然而，不论他们认为孙中山是不是一个虔诚的基督教徒，广州当局对孙中山的革命倾向却是深信不疑。他们认识到，他们与之打交道的不是一个饶舌讨厌的人，而是一个十分危险的阴谋家。总督按传统的做法，一方面尽量严厉地对待被他所抓到的主要起义者，另方面对密谋者招募的下层人员加以宽容和忍耐。陆皓东和丘四都被杀头。丘四的伙伴朱贵全被砍死。两个年轻的水师军官也被处以极刑：程奎光杖六百军棍后死去，他的亲属程耀宸则瘐死狱中。中国新的海军计划培养出来的这些人参加起义，这一事实应使当局明白：这种与传统的忠诚相背离的倾向，并不仅仅是由于基督教会灌输了邪恶的思想，而是由于新思潮的普遍影响造成的。英国领事认识到这一点并指出：“所有同这个流产了的革命有联系的人，都是同西方人混在一起、吸收了改革和进步思想的人。”
清政府可以从囚犯或是从其他提供情报的人那里得到大多数重要犯人的身份。对犯人相貌有简单描述的悬赏“缉捕”的花红单贴遍全省。孙中山被列于名单之首，拿获他的赏格是花红银一千元。其他的人，包括杨衢云、陈少白和王质甫牧师的赏格，则只有二百元和一百元。
官方认为策划起义的全部责任都在那一小撮麻烦制造者身上，他们“煽惑愚民”。与这种看法相一致的是当局释放了许多下层的起义者，甚至送给他们每人一元钱的“旅费”。所以，这次未遂起义的一个讽刺性后果是，虽然起义失败了，但许多雇来的战士并没有空手回家：不是他们的革命雇主，而是他们想要推翻的政府补偿了他们的辛劳。
政府宽待这些普通士兵是有理由的。审讯犯人引出了他们向香港警察讲的同样的故事，即那些由杨衢云雇用的苦力“突击队”完全是为钱而来的。他们只被告知，广州正在招募“营勇”，他们的任务在抵达广州时将会得到说明，所以他们只不过是连自己也不清楚被引往何处的暴徒而已。由于这些从香港来的战士仅仅是雇佣军，所以当局以亲善的手段设法争取他们，看来是合乎逻辑的。他们要抓的是罪魁祸首，其中最为重要的是孙中山，对那些在搜捕其领导人时愿意提供合作的“误入歧途”的起义者，则决心不加追究并给予奖励。
总督之所以避而不用严厉的手段，是为了避免和他所了解的群众中存在的积愤相对抗。在广州三角洲地区可以找到成百个对现状不满的人，正是这个事实证明了公认的一触即发之势。以流离失所的农民、劳工和退伍士兵为主体的起义在这个时期屡见不鲜。虽然这些起义只是地区性的，并且缺乏严密的组织或思想成分，它们在性质上更近于骚乱，容易被镇压。甚至还有如此的可能性，即收买会党的领导人，收编他们的人马，就像一八四二年鸦片战争后曾经试过的那样。然而，一旦受过教育而又具有政治抱负的领导者来到乡下，那就真令人担心了。这正是孙中山及其朋友所具有的危险。官吏们选择了最方便的出路，那就是无情地打击领导者，而对群众则晓以将来改恶从善的儒家训诫，送他们回家。
然而，只要孙中山、杨衢云和其他四个魁首逍遥法外，总督就没法放心。谭钟麟自知自己玩忽职守，他是十分不安，以至推迟向北京报告这个事件。显然，他在首都的上司是从广州的下级官员送来的简报中第一次得知这个事件的。得到情报后，军机处于十二月二日下了一道敕令，命谭逮捕那些主犯。谭于是设法掩盖自己的失误，在送呈皇帝的一个奏折中戏剧性地描述了他的警备部队如何挫败了四万至五万土匪洗劫省会的叛乱。谭是从四月起才到广州上任的，他以说明广东平民秉性反复无常、易受利诱来开始他的报告。根据他的说法，煽动者从远在省城西南的高州和东边的惠州收罗了数以万计的无知的暴徒，然后把他们集结在香港。他描述了在谋反者的广州总部进行的逮捕，以及搜出洋斧一箱，共十五柄，是准备用来开金库的，那里存放着“闱姓”彩票的款项。谭的奏折是要尽量减少这次起义的政治色彩，把它描绘成一伙掠夺成性的土匪的冒险。这个奏折和涉及这次起义的任何其他官方文件，都没有提到兴中会的名字。谭的奏折以描写他如何把“煽惑愚民”的陆皓东及其他头目正法，如何宽待那些不明真相的次要的参与者结束。但他保证要尽最大努力抓到主要的煽动者孙中山和杨衢云。