刚刚在红场上检阅完部队，同艾森豪威尔、蒙哥马利完成了盟国相关军事谈判的朱可夫，很快就消失在公众视线之中。斯大林手中握有大量关于朱可夫的污点资料，可以随时对他发难。安全机构向克里姆林宫报告说朱可夫从德国用列车偷盗战利品，这是一份数额庞大的清单，包括3420匹丝绸、323件皮革、60幅金属框架镶嵌的画，29件青铜雕像和一架豪华钢琴。[23]这实际上是苏联红军占领一地之后的惯例。换言之，每一个苏联红军高级指挥官都可能面临同样的指控。斯大林曾经意欲对朱可夫诉诸审判，但最终还是将这位库尔斯克和柏林战争中的英雄调任奥德萨军区司令（1947年2月，朱可夫又被从敖德萨军区解职）。《真理报》逐步减少了对元帅们丰功伟绩的报道，警察被授权加紧对各级军官的监督。不可否认红军（1946年恢复了苏联武装力量的称呼）在维持政治秩序和保证苏联对东欧的政治控制方面承担了至关重要的任务，同时大量财政预算划拨给红军，而国家计划委员会也在中央经济计划中越来越多地偏向于军费开支。然而斯大林渴望能够把军队置于文官政府控制之下。
安全部门也处在斯大林的怀疑之中，不过斯大林采用了不同的手段。和平时期的贝利亚不像朱可夫一样，他具有太多利用价值因而斯大林不能抛弃他，不过斯大林还是免去了贝利亚秘密警察头子的职务，这符合斯大林的利益。贝利亚知道的太多了，而且他在政府部门中安插了很多亲信。斯大林打发贝利亚去负责原子弹工程，安排年轻人负责国家安全部和内政部。谢尔盖·克鲁格洛夫（SergeiKruglov）在1945年12月被派遣去内务部工作，阿列克谢·库兹涅佐夫以中央政治局委员的身份管理国家安全事务，1946年5月维克托·阿巴库莫夫（VictorAbakumov）成为国家安全部的首脑。尽管在理论上行政领导的连续性是一种理想状态，然而斯大林有更高的要求，那就是确保他个人权力的不可侵犯性。一个长期占据秘密警察头子位置的人，将会对斯大林的统治地位构成严重威胁，尤其是国家安全部掌握着大量正式的武装力量，他们可以随时随地进行调遣。斯大林也保留了完全归他自己所控制的一个叫“特别处”的安全部门。斯大林非常依赖波斯克列贝舍夫（Poskrebyshev），希望从他那儿得到任何他感兴趣的重要事宜。他也要确保他的保镖头子弗拉西克对自己感恩戴德，并且只对他负责。这是一个警察的国度，但这里的统治者又从来都不信任警察。
斯大林非常依赖国家安全部和内务部，要是没有它们在相关事务上的高效率，就很难降低苏联军队的领导地位。苏联的国家预算总是给予安全部门大量的物质资源。古拉格（前苏联劳动集中营）仍然大量生产钻石、黄金和木材，1945年开始的铀矿开采也是由古拉格的犯人进行。斯大林对安全部门的信任伴随他对警察的支持而增长。大部分公民渴望国家在政治和经济上放松管制，然而这一希望无情地泡汤了，对社会的高压统治显得非常重要。
当国家安全部和内政部有效运作之时，斯大林并没有为苏联未来做好规划，部长会议承担了这方面的职责。经济日益的复杂化使得对专业知识的要求日渐增加，而安全部门显然难以胜任。部长会议自然希望从党的机构的过度控制下解放出来，有几个政治局主要领导人追求专家治国。这并不是一个新话题，斯大林在20世纪30年代时已经反复思考过这一问题。跟之前一样，斯大林徘徊于两种解决方案之间，一种方案是放权给部长会议，党不再干预经济工作，马林科夫尤其热衷于这一方案。另一个解决方法是扩大和增强党的权力，即使不像20年代后期那样由党完全控制经济生活，至少不会像40年代那样削弱部长会议的权力，安德烈·日丹诺夫对这一方案情有独钟。“二战”结束后前几年斯大林倾向于肯定日丹诺夫的方案。但日丹诺夫很快就失宠了，斯大林转而支持马林科夫。
从结构的角度来衡量，两种观点得到了很好的平衡。日丹诺夫和他的朋友指出如果放权给部长会议，部长会议恐怕难以保证斯大林主义意识形态的正确性。如果没有了意识形态为基础，十月革命的成果就会被逐渐侵蚀，最终损害苏联得以存在的基础。单独依靠专家治国的苏联难以生存。而争论的另一方同样有足够的反对理由，他们认为苏联生活的时代是一个军事和经济力量竞争激烈的时代，在竞争中如果党的教义占了上风，苏联在赶超美国及其资本主义盟友方面将会处于劣势。党的那些无用的监管将会束缚住苏联的手脚，最终导致苏联在与西方的竞争中处于劣势。