基辛格懂得这一点，但决定讲得谨慎些。对肯尼迪政府进行直言不讳的批评，要冒很大的风险。肯尼迪政府里有人读书看报的，他们肯定会读到他写的几乎所有的文章。他的批评不会受到重视，只会被看作是一个没有得到政府任用的人由于按捺不住愤懑情绪而射出的冷箭。基辛格处于一种很为难的地位；假若公开批评政府，那就不但要损害朋友间的情谊，还要冒被排出于圈子以外的风险，而他是希望做这个圈子里做事的。1961年以后，基辛格经受过各种各样的内部压力，这使他懂得还是少开口为妙。他无法再像过去那样随意地进行批评了，这使他感到沮丧。在五十年代，他总是避免纠缠在个别人的错误上，但在指出政府在考虑问题和设置机构方面过于僵硬死板时，却是非常坦率的。那些比较细心读他的著作的人，对他的立场从来没有什么怀疑。1961年以后，他变得更为小心谨慎了。这种差别看上去并不十分明显。对于那些未读过他以前著作的人，他像是一位毫不含糊和非常有力的评论家。但在那些熟悉他过去论著的人看来，他是更为审慎了。
基辛格在国家安全委员会任职以后，毫无困难地恢复了他的坎布里奇的生活。他到以色列、印度以及巴基斯坦的访问，可能使这个转变更方便些。在印度，他是美国大使约翰·肯尼思·加尔布雷思的客人。在以色列，他会见了所有主要的政界领袖，而且是按照对来访的外国贵宾所安排的近乎标准的紧张日程一个接着一个会见的。在巴基斯坦，他同政界领袖、高级官员以及与各种经济援助计划有关的美国人进行了座谈。基辛格知道从这些晤谈中会得到很多裨益。他从来不是一个观光者，而是努力工作，搜集国内不易取得的各种资料。
在1961年1月与1962年7月之间，基辛格仅写过一篇文章；发表在1961年2月2日的一期《记者》杂志上，名为《争取建立一个大西洋邦联》。这篇文章列举了民主党人应该采取的新的欧洲政策的各项要素，希望新政府予以执行。早先对艾森豪威尔政策所作的严酷批评并没有缓和；基辛格写道，如果1960年最高级会谈流产以前的那种外交还继续下去的话，联盟就要瓦解。基辛格声言，新政府面临的问题没有比复兴大西洋联盟更为重要了。基辛格写道，在每一次危机中，西方总是分裂的或是举棋不定的。他埋怨说，欧洲的政治家已习惯于前往莫斯科同赫鲁晓夫举行“会谈”。他说，国家的首脑并不是正常地举行会谈；所有这一级的“会谈”只能增加签订双方协定的可能性，而这类协定对联盟是不会有好处的。基辛格对一些欧洲领导人的古怪做法极不满意，他们显出一副热衷于控制联盟中那些更好战的成员国的样子，想借此提高自己在本国的政治声誉。只要北大西洋公约组织被看成为同苏联和解的障碍，它的价值和效用就会受到损害。他在重复以前讲过的论点时，主张建立一个大西洋邦联——用他的话来说，“一个真正的联邦”。
基辛格相信马歇尔计划是战后第一个十年内的伟大成就。他认为创造一种能够超越传统的民族主义的政治结构是当前的迫切需要。西方盟国应该懂得如果坚持独自行动的话，伙伴关系的好处就不能持久。西方的团结一致是同苏联进行有意义的谈判（包括军备控制谈判）的先决条件。进一步进行新的谈判的现实可能性是存在的，但是必须依靠盟国的紧密团结和主动精神。
1962年夏天，基辛格为《外交季刊》写了一篇名为《欧洲防务中未解决的问题》的论文。这是基辛格对政府在防务领域中的成就首次公开进行的评价。他对这方面已完成的工作说了些好话，但他的失望也是很明显的。北大西洋公约组织的各国国防部长和外交部长最近曾在雅典举行会谈，照基辛格说法，他们在那里曾努力对北大西洋公约组织的战略基本上作出重新评价。肯尼迪政府至少在推动此项早已失之过迟的事情上是有贡献的。这一届政府于1961年执政后不久，就主张加强北大西洋公约组织的常规武装力量；具体说来就是要求把兵力增加到三十个师，这在1957年就已达成协议，但一直没有实现。当美国坚持必须承认和实现这个目标时，盟国就追问这是否意味着美国对核武器的信赖已下降，这是否并不反映美国核威慑力量的可靠性已经减少。美国政府的回答是坚定的：威慑力量仍然是美国的主要武器；并解释说，美国政府事实上曾尽一切努力扩大战略打击力量，并使它更经得起考验。至于提出加强非核武器力量，远非对美国核力量的可靠性有所减少，美国人坚持，这样做正是为了要加强它。基辛格认为这是“很奇怪的对话”；尽管它表面上的目的是要让美国的盟国放心，但它只是增加了普遍的不安。人人都知道，由于苏联导弹力量的发展，以及随着苏联导弹的分散和保卫周密，布置反打击力量的工作就更为复杂了。除非美国的威慑力量有高度的机动性，并把一部分力量配置在海上，否则就不可能适应当前的任务。很明显，这个问题在于为常规力量规定适当的任务，同时，考虑到苏联的新实力，为威慑力量规定适当的任务。