基辛格承认，美国宁愿有一个欧洲核力量而不愿有纯属各国自身的核力量，这是合理的；他甚至了解为什么美国那样拼命地要达到这一目的。可是他问，对于规定那支力量的任务以及制订计划使其与美国的核力量相协调，是否就可以不必予以关注。它的内在特性看来是很次要的问题；美国极力主张的“混合工作人员”（即不同国籍的工作人员），基辛格斥之为只是从“技术性的安全设施”来考虑的，几乎跟他认为首要的政治问题毫无关系。他关心的总是“全面战略”而不是“某种特殊解决方案的内部结构”。
形势要求于我们的是大西洋两岸都必须恢复信心。基辛格不相信当戴高乐和阿登纳两个老人离开政治舞台时，联盟的困难因此消失，他也不相信“历史的进展”会解决美国的问题。基辛格写道：“把两个伟大国家的领袖看成障碍而不看作机会的一种政策，会使我们有可能变成事物囚犯的风险。作出创造性行动的时间，就是当旧的形式正在解体的那一片刻，而不是在不可知的未来，而且到了那时候，问题和要求可能是大不相同的。”
基辛格在他的批评中是谨慎的；他竭力避免提到肯尼迪任命的与他的看法不一致的某些人。他也不指总统本人。可是对整个政府则作了含蓄的批评。政府的军事政策在北大西洋公约组织中正在制造混乱；在柏林问题上，它的外交工作是不恰当的；它也不懂得如何跟戴高乐打交道。这些指责的调门是压低了；可是又不会被误解，特别不会被那些在白宫、国务院或者国防部里读到这些指责的人所误解。基辛格使华盛顿内外的比较热情地支持政府的人很难感到高兴。
尽管他通常是避免对肯尼迪政府的个别成员提出批评，但在1963年3月，他极为详细地写下了麦克纳马拉的许多失误。基辛格解释道，美国对北大西洋公约组织的战略是以四个主要因素为基础的：“灵活反应的理论；反对各国各自拥有核力量；敌视战术核武器；常规防御的理论”。在“灵活反应”方面，麦克纳马拉曾经多次改变他的主意，基辛格略述了几个重要的改变。至于政府对于独立核力量的敌视，前后比较一致，虽然政府对英国核能力怀有的敌意往往少于对其他国家核能力的敌意。在战术核武器方面，政府反对使用这种武器，声称这种武器会造成严重升级的危险；情况既是这样，基辛格不明白为什么还在欧洲大陆上储藏这种武器。麦克纳马拉希望欧洲的常规力量足以对付苏联的多种形式的攻击，但是，究竟多少常规力量才算是真正足够的力量，他的估计是经常变动的。基辛格感到奇怪的是，欧洲人发觉麦克纳马拉的原则一下子这样、一下子那样很感不安，而美国政府对此竟然大为惊奇。
1962年6月，麦克纳马拉在安阿伯的一次重要演讲中曾经主张，在全面核战争中主要的军事目标应该是敌人的军事力量而不是普通居民。基辛格解释道，麦克纳马拉认为“联盟所有的核武器必须置于严格控制之下，确实置于单一的指挥之下，实际上就是指在美国的指挥之下”。这些思想构成了日后通称为麦克纳马拉理论的基础。基辛格注意到该项理论中有许多含糊不清之处；譬如，更重要的目标究竟是不损害城市呢，还是破坏敌人的报复力量，就不清楚了。基辛格指出，倘若苏联的许多战略基地设置在城市附近，这一点可能是很重要的。基辛格认为破坏敌人的报复力量仍然是首要目标，即使这会大大殃及敌人的城市。基辛格预计，因为敌人的报复力量肯定会增长，而且会变得形式多样，更厉害，更分散，所以要对这种报复力量发动一次进攻而组织得很协调，就变得愈来愈困难了。最多只能有些片断的情报，而且基辛格体会得到用人们很少有经验的武器系统去打仗的种种困难。麦克纳马拉的理论只能促使美国的欧洲盟国要摆脱约束。美国是不是真正具有它自称的优势？如果它确有那种优势，那么，它为什么不坚守把常规力量当作“盾”、把核力量当作剑的传统理论呢？如果美国坚持把两者颠倒过来，这难道不显示着甚至在苏联向欧洲进攻时也不愿使用核力量吗？
基辛格说，在北大西洋公约组织内，混乱已经变成普遍现象。麦克纳马拉在试图重新阐明其理论时提出，全面核战争一定会造成几百万平民的伤亡；而所有坚固防卫的苏联基地则不可能被摧毁，并且苏联始终有着从潜水艇发射导弹的能力。欧洲人问道，情况既是这样，报复又能怎样？他们也注意到，麦克纳马拉总是谈到对美国进行全面规模的进攻。对欧洲进行全面规模的进攻时又会接着发生什么呢？麦克纳马拉要求美国的战略力量要抵挡住苏联的突然袭击，然后对苏联的轰炸机基地、导弹基地以及同它们的远距离打击力量（即能够发动第二次进攻的力量）相联系的其他军事设施予以回击，必要时，接着还可以有选择地攻击苏联的城市和工业目标。麦克纳马拉坚持，如果美国有这样的实力，特别是如果美国的核威慑力量非常强大，而且有一部分力量经常保存在海洋中的北极星型潜水艇中的话，苏联人是决不敢进攻美国的。基辛格问道，美国是否真能找到全部的苏联目标；他更担心的是——许多欧洲人也更担心——麦克纳马拉理论中关于平民死伤的含意。在理论上，美国人不会破坏苏联的城市，这会促使苏联对美国的城市采取同等措施。如果俄国人进攻美国的城市，美国预示过是会用同样的方法报复的。所有这些，欧洲人都认为很有道理；可是他们感到不解的是，为什么他们就不应该拥有同样的能力。基辛格写道：“总之，以探索最大灵活性开始的事物，已经产生了一种新的僵硬形式。我们把选择的可能归结在两个极端，一端是常规战争，另一端是全面战争；随着时间的流逝，后者将取得无法控制的规模巨大的特点，而这种战争是我们一直力求避免的。”