在约翰逊当政期间，基辛格对他本人和他的职业更加深思熟虑起来了，他更不愿写有关当前的政策问题的论文。他更勤于读书，他看了有关第一次世界大战的资料，也研究了何以1914年7月的外交活动会导致灾难并且还一般地浏览了国际关系问题的文献。他突然感到，他对很多同事的著作还不太熟悉。为了完成编写教材的任务，他重温了国际关系问题上的一些较古老的理论。他发现自己又读起哲学教科书来了。这对基辛格说来是个重要时刻。他感到他自己正在待机而动，虽则他一点也没有把握他最终要走哪条路。假如洛克菲勒能够进入白宫——这在1967年末期来看不是全无可能——那就一定会给他新的生涯创造机会。但是他对政治局势的深刻理解使他懂得，他自己的哲学观也证实了这种判断，即一个人是不能以这样的偶然事件作为拟订一生计划的基础的。如果洛克菲勒不能得到提名（看来也将是这样），那么，前途将是继续从事教育，这种生涯为他提供了新的乐趣（特别在教授大学生方面），同时伴随着所有以往的沮丧之感。基辛格虽在坎布里奇有几十个相识的人，并且参加了难以计数的学术会议和研究班，他仍然感到孤立。哈佛大学对他来说，还是多少有点问题的。他喜欢待在哈佛，但很难接受这所学院对它自身所作的评价。他仍然像他过去那样，不过是一个局外人而已。他觉得没有必要再去撰写全国上下都不感兴趣的外交政策的文章（这个国家以及它的政府眼睛里只有一个越南问题），于是他开始思考一些更大的课题。他又重新思考更加普遍的哲学问题，而这原是他较年轻时的爱好。
基辛格在当研究生时所开创的探究问题的方法，可以从一篇在1966年4月刊登在《第答勒斯》上的名为《国内结构与外交政策》的文章里看出来。在他看来，一个“革命的时期”与一个“稳定的时期”之间的差别仍然是根本性的。在稳定的时期里，一个社会的内部结构并不完全决定这个国家的外交政策；在这样一个时期里，人们可以说：国内政策的终点就是外交政策的起点。基辛格认为，稳定时期的特征之一，就是对“比赛规则”取得一致的看法。历来的外交传统允许主权国家之间进行对话，那正是因为这些国家对什么是许可的，什么是正当的，有着共同的观念。这些条件在一个革命的时代里便行不通了，讲话也困难了；甚至常常弄不清楚意见相左究竟是为了什么。正如基辛格所说的，在这种时期，“一方以为极明白的事情，另一方却认为大有问题”。
基辛格认为一个社会对它的外交政策问题的理解，是和它的国内结构与经验密切相连的。他知道，在决定“构成一个问题的原因是什么，以及用什么准则会‘解决’它时，就在很大程度上体现国内对正义的看法，反映制订政策过程中产生的压力，也反映构成领袖人物登上显要地位的经历”。基辛格坚信这三个因素都很重要，但特别强调最后一个。除非人们能够理解在一个特定国际秩序中斗争着的各种社会里的领导的性质，否则就不可能理解所提出的问题，所采用的论点，和所作的让步。
基辛格反复讲到他在学者生涯早期所坚持的一种看法，他说：政治家在外交事务中经常需要依靠猜测。他写道：“当采取行动的范围极大时，而据以采取此种行动的知识却很少或模糊不清。当知识可以掌握时，影响事变的能力又往往极小。”为了说明他的论点，他选择了希特勒的例子；他写道：
1936年，没有人知道究竟希特勒是个被误解的民族主义者还是一个狂人。等到事情弄清楚时，已经付出了千百万人的生命。”据基辛格看来，在革命时期，进行猜测的需要比任何时期更为迫切。在这种时期里，国家体制日趋瓦解，对未来作出预计更有必要。基辛格若明若暗地提出了一个问题，这就是：现代官僚机构能否产生这样一种对未来的预见，或者能不能认识到，当领袖企图这样做时，它们必须不加干涉。
当基辛格考虑国内事务对外交政策的影响时，他不厌其详地认真考察了两个因素—政府的行政结构（他实际上是把它和官僚机构等同看待的），以及领导集团形成的经验。两者同等重要。基辛格认识到，核时代的危险使政策的制订具有新的重大意义。基辛格写道，一般都主张制订计划，因为大家认为，这样就可以有较大的预见性，并从而取得较大的客观性。官僚机构十分珍视这两个性质，因为它们是处理例行公事的利器。基辛格写道，当官僚机构能把它们运用自如时，他们便听任别人去创新立异，听任别人去处理那些预料不到的局势。然而当官僚机构的例行事务处理不好的时候，官僚机构就给别人找麻烦了。在基辛格看来，如果官僚机构所规定的例行事务并不包括最重大的一些问题在内，或者规定的行动方式已证实不能解决问题时，官僚机构就成为一个绊脚石。一旦出现此种局面，就需要最高行政当局出面干预。要使官僚机器很好运转，极费时日，以致没有机会去考虑某些特殊政策的得失。基辛格写道，此外，在谋求“客观性”方面，目的与手段常常混淆一起；“注意力往往从政策的抉择—这是对政治才能的最终考验—被转移到情况的积累上去”。宝贵的时间已经失去了，等到官僚机构最后准备行动时，可以有所创造的机会已完全消失。基辛格解释道，所有官僚政治都存在这种危险；像苏联那样在高度重视意识形态的政治气候下办事的官僚机器固然如此，像美国在更富于实用主义色彩的背景下办事的官僚机器也未尝不是这样。据基辛格看来，在实用主义社会中，官僚政治的危险特别大些。基辛格写道，就美国而论，“把目前熟悉的东西引用于将来，往往就算是订下了计划”。即便那些比较着重以意识形态定方针的官僚政治也存在问题，譬如在苏联，“理论已经成为法律，注释代替了革新”。