在遭到失败令人沮丧的那段漫长日子里，罗斯福不仅要做出意志坚决信心十足的样子，而且面对那些“日本第一论者”的压力，还必须坚持这个主要战略决策——即在遏制日本的同时，把主要力量用来对付德国，但日本第一论者却把日本看作美国唯一真正的敌人。罗斯福在重重压力下工作。他必须在他自己的互相斗争的军事机构之间、在战区司令部之间、在国外战线和国内战线之间进行调停，同时对于俄国人和英国人的迫不及待的需要也要加以协调。像往常一样，比较棘手的问题沿着指挥系统无情地转到总统办公室；总统也像往常一样总是兴致勃勃地处理这一切，他从重大的战略问题迅速地转到行政细节以及令人烦恼的人事问题总像往常那样不知疲倦地在那些喋喋不休的政治家、陆海军将领、议员、外交家和官僚们之间周旋。
总统也了解，他的士兵们缓慢而又十分艰难的后撤是为了争取时间，以便把经济调整到高生产水平。珍珠港事件发生前的几个月，在几次变换权宜措施以后，1942年1月他以战时生产局来确立比较集中的动员指挥。1942年主要的工作是开发与利用美国的巨大资源，而且需要坚韧不拔地对付通货膨胀，因为战争费用每天将近一亿美元。对于这项工作，罗斯福似乎又是早已训练有素。他已不需要再在两种痛苦的出路——开支和预算平衡——之中作一抉择了，而对于那种抉择，他是从来没有经验的。形势已经替他作出了决定。现在他的任务就是挡住商人、劳工、农民制造通货膨胀的压力。多年来贯穿于他的经济思想中的观念——即平衡经济、利益协调、互利互让等观念—一为他致力于实现经济稳定提供了不可或缺的背景。
就像他在和平时期不惜一切代价专心争取选举胜利而造成困难一样，罗斯福聚精会神于当前的任务——争取军事胜利——也引起了一些难题。对霍普金斯来说这很好办，他反映他的首长的态度，对所有的政策都进行一种简单的考验：“对于赢得战争是否有利？”他是这样一种考验往往会忽略赢得战争的更广泛的战略方面—赢得战争与保卫民主政治之间的关系。有两个例子可以说明这种窘境：
1942年初，罗斯福授权军方将西海岸的几千名美籍日本人迁走，把他们安置到内地的集中营去。对军方来说，这可谓明智的预防措施，但从长远看，这却是同这个国家应予反对的一种主张的妥协。1942年9月，由于国会未能通过一项稳定生活费用、包括稳定农产品价格的议案，罗斯福很气愤，他简直是勒令国会在三周内采取行动，而且提出警告，如果国会议员们按兵不动，他就要采取行动了。国会很不乐意地照办了。这是在一个为民主思想和民主作风而战的国家里发生的惊人的越权事件。
罗斯福也许会象八十年前另一位战时总统那样，为他的严厉行为进行辩护。林肯曾问道：“难道国家沦亡了，还能保住宪法吗？人们可以截去一肢来保全生命，但明智的办法是决不会为了挽救一肢而牺牲生命。”然而，民主制度下的人民往往面临这个根本的难题：何者为生命，何者为肢体？
作为和平时期领袖的罗斯福
1943年形势发生了变化。5月，盟军把敌人赶出了突尼斯。两个月后，他们进占西西里；再过两个月，攻进意大利；到1943年9月3日，意大利投降了。在其他地方，强大的反攻也渐趋猛烈。美军在瓜达尔卡纳尔岛和布纳横扫日军，在所罗门群岛、新乔治亚岛、新几内亚、塔拉瓦展开水陆两栖袭击。美英海军赢得了“大西洋战役”。而最具有决定意义的是，经过一番史诗般的围困之后，俄国人在年初迫使德国人从斯大林格勒溃退。
到1943年底，盟国的胜利基本已成定局。现在的问题不是他们是否会获胜，而是他们的胜利是否可能导致持久的和平。
这一年也是频繁举行重大国际会议的一年。战争的战略问题和战后和平政策的问题提到了议事日程。罗斯福和丘吉尔在卡萨布兰卡、华盛顿和魁北克会晤；罗斯福、丘吉尔和蒋介石在开罗开会；罗斯福、丘吉尔和斯大林在德黑兰举行磋商。在德黑兰会议上，棘手的第二战场问题终于得以解决。不久后，德怀特·艾森豪威尔将军即被任命为最高统帅。
三巨头在德黑兰聚会，这是“人类历史上一次无与伦比的物质力量与政治权威的大汇合”。会前，罗斯福就对他能同斯大林建立切实可行、互相有益的个人关系充满信心。他确实做到了这点——只要谈判涉及的是打垮纳粹这个摆在眼前的问题。但是在关系到战后欧洲的权力模式这样的长远战略问题上，罗斯福总统由于全神贯注于军事上的胜利，从而使他在丘吉尔和斯大林面前处于不利地位。不过，也许罗斯福认为，为了赢得战争与保障和平，最大的需要就是盟国实行合作这样一个可见的事实。