年，陈少白在上海为孙中山执行任务，住在一家主要是前往北京会试的广东举人住的旅馆里。因为听年轻的举子们提到“康圣人”已经来了，陈少白便抱着试一试的侥幸心理去见这位躲躲闪闪的文人学士。敬畏康有为的那些人曾警告说，他们所崇拜的对象是不好接近的。但是，使他们惊讶的是，陈少白竟被接见了。康有为承认，在清王朝统治下的中国既不能改革，也不能从危亡中得到解救。康有为对革命党人的计划感到兴趣，并想了解他们的力量有多大。谈话中间，梁启超也参加进来，他也是去北京赶考的。他们三人的讨论持续了几个小时。
康有为是否像陈少白所说的那样，倾向于赞成反满的起义，是很值得怀疑的。不过在作出判断之前，我们可以为此简短地总结一下他的作用和成就。实际上，康有为对中国危急局势的反应和孙中山的反应相类似。一八七九年孙中山进意奥兰尼书院时，康有为也开始对西方的制度产生兴趣；对香港的一次访问，给他留下了同样的感受；钦佩西方的成就，对中国的落后感到沮丧。这是孙中山在香港住了几年之后也体验过的。两个人都得出了这个结论：中国要免于沦亡，就必须进行激烈的革命。但是，即使他们都展望共同远大的目标，但他们的努力在中国社会里却互不通气，各不相属。
作为一个出身豪绅家庭并且有功名的人，康有为可以很随便地进入发表意见和作出决定者之中。如果他有什么想法，即使是激进的也罢，那是很容易找到听众的。他在家乡，有学生和同事；在北京，他曾几次同数千赶考的人在一起，他能够引起这些孔门中的精华的注意。当孙中山沿着一条曲折的道路走向李鸿章的衙门时，康有为却能够大胆地向皇帝本人上书。这就是一个在信徒中宣讲的文人学士与一个设法叫人听取自己意见的没有地位的人之间的差别。
他们在地位和身份上的差别悬殊，也反映在各自对改革的态度上。孙中山作为西方化了的中国人，唯一理想的是通过建立近代的西方式的制度来提高自己国家的地位。康有为虽然也觉悟到需要进行广泛的改革，但却去干一种孙中山完全不能胜任也不喜欢的事业。对儒家学说作一番新的激进的阐释，从而使他能借圣人之名，证明制度上的改革是正确的。孙中山对儒家学说一窍不通；而康有为则把它歪曲并加以利用。孙中山是政治上的民族主义者，而康有为除此之外还是文化上的民族主义者，对康有为来说，“维护儒家学说同维护帝国一样重要”。正如肖公权所指出的，康有为把西学与中学并列，和首先由冯桂芬提出而后由张之洞推广的公式，只是在程度上而不是在本质上有所不同。但是，为了在中国完成法律、行政和经济结构上的改革，促使康有为阐述了一种从未得到传统认可的中学。他假设有一种能动的儒家学说，这种学说尽管是建立在不可改变的道德价值的基础上，却力图改革和改进人类的各种制度。如此一来，康有为就挑起了两副担子；他不仅想要改造中国，而且还想改造儒家学说。孙中山想通过将政权授予像他那样有才干的新人和西方专家来拯救国家，而康有为的目的则在于使包括皇帝在内的传统知识界皈依一种新的、革命的、变革的哲学。儒家的修正者在这种情况下，就承担起一项巨大的任务，它与崛起的革命党人的任务相比，并不更简单。