在克莱本营的六个月，对基辛格来说是至关重要的六个月；同样，在西欧参加战斗，被任命为反谍报队的中士参谋而实际上是在海德尔贝格郊外的一个小镇充当指挥官的六个月，也是非常重要的。他在本斯海姆拥有很大的实权，他用权也用得公正贤明。1946年5月，基辛格退役以后，仍旧留在欧洲，在奥伯拉麦高的欧洲盟军司令部情报学校充当一名报酬丰厚的教官。在那里，他非常出色地向军官们讲授他们应完成的占领任务。他认真研究了为这门课程所准备的材料；并大量引用了他在纳粹政权刚刚被摧毁以后的那一段困难时期里，在管理一个遭受战争浩劫的地区中所学到的东西。他明显的比许多在他以前担任教官职位的人能干。但是他也明白自己所知甚少，回国去再受教育是十分重要的。克雷默在这件事上又插了一手，告诉他凡是“高尚的人”都不到纽约市立学院追求学位，劝他到其他地方去申请入学。1947年春天，基辛格写信向哈佛大学提出申请，几乎立即就被接受了，于是同年9月他开始作为大学本科生在那里学习。
在第二次世界大战结束后的几年里，哈佛是一所激动人心的大学。美国士兵权利法案招来了许多第二次世界大战的退役军人（有的同基辛格一样年龄，有的年龄大一些）在那里开始学习，或者继续学习由于战争而中断的学科。在哈佛的历史上出现了几乎是绝无仅有的情况：成年人和青年人混编在同一个班级里，讲课的是那些由于战争而到过世界上遥远的地方，担任过各种不同的工作，因此生活经历已变得相当丰富的人。坎布里奇在战后初期充满了渴望和急迫的气氛，许多人（不单单是那些结了婚而深切感到自己负有家庭责任的人）学习起来似乎他们必须把已经失去的时间补回来。他们觉得在一场竞赛中已经远远地落在后面；因此对他们来说在一个宁静的大学环境里耽搁太久是不对的，虽然那些在三十年代就已熟悉哈佛的人看来，这个环境却是吵吵嚷嚷的。基辛格在当大学本科生的整个时期深居简出，没有同其他学生建立持久的友谊，他似乎丝毫没有注意到聚集在坎布里奇的形形色色的人物。他念念不忘的倒不是为将来的职业做好准备，而是学会怎样学习。基辛格生平第一次对埋头阅读和写作的生涯感到振奋；他变得有点像隐士了。
亨利·基辛格幸运地得到了威廉·埃利奥特担任他的导师。埃利奥特甚至在战前就是哈佛的一个传奇式的人物，他尽力给那几个每年由他个人负责指导的学生尝一尝他当年在牛津伯力奥学院作为一个罗得斯奖学金获得者所受的滋味。虽然埃利奥特是一个老资格教授—据说是政治系两个最有权力的人物之一——可以随意决定讲授什么课程，但他仍然坚守他在牛津学习的风格，总是选定要教一些大学本科生，每星期对他们个别指导一次。他采用英国两所古老的大学通行的教学程序：每次辅导课他要求学生先阅读一本或一本以上的书，写作短文，然后一般地讨论他们所读或所写的内容。基辛格极为喜爱这种师生关系，他钦佩埃利奥特的博学，也重视他的批评。每周布置阅读的书籍涉及的知识面很广，但埃利奥特对于基辛格能够读完布置给他的一切，而且主动要求多布置一些给他读，似乎从来没有感到意外。没有几个星期，基辛格就明白他需要同埃利奥特继续相处；如果埃利奥特同意在他写毕业论文时担任导师的话，那真是莫大的荣幸了。埃利奥特的精力、热情和坦率使基辛格十分感动，对于他的彬彬有礼、雍容大度和他那种乐意讨论基辛格提出的任何知识性问题的态度，更使基辛格为之感动。埃利奥特绝非一个学究，某些使他的许多同事对他产生怀疑的品质却使他对年轻的基辛格具有无穷的吸引力。埃利奥特感兴趣的是什么，这很难准确了解，他教政治理论，但是对国际关系和国内政治也有着浓厚的兴趣。当基辛格最初认识他时，他是华盛顿众议院外交事务委员会的顾问，通常每星期总有几天不在坎布里奇。他在校期间，学生却很容易接近他。基辛格就利用了这种情况。他觉得埃利奥特能言善辩、敢作敢为，正是一个他所希望求教的那种人。他想讨埃利奥特的欢心，认为只要显露出自己的大胆思考能力，就能够达到这一点。
基辛格的毕业论文——一份长达三百七十七页的打字稿—是他从埃利奥特这里学有成就的证明；这篇论文如此之长，竟使政治系决定制订新的规则以限制大学本科毕业论文的篇幅。大学本科学生很少会去做这样庞大的一个作业，也很少有几个教授会鼓励他们这样做。埃利奥特坚持要基辛格博览群书，使他免受学院的保护主义心理的影响，这种心理认为特殊的课本和问题似乎只适合于特殊的学科，其他种种都是不许可的。基辛格的论文写得很有生气，它把两个在许多学院里被认为观点暧昧的哲学家同另一个人人心目中的哲学大师集合在一起。基辛格论述了奥斯瓦德·施本格勒、阿诺德·托因比和伊曼努尔·康德。他的论文题目叫做《历史的意义：关于斯宾格勒、汤因比及康德的感想》。他把这三个人扯到一块，向学院的所有正统派提出了挑战。换了另一个导师也许会说这个学生在才智上过分挑剔和歧视别人了。基辛格对这三个人一一予以讨论，因为他们对他都有用处。他并不十分在乎他们是否真正是不相上下的人物，更不在乎他们是否为学术界所推崇。当然他意识到他已写出了一本巨著，而这本巨著不是每个人都准备全部读完的；因而他为那些只关心主要论点的人加上一套醒目的记号，注明一些可以略去的细目。他的论文共分四个主要部分：《斯宾格勒：历史是直觉知识》、《汤因比：历史是经验科学》、《康德：历史和人的道德经验》，最后一部分的标题是《责任感》。这本著作内容十分复杂，行文刻意求工，立论则独具慧眼。除了写上述的三个主要作家外，基辛格还觉得有必要提及亚里士多德和荷马，维吉尔和但丁，弥尔顿和斯宾诺莎以及几十个其他在这个或那个方面似乎同他所研究的问题有关的作家。基辛格始终坚持听课；还从许多在挤满听众的哈佛大讲堂发表演说的人那里学习知识。基辛格所做的笔记是他的知识宝库里的一份永久财产，而对别人来说，在期终考试顺利通过以后，笔记就再也不用了。基辛格把他在哈佛学到的许多知识都写进了论文；这篇论文表面上似乎在研究十八世纪以来某些历史的哲学流派，而事实上却反映了他个人的信念。