捷克的抵抗导致了严厉的反应。很快，有关政治和文化的言论被禁止，大学和剧院都关了门，政治党派被取缔，人民——特别是知识阶层和犹太人受到了残酷的迫害。在第二次世界大战中，死于政治迫害和集中营的人数大约在3．6万到55万人之间。捷克的犹太人几乎所剩无几。7万多波希米亚和摩拉维亚犹太人被残忍地杀害。
捷克人在物质和经济方面也付出了无法估量的代价。希特勒决心为把捷克的资源——劳动力、工业、军事装备用于德国战争目的而压榨捷克人民。德国军队控制了军事装备和工业设施（对慕尼黑协定真是一个极大的讽刺，英法两国出售给希特勒的武器将被用来打他们自己），而让捷克人在煤矿、钢铁厂和兵工厂为他们卖苦力。一些捷克人甚至被运到德国做劳工。
在布拉格被占领之后，犹太人日常生活的方式被完全打乱了。正常的日常社会工作和娱乐活动被剥夺或被禁止，或直接被取消。德国制订了严格的法律，命令捷克犹太人登记财产。1941年9月1日的法令规定，每一位犹太人出入公共场合时必须佩带印有大卫星的黄布条，上面刻着“犹太”两字。“那时，发布了很多的禁令，”一位塞雷谢恩斯达德的集中营幸存者，艾娜雷维尔说，“首先，银行被关闭了，犹太人无法取出存款。我们的商店、工厂、公司都被夺走了。孩子们被赶出了学校，各类专业人员被迫停业。我们交出了我们的汽车、摩托车、自行车、珠宝首饰、银器、乐器和小动物。所有的东西都被抢走了。收音机、滑雪工具、毛皮大衣，我们逐渐地失去了所有的一切。我们被禁止去戏院、电影院、公园、游泳池、餐馆，直到我们被禁止出现在一切公共场合。
迫使犹太人佩带印有大卫星的黄色布条的法令同时禁止犹太人外出。不准犹太人从一个城市到另一个城市，从一个城镇到另一个城镇，或从一个村子到另一个村子。“这就意味着我们和家人、朋友不能相见，”雷维尔说，“接着又发给我们配给证。德国人早已饥饿不堪，他们抢走了所有的食品，虽然犹太人拿到了配给证，但他们只能下午出去采购，这时已经什么也买不到了。日子就是这样，一个又一个的禁令……，绝大多数犹太人都有一种末日的害怕。犹太人已经和正常的社会彻底隔绝。当时的情况就是这样。”
1941年的秋季，捷克人民的不妥协激起德国采取更加极端的政策。希特勒让党卫军头子莱因哈德海德里希取代了“温和派”德意志帝国的摄政者巴罗康士坦丁冯纽雷西的位置。冯纽雷西查出了一个详细的捷克抵抗组织网。海德里希立即着手摧毁这一组织。1941年9月28日，他上台的第二天，海德里希宣布了戒严令。开始了大规模的搜捕。同时处决了所有可疑的抵抗者们，到处是一片白色恐怖。
海德里希的到来对于犹太人是一个死亡的预兆。他开始把犹太人移送到东部的奥斯维辛和其他的集中营。这是希特勒的“大规模屠杀欧洲犹太人”计划的一个部分，海德里希严令犹太人必须住在布拉格北40英里的要塞小镇特雷津。
1941年11月24日，那里建起了犹太人营地，它的德语名字是：塞雷谢恩斯达德。
塞雷谢恩斯达德是一个活地狱。1942年，镇上7000位非犹太人居民全部被送往其他地方，只留下犹太人——其中包括德国犹太人、荷兰犹太人、丹麦犹太人和捷克犹太人，他们简直与世隔绝。从1941年到1945年之间，约14．4万名犹太人被送进了塞雷谢恩斯达德。他们实际上是硬被塞进了集中营。对于成千上万的西方犹太人来说，这里只不过是去东部奥斯维辛和其他死亡集中营途中的一个小站。受害者们乘坐货车到达集中营外的一个叫做布胡索维斯的车站，然后，提着行李步行到两英里外的小镇。那里的生活条件非常恶劣。近3300名犹太人在那里死于饥饿、营养不良或伤寒，有8．8万名犹太人从那里被送往波兰的奥斯维辛集中营或其他集中营。只有1．9万名犹太人幸存下来，目睹战争的结束。
1942年8月，5万多名犹太人被塞进了这个只有12个营房和其他一些房屋的集中营。作家柯蒂博里巴在他的
犹太人的布拉克一书中写道：“每一个角落，每一个走廊，每一个房屋的顶楼都挤满了人。”每位犹太人都分配了0.6平方米的地方，几乎连身都翻不过来。有几次，住7000人的地方却挤进了9万人。饭供应得很少，而又都是些稀饭。饥饿不可避免地与那里的人们联系在一起。死亡率达到如此高的程度——仅1942年死亡的犹太人数达到15891人。以至于德国人建起了一天能烧190具尸体的焚尸炉。