当听说孙中山是起义的嫌疑犯时，谭钟麟不但不惊慌，反而哈哈大笑。他认为孙中山是个无害的“疯子”，“岂敢造反”！此外，他的农学会不是得到官方批准的吗？李家焯由于他的上司泰然自若，也就再不提此事了。同时，李的巡逻队在一个近郊的婚宴上发现了孙中山。孙知道自己被监视，但仍很镇静，他们也未采取行动扣留他。
当局之所以犹豫不决，有几个原因：首先，如果一个大规模的起义被揭露，那么，除李家焯外，谭总督的下属都害怕承担责任；因此，他们把谭蒙在鼓里。其次，孙中山是个基督教徒，这使他有一定的豁免权。谭的犹豫是他认为没有确凿的证据是不能控告一个知名的教徒的。最后，还有孙中山的声望。孙中山的粗心大意和不加抑制的热情反而使他看起来似乎是个无关紧要的人。他的政治抱负，他的渴望官方承认，和他的堂皇的改良主义计划，在广州是众所周知的。然而，他给人的印象，却是个生气勃勃的政治新手，而不是能够制造真正麻烦的残酷无情的阴谋家。无论作为一个革命派，或者一个改良派，孙中山认为人们要认真地对待他是困难的。这在过去曾是受挫折的根源，但当他对炸药的兴趣经过了做试验的阶段，在过去他的古怪的名声就为他提供了一张意想不到的盾牌。
然而，已经引起了怀疑，因此最要紧的是按预定的时刻表行事。但是，杨衢云却未能准时在香港作好安排，十月二十六日凌晨，他发了封电报给孙中山，报告“货物”不能按时到达，要推迟一天，即二十七日晚运到。这封电报使广州的起义者几乎慌了手脚。头一天晚上，绿林首领和其他战士已在广州聚齐，等着迎接从香港来的早班渡船。孙中山和陈少白意识到，如果不能按时起事，那么无限期的推迟便是万全之计。因此孙中山发电报给杨衢云，命他取消“装运”另等通知，战士们则回家待命。这些战士并不完全是为理想主义所驱使，这可以从孙中山不得不从宝贵的资金中拿出钱来付给他们这个事实中得到证明。
然而，想避免灾难已经太晚了。就在同一天，广州政府不是从香港的间谍便是从英国当局那里，获悉有关起义的全部情况，开始捉拿藏在当地的起义者。孙中山仍然脱逃了，但使他非常惊骇的是，他收到了杨衢云的一封电报，说接电太迟，货已下船，请孙中山“接货”。尽管杨衢云在香港的作用后来成为内部争论的问题，但杨衢云是很自觉地去执行这个最困难的使命的。
几个星期以前，香港警察已经接到三合会在为广西起义招兵买马的消息。虽然他们的调查没有结果，但在十月二十七日巡官斯坦顿获悉在香港已雇用了约四百名战士，并被安排乘“保安号”汽轮夜航，向广州进发。在码头上他发现有六百名苦力，“全是最贫穷的阶级”，他们因为没有船费而被撵下了船。他们声称，他们是萨松买办的代理人朱和雇来当“官军”的，每月十美元。他们说，他们的目的地是广西梧州。两天来他们每天得到五分钱的饭钱，还答应给他们每人一美元做船费之用。
码头上正在盘问时，朱和在两个人陪同下带着装了九百美元的皮包到达这里。这些新来的人声称，他们是给萨松买办做事的杨衢云派来的，奉命来这里给苦力付船费。虽然一群警察搜查了人和船，但没有发现武器，队长便同意他们起航。深夜，巡官斯坦福得到消息杨衢云买了大批军火，并已设法把它们装在“保安”轮上。这个情报便通过电报传给了广州政府，这样，清政府便掌握了主动权。
总督召来一千五百名士兵，以加强他的警备部队，同时又派一批人去拦截于二十八日晨到达的轮船。这样，当那些战士下船时，迎接他们的不是自己的起义者，而是由知县带领的缉捕他们的兵丁。不过，这支警察部队太小，控制不住这一大群人，其中大部分跑掉了。捉获的只有四五十人，包括带领他们的丘四和朱贵全。另外一次搜查仍然没有发现军火。只是后来那七个标有“波特兰士敏土”的木桶的收货人不来认领，才对它产生怀疑。发现这些木桶装了二百多支左轮手枪，是准备分发给那些苦力的。香港警察得到通知后，便开始寻找杨衢云，杨按其出生地说来是个英国国民。此时他已躲藏起来，不久就逃走了。
搜查广州起义者的秘密住所时，捕获了六个犯人，还搜出了旗子、武器、制服和斧子。孙中山为了逃命，跑到在香港认识的基督教牧师王煜初家里避难，然后乘轿子逃往澳门。在那里，他得到葡萄牙朋友佛兰德斯的照顾，十月二十九日，他到达香港，在那里，陈少白，郑士良和先期逃离广州的其他人正焦急地等着他。