他们的关系是真诚的、融洽的；这也许是出于他们两人都没有设想对方是一个可能的对手。虽然在学术专业上两人是同行——两人都在讲授外交政策——没有人想要比较他们的工作或评出一个高低。在五十年代，邦迪在哈佛大学得到了一个很高的职位；对于他的才力是大家所公认的；当其他教授在院校工作的情况很少流传的时候，邦迪在格罗顿大学和耶鲁大学的成绩却传得尽人皆知，不过在传闻中稍微讲得夸张些罢了。邦迪起初就是非常聪明的年青人；他在哈佛大学三四年级学习，同时兼为教师批阅学生作业的几年就证实了很多人长期以来的看法：邦迪可能少年得志，前途无可限量。当他成为文理学院院长时，这只是证实了人们早就料到的事。当他在这个职位上干得很出色、他的温文尔雅的风度、他的才智和能力使得他的同事们很高兴时，没有人感到意外。邦迪是出众的人才；在五十年代的坎布里奇，没有人能与他相比。
当基辛格还不太知名的时候，邦迪在哈佛已经是一个中心人物了，假如基辛格拿他自己去和邦迪相比，那是很可笑的。这不是把两个不同等的人进行比较，而是把在性格上和际遇上迥然不同（生活使他们在这两方面迥然不同）的两个人进行比较，这是谁也无法比较的。邦迪对他所喜爱的人的缺点能够保持宽容的态度，他对基辛格显然也是很尊重的。他读过基辛格在其《合流》上所发表的文章的一些原稿，支持他所得到的任命，在各方面都表明他以能有基辛格这样一个同事和朋友而感到高兴。
有邦迪和施莱辛格两人在白宫，并且有其他许多朋友和熟人分散在政府各部门，基辛格能从私人途径获得各种各样的情报，而这在艾森豪威尔年代里是不能这样方便取得的。他知道了政府对于赫鲁晓夫一再威胁要同东德单独签订和约，从而事实上废弃规定四国共管柏林的所有的战时协定，感到多么苦恼。春末，随着情况的不断恶化，邦迪邀请基辛格出任国家安全委员会的兼职顾问，就对德政策提供意见。基辛格仍旧在哈佛大学任教，除了他能够看到担任此职以前看不到的文件外，他当时的生活没有发生什么变化。政府在他的迪万涅脱大道上的办公处安装了个很大的保险箱，是他担任新职以后从外表上可以看到的唯一的迹象。
1961年夏，在柏林筑墙前后，基辛格一直在华盛顿工作，这一年的其余时间，他往返在两地工作，每周有几天在华盛顿，有几天在哈佛大学。这样的安排是不很令人满意的；基辛格所处的地位不能强求他的那些白宫同事们同意他的意见，那些白宫同事们也很少有人认为需要对他提出的意见给予特别重视。在华盛顿，邦迪是“头头”；基辛格犯了一个重大错误，他以为在坎布里奇所建立的那种大学同事的关系还可以在国家安全委员会里继续保持下去。同时，他从未充分体会到因为处在一种明显的下属地位而进行工作的种种困难，他得同许多自以为比他有更多的理由参与咨询的人进行竞争。他们毕竟是政府里的专职人员；他们是抛弃了其他机会到华盛顿来准备“干一辈子”的。基辛格则是一个兼职顾问，时不时地从坎布里奇到华盛顿来一趟而已。他决不能期望像他们那样地影响政策。
但这个经验对他是很宝贵的；他懂得了很多有关联邦政府以及有关国家安全委员会的官僚政治，并且增加了有关柏林情况的知识。他从研究美国政策制订过程中所获得的印象，得到了证实和修正。基辛格回顾这个经验时，认识到这个经验向他介绍了他过去所不了解的那一级机构是怎样制订政策的。他比以前更认识到，在当教授的同时，要在华盛顿胜任一个顾问是何等的困难。从肯尼迪就职到1962年夏天这段时间，基辛格几乎没有写出什么。只要是在两地工作，加之他要做的事情那么多，就不可能有时间写文章发表了。同时，在政府部门中工作—在1961年为他作了安排的特定情况下——使他在其他方面受到了限制。他不是政府中的一员，但也不能说是局外人。
但是从1962年初开始，他就不受这些限制了；至少从理论上讲，他应该可以回到他在艾森豪威尔年代的那种写作工作上去了。文章自然又开始出现，非常醒目地刊载在《记者》杂志上，还登在《外交季刊》上。然而，熟悉基辛格早期著作的读者在仔细阅读这些文章后，会发现某些微妙的差别。尽管夸大这一变化也许是错误的，但基辛格对肯尼迪政府的批评比之于对艾森豪威尔政府的批评，似乎较为含蓄。这里可能有两种解释：基辛格认为新政府所做的工作比上届政府好得多，或者，他感到对肯尼迪政府的批评应当有所克制，因为那些制订政策的人中有许多是他的熟人。基辛格知道那些熟人里有不少人是很能干的。对于他们的干劲和贡献，他也是略有所知的。有一切理由可以相信这些人——用总统的话来说是“新的一代”—会在华盛顿或接近华盛顿的工作岗位上度过他们在职的岁月。即使基辛格不同意他们的观点，但太不客气地去指责他们，对他来讲是有困难的。他知道他们之中很多人对总统怀有非常赞赏的感情。无论正确与否，他们认为肯尼迪无疑是一个非常杰出的总统；这届政府如果不能取得非常的成就，对他们来说，那是无法想象的。这种热情是具有感染力的，即使成绩微不足道，宣传和新闻发布也把它渲染得似乎有声有色。自从富兰克林·罗斯福总统以来，还没有出现一个比肯尼迪更能感召人的领袖。大量的计划都在拟订中。像广为宣扬的总统对非洲的关心一样，虽则不断提到和平和争取进步联盟，但是对于解决艾森豪威尔政府遗留下来悬而未决的进退两难的国际处境来说，这些都算不上是果断的创议。