9月，几位克里姆林宫的医生被逮捕了，这只是刚刚开始。此前有人秘密地检举，称医生给1948年去世的安德烈·日丹诺夫治疗不到位。这个指责的人就是丽季娅·季玛舒克（LidiaTimashuk）。她的检举是日丹诺夫去世后不久送达克里姆林宫的，此时这封检举信被从档案里拿了出来，成了清洗克里姆林宫医学专家的证据。《真理报》上发表的一篇文章揭露“白衣天使的谋杀行为”。这导致苏联医学界出现了恐慌。斯大林的牙医叶夫多基莫夫（Yevdokimov）教授多年来一直是克里姆林宫牙科的首席专家，因害怕警察来抓他，他一个星期都没回过家。[28]
叶夫多基莫夫回到寓所时已经筋疲力尽。可能他已经想到政府要逮捕犹太裔的医生。从大多数受害者的姓氏来看，他们都是犹太人。苏联反对“无根基的世界主义者”运动正如火如荼地开展着。苏联境内的犹太人被迫害。他们被免职，在工作中被诽谤。大街上的反犹主义随处可见，没有人对此做出解释。对苏联人来说，要为受害者辩护是需要勇气的。官方从来不承认针对犹太公民的这场运动有暴力因素。许多著名的犹太人被送进了警察局的拘留所。苏联犹太人反法西斯委员会（成立于第二次世界大战时期）领导人所罗门·米霍埃尔斯1948年在斯大林的命令下因车祸遇害；犹太人反法西斯委员会被解散，其他领导人或被逮捕或被枪杀。[29]但莫洛托夫的妻子波琳娜·热姆丘任娜在1949年以来就被监禁流放，但人还活着。她被当做一名犹太人，要在未来的公开审判中重点审理。安全部门的警察仍不断审问她。有流言说政府打算将苏联所有的犹太人驱逐到1928年在东西伯利亚比罗比詹市（Birobidzhan）建立的犹太人自治区去。（最后斯大林和政治局委员得出结论认为，苏联那些愿意保留自己祖先文化的犹太人应该有自己的领土。）
20世纪50年代早期，斯大林是否真的打算驱逐犹太人不得而知，但学者们普遍认为这是事实；但也没有确切的证据说明这一点。[30]然而形势的变化太快，苏联犹太人普遍缺乏安全感，似乎一场大屠杀就要来了，有犹太血统的卡冈诺维奇非常紧张。也许斯大林在医生谋杀案中已经放过他了，但形势仍不容乐观。一旦清洗开始，谁都不知道情况会有什么样的变化。莫洛托夫和米高扬都被贬职了。由于热姆丘任娜还在狱中，莫洛托夫一直担心最糟糕的事情会发生。莫洛托夫和米高扬虽然是政治局成员，但他们已没有了实权。但经验告诉他们，一旦失宠，要再次赢得斯大林的信任是很难的。
1952年10月，斯大林完成了苏共十九大的布局，他对整个局势的发展感到震惊。8月斯大林召开了一次中央委员会全会。这次会议使他有机会采取措施整肃整个党政领导层，斯大林鼓励他们在将草案提交中央全会前应互相批评，这也是他观察年轻领导人的好机会。这些年轻人中就有已经是部长会议副主席的米哈伊尔。两个星期后，在一个周日的早上，斯大林给别尔乌辛打电话。他问别尔乌辛为什么不在部长会议上而是在中央委员会上提出法规修订草案。别尔乌辛解释说，他忽略了这一事实，会议主席团已经决定了这些委员会部长。对斯大林来讲，这似乎像阴谋，特别是当斯大林了解到贝利亚、马林科夫和布尔加宁轮流担任部长会议主席时，他更觉得有阴谋存在。他要打破他下属间结成的这种联盟。他对马林科夫和布尔加宁没好感，但斯大林没给自己的下属留什么机会。在他的指示下，别尔乌辛被提拔为部长会议主席团成员。[31]
斯大林然后让已经改过自新的马林科夫在中央委员会全会上做政治报告。斯大林本人的身体已经非常虚弱。1925年以来，做报告的事情都是由斯大林完成的。当卡冈诺维奇问他为什么这样做时，斯大林机智地回答说，他需要“提拔年轻人”。[32]这对卡冈诺维奇来说绝对是个好消息，但对莫洛托夫和米高扬很不利。在筹划会议议程的会议上，斯大林提出，由于莫洛托夫和米高扬是政治局不积极的成员，所以把莫洛托夫和米高扬开除出主席团。有听众以为斯大林在开玩笑，斯大林坚持说自己说的是真的。[33]在苏维埃大会上，斯大林没怎么发言，他坐在主席台特别显眼的位置上，以让听众知道自己还很健康。发言者高度赞扬了苏联已经实施的各项政策。然而消息灵通的代表已经觉察出了政治局内部的分歧。马林科夫谈轻工业，贝利亚谈非俄罗斯民族的问题，赫鲁晓夫谈农业。所有人都用伊索式的语言发言。表面上看，似乎斯大林和政治局成员的观点基本一致。