1958年，他在哈佛大大增加了教学工作。他组织了国防研究计划，担任主任。那些对基辛格批评最力的人——这种人数目从未达到过零——一心想贬低他在这个计划下所创设的研究班。政治学259即“国防政策和管理”这门整个学年每周两节的课，把许多高级军职和文职的官员从华盛顿（或别的地方）吸引到坎布里奇来。基辛格主讲这门课；那些不支持这门课的人认为它将沦为基辛格同他的客人们之间的一种对话，而学生则成为这种对话的特许的旁听者。在那些认为基辛格生平的主要乐趣在于身边有知名人士围绕着他的人看来，这似乎就是这个研究班唯一的理论基础。其他一些对基辛格的努力较为同情的人，认为他正在哈佛课程表里加进一门新的、重要的课程；而且以一种能使用他所擅长的议论方法组织了这门课程的教学工作。他喜爱每周开展的讨论，他精心选用的人员在小组会上辅导学生，比他一向想做到的更为有效。基辛格知道在战略研究领域里还没有完善的教学体系，而他乐于做点事来帮助创立这一学科。特别是，他因能在哈佛做这工作而感到高兴，因为在哈佛可望有相当多有才能的、对此感兴趣的学生来入学。基辛格预料战略研究这一领域或许不久会高度专门化起来，而且这样就会摒弃那种他认为最重要的思想。基辛格要在不贬低技术性的研究的同时，强调他自己正在从事的另一种研究的重要性。他看到通过国防政策研究班，就有可能实现上述某些目的。
基辛格坚持，研究班不仅要对文理学院的学生开放，同时要对所有研究院和专业学院的学生开放。在五十年代后期，那种跨系注册的自由在哈佛还是少见的。基辛格所关心的是，到底是教导他的学生最后在一所大学继续教这门课呢，还是参加政府工作，就像是去“扰乱”一个法律家的心意，要他重新考虑他的专业目标——是否进一家华尔街法律事务所一样。虽然这个研究班是专门为研究生开设的，但符合条件的本科学生同样受到欢迎。许多本科学生注册后，有些就“转系”到这一领域，这大都是由于他们进了这一研究班之故。这门课很受欢迎，注册人数往往很多。
1959年7月，基辛格被哈佛任命为政治系副教授，他感到高兴。他怎么会不高兴呢？他尽管对学院生涯持有越来越严肃的保留态度——他因经常看到这里的人们缺乏宽宏大量的气度而感到惊讶，但他认为毫无疑问这种生涯提供了一种无可比拟的特权，那就是有权无阻碍地思考和发表著作。他常常谈到教授们的不安状态和心胸狭窄，不仅是他在坎布里奇遇到的那些人，而且也包括他在全国各地遇到的人。在他看来，他们往往为了争取极微少的奖金而付出极大的努力，他们的最大乐趣好像是强迫别人向上爬，像他们自己一度所做的那样。他们生活在他们自己的和他们同事的权势的幻想之中，而基辛格认为这是滑稽可笑的。基辛格对他在纽约和华盛顿遇到的许多人要喜欢得多。作为人来说，他们似乎比较完善，比较谦逊，而且令人惊奇的是比较文雅。但是他也不想同他们交换职业。他想成为一个教授——不是因为他出生于德国，对教授这一身份所具有的盛名还留下一点传统的尊重，而是由于教授身份可以带给他所渴望的一种独立性。基辛格周游全国后，他懂得哈佛的许多缺点在其他各地的大学里也都存在，看来它们几乎已成为美国高校制度中的通病。就哈佛的情况来说，这些缺点还不是经常有的。这一点就使他有充分的理由留在坎布里奇了。
但当他的职位上升后，人们同他谈话较少了，也不大想暴露他们自己的想法了，这种情况使基辛格从心底里感到烦恼。很多以其政治态度上的自由主义而自豪的人，看来连最起码的具有人情味的姿态都没有。虽然，基辛格愿意成为哈佛教师中的一个永久成员，但从未十分喜爱哈佛；他对同事们过多的反应和评价表示怀疑。虽然，他十分珍视哈佛的任命所给予他的自由，并为他的职位感到骄傲，但他感到自己在坎布里奇有点像边缘外的人物。他并不“属于”它，像某些人那样。他声称并不因此受到影响，也没有因听到同事们所作的直率评论而受到影响，这些同事中有些人他根本就不了解。他的特点通常被认为是抱负不凡的渴求权势。许多人把他看作是一个为了实现某一更大目标而刻意挑选后台老板的阴谋家，而很少有人留意到基辛格的结交是如何广泛多样。如果他因结识纳尔逊·洛克菲勒而受益的话，那么每年夏天他为外国留学生花掉数不清的时间，他所希望从中得到的是什么就不那么明显了。基辛格生活的一部分是公开的，那部分引起人们的羡慕。其他一些部分大都不为人所知。虽然他结交纽约和华盛顿的知名人士，他也同许多没有什么名声和地位的人保持密切的接触；但这决不能肯定，他从第一种人那里所得到的东西必然比第二种人那里得到的更多一些。但是，基辛格毕竟知道所有这些交往都从属于他的更大的目标，那就是对当前对外政策开展一场持续的批判，并提出另一种行得通的办法。谈话，无论是多么精彩，总不能代替写作。他要求尽可能离群索居，以便思考和写作。这使他写出了几本书和文章，并因此博得荣誉。