1937年7月25日，斯大林和叶若夫推行了第00439号令，使得这张恐怖网更广泛而深入地铺开，所有在苏德国人和具有德国国籍的苏联人都要被逮捕。然而00439号令并没有指定一个具体的逮捕配额，由内务人民委员部按照其要求自行确定，结果有55000人被判刑，其中包括42000人被枪决。[18]斯大林认为一些外国人、国内富农和反苏分子一样都会危及他的统治，但他并未完全排斥德国人居住在苏联，之后有曾在中国哈尔滨流亡的波兰人、拉脱维亚人及其他人陆续来到苏联。这一措施从1937年下半年一直持续到1938年年末。
为了解决斯大林在安全方面的担忧，国家内务委员部发动了长期的大规模逮捕和谋杀。曾经设定的“反苏分子”配额经常被扩充，民族群体中的“敌人”也在不断增加。各地方政府领导很容易就能申请增加逮捕人数，斯大林常常在电报中推波助澜，催生各地的屠杀热情。对于这场逮捕、严刑拷打和残杀的洪流，没有任何档案显示斯大林曾经试图阻止这一切。当克拉斯诺雅茨克地方党委向他报告一次有关粮仓起火事件时，斯大林的回复很简单：“不妨试试更快捷地处理这些有罪之徒，直接判他们死刑吧。”[19]对于如何人道地处理这些反革命分子，斯大林从来都没有过相关指示。相反，他所强调的总是督促下属热情地将“大清洗运动”推行下去。党、政府和其他所有机构的大量人员被他除掉了。我们可以用一句话形容当时的情况：如果想活下来，唯一的方法就是积极主动地遵守有关镇压的每一道命令。
甚至连卡冈诺维奇都要向斯大林祈求宽恕，因为他曾经的伙伴爱奥那·雅基尔将军被斯大林认定为“人民的敌人”。卡冈诺维奇鼓起勇气指出，是斯大林曾在十年前向他推荐了雅基尔[20]。作为当时莫斯科党委书记，赫鲁晓夫也异常担心，因为他被斯大林指责为极端分子，当波兰共产主义者流亡至莫斯科并被杀害时，赫鲁晓夫急切地希望证明自己拥有纯正的俄罗斯血统。[21]
斯大林对“大清洗活动”的参与依然是直接且深入的，他的特使已经进入核心决策圈，这些人直接负责对地方领导人的逮捕和软禁。政治局委员安德列耶夫是他众特使中的一个，他曾经是反对派的成员，后来痛改前非。由于他过去的这种经历，安德列耶夫不得不对上级唯命是从。他的活动范围包括多个城市，如车里雅宾斯克、克拉斯诺达尔、萨马拉、萨拉多夫、斯维尔德洛夫斯克、沃洛涅日以及苏维埃共和国地区的白俄罗斯、塔吉克斯坦、土库曼斯坦和乌兹别克斯坦等。[22]安德列耶夫很快就决定了哪些人应该被捕，而哪些人能够接任，但他在实施计划之前要先征求斯大林的意见。他从塔吉克斯坦首府斯大林纳巴德向斯大林报告：“这里的敌人还基本上和以前一样工作着，并且很自由地在做事情”。对此，斯大林1937年10月3日回复了电报，写道：
我们指定普罗托波波夫（Protopopov）作为（党的）第一书记，伊斯坎德罗夫（Iskanderov）是第二书记，库尔班诺夫（kurbanov）作为人民委员会主席，沙格达耶夫（Shagodaev）是中央执行委员会主席。
阿谢尔（Ashore）和弗罗洛夫（Frolov）应该被抓起来，你需要及时回到莫斯科参加10月10日全联盟共产党中央委员会代表大会。
让贝尔斯基（Belski）几天内去土库曼斯坦来推行整肃运动，叶若夫会告诉他该做什么。[23]
安德列耶夫、马林科夫（Malenkov）、日丹诺夫和其他人在多个地区蹲点，督促执行斯大林的政策。
尽管从技术上来说，斯大林很难对不同地区的每一个活动都一一批复，但在整个大清洗期间，斯大林仍然对383份受害者名录进行了检查。仅这些名录就包括44000人，受害者的地位越高，叶若夫就越有可能在实施清洗活动前请示斯大林，请他签字。斯大林一直很繁忙，但无论何时，只要他发现名单中有认识的人，就会仔细浏览整个名单，并且标出自己的建议。他一如既往地勤勉，包括处理这些事情。没有迹象表明，斯大林不愿意做和“名录制定”相关的事务。他还一直让政治局中的其他成员参与到制定过程中来，莫洛托夫、卡冈诺维奇、伏罗希洛夫等人常常被征求意见，他们也经常对这些名单大加议论。莫洛托夫曾形容道：“让这只狗像狗一样死掉！”此时，斯大林还尽力避免招致过多的非议。很明显，他还存有一些忧虑，这些忧虑是他发怒时无法规避的。他使用各种手段使他的同志们能够宽恕他的做法，因为斯大林需要他们继续合谋这一肃反运动。