可是他持反对意见的主要理由是政治性的。他预见联盟的内聚力将由于美国对德国和其他国家施加压力而受到严重减弱。结果，法国或许会被孤立，但是在基辛格看来，代价是太高了。美国对于欧洲的那些暂时柔顺的国家的影响会增强，然而这些国家中有许多是很不稳定的。他担心，如果德国在核力量方面的实力增长太大，这只会迫使其他国家，包括英国、荷兰和比利时等，走向中立。在基辛格看来，一种使德国成为其北大西洋公约组织的盟国日益怀疑的对象的政策，只能有益于苏联。美国正在为德国准备的那种地位，是不符合德国的利益的。如果德国要对联盟作更多的贡献，它也不应该通过成为多边核力量的欧洲的最大捐助者的办法来做到这一点。
基辛格最担心的是美国的坚守不渝和忠实可靠的声誉。他写道：“当我们的提议变化不定，在短短两个月中，从漠不关心一下子变为热烈鼓吹一支北大西洋公约组织的力量，从潜水艇一下子变为商船，在这种情况下即使最有好感的政府又怎愿跟我们走？”他知道要把方针扭转过来是多么困难，但他要求进行努力。美国允许欧洲在核力量方面取得一定地位的时候已经到来。基辛格写道：“关于欧洲核力量的未来，我们有两种选择。或者我们可以赞同英国和法国在这方面所做的努力，最先鼓励法一英搞一个共同的计划，最后归结为一个欧洲的计划。或者，我们可以把无核国家结成一支多边力量，使这支力量更能反应我们的单线指挥以及不可分割的目标体系等这样一些想法。”他继续说道：“我们选择了第二个方针。但第一个方针要好得多。”基辛格不能想像一个不包括法国和英国在内的欧洲。他写道：“因此，不但不能敌视法国的核计划，不能充其量对英国的努力表示漠不关心，我们还必须施加我们的影响使它们能为欧洲这一概念服务。这将是通向大西洋合伙共事的最可靠的道路。”
基辛格看出联盟也需要更大的政治上的内聚力。联盟由于外交上的双边主义而遭到危险；它极其需要一个政治机构去规定共同的目标，并谋划种种办法以达到这种目标。除非北大西洋公约组织能够对诸如柏林问题、裁军问题以及禁止核试验问题等取得一致意见，并获致共同的谈判立场，否则就无法订出一个共同的军事战略。这些问题必须分别予以正确对待。在基辛格看来，联盟的威胁不是来自外界（苏联的压力），而是来自内部的分歧，即在同一问题上所反映的不同意见。
在肯尼迪在世期间，基辛格没有再写其他文章。没有记录记载他对1963年夏季所签订的禁止核试验条约的想法；对肯尼迪在世的最后一个秋季政府在越南的举动也没有公开发表评论。基辛格仍以多少带些狂热的方式继续他在哈佛的生活，直至1963年11月的悲惨的一天，当时他的秘书冲进他的办公室，告诉他总统被刺，没几天又告诉他总统已经死了。基辛格为一个被命运残酷对待的不幸的人表示哀悼；但他不认为国家失去了一个非凡的、有才能的领袖。尽管基辛格尽力想把肯尼迪当作他心目中的英雄，可是他从来没有能做到这点。肯尼迪的许多朋友和同事们意识到，基辛格对总统的态度是有保留的。按照基辛格的标准来看，他认为肯尼迪够不上那种号称二十世纪伟大领袖之一的人应该达到的标准。一个凶手的子弹并没有改变他的判断。这与其说是一个反面的判断，倒不如说是一个中立的判断；他的确没有深刻的印象。他赞赏肯尼迪的精力和生气勃勃；他怀疑许多成就的实质内容。他对约翰逊能否干好这些事很想弄个明白；几星期后就很清楚了，在外交领域中——基辛格唯一全神贯注的方面——约翰逊同肯尼迪干得差不多。基辛格并不觉得意外，时间离1964年的大选太近了，政府无法另搞一套新的方针。
1964年3月，当基辛格接受对外关系协会的邀请在该协会的大西洋政策研究讲座中作一系列讲演时，他决定详细讨论美国同它的欧洲盟国关系恶化的问题。有一部分讲演作为文章发表在1964年7月的《外交季刊》上，题名是《核时代的联合外交》。1965年4月，又把这些讲演铺叙为一本书，书名是《麻烦的伙伴关系》。正如它的副标题所指出的，这是对大西洋联盟的再评价。基辛格对于肯尼迪所采取的政策和在他死后开始执行的那些政策，是一样看待的。肯尼迪在外交事务和国防方面任命的人，大多数继续留任原职，并且仍在执行基辛格认为不同程度地令人失望的政策。至少在他的心目中，联盟已经陷入一种很悲惨的局面。