当孙中山乘船到达科伦坡时，他给他的老朋友尤列发电报，请他安排与新加坡支持者进行一次会见。回想起他的上一次访问，一九○○年对康有为的倒灶的远征，孙中山不知道他能否被允许上岸。但无论如何他希望尤列及其在当地吸收的新成员能够上船来见他。事实上，新加坡当局对他并未发过驱逐令，而警察当局也答应尤列的请求，孙中山可以在船停泊港口一天的时间内上岸。尤列给孙介绍了三位华侨：陈楚楠、张永福和张永福的外甥林义顺（一个新加坡出生的教会学校毕业生），他们曾帮助尤列创办革命的报纸《图南日报》。没有时间进行广泛的讨论，但是孙中山把他在欧洲的成绩和去东京的计划告诉他们了。这是孙中山第一次会见这些富商，他们答应支持他的新组织，孙中山因而受到鼓舞。孙中山后来发展了这个良好开端，把新加坡变成了一个向马来半岛和整个东南亚进行渗透的主要基地，这个地区后来为革命筹集了大量的资金。
七月七日孙中山到达西贡，他给陈楚楠写信说，他发现当地的中国人主办的读书会——报馆，是政治觉醒的一个信号，虽然他在给宫崎寅藏的信中说，他也许要在南洋（东南亚）的各港口逗留，但他的东京使命是为最，他按照他原定的日程，于一九○五年七月十九日到达横滨。
东京的活动分子像他们的欧洲伙伴一样，正在物色一个人，来组织他们向清王朝的最后冲击。孙中山的履历大多数人都是知道的，冯自由和宫崎寅藏（孙在海外的时候一直和他们保持书信联系）则为孙中山的胜利归来铺平了道路。这一时期正是日本人的威望提高的时候，宫崎寅藏对他的同志和被保护人进行了决定性的干预。孙中山在横滨登岸的那天，宋教仁（他和他的湖南同乡黄兴对学生有很大的影响）拜见了宫崎寅藏。陪同宋教仁前去的是程家柽，程是个安徽学生，在这之前孙中山曾引起他的注意。八年前，宫崎寅藏本人曾急切等待能一睹这位中国英雄的风采，现在他告诉宋教仁对孙中山所准备的接待。他说，孙中山是一个“志趣高洁，心地光明”的领袖，是举世无双的。想到孙中山将展现在他们面前，宫崎表示他恨自己不是一个中国人。
到东京后，孙中山急欲会见重要的学生领袖，宫崎首先领他去见黄兴，孙、黄很快就建立起亲密的关系。俩人对共同的志趣——革命——讨论了很久。七月十八日，宫崎又陪孙中山去见黄兴及其副手宋教仁和陈天华，会见是在《二十世纪之支那》社举行的，这是湖南的民族主义者新创办的杂志。在介绍了湖南的活动情况（包括一九○四年的长沙密谋）之后，孙中山谈了他自己的大政方针。
他的主要论点是一切反对清王朝的力量必须团结起来。各省的孤立的、分散起义，不仅会导致混乱的政权空白期（旧王朝被推翻后常常出现这种情况），而且会给外国人以干涉和瓜分中国的权利相争提供借口。孙中山早就预见到自相残杀的危害，在一八九七年和宫崎初次见面时曾讨论过这个问题。一九○五年他再一次强调说，集聚力量对清王朝以致命打击，可以避免外国干涉的危险。如同在欧洲一样，孙中山也强调在他自己活动的两广地区有着一触即发之势。他指出，广西的会党已经同清政府的军队战斗了十余年，至今未被征服。他说，这些三合会会员具有极大的破坏力，如果没有知识分子，他们没有适当的领导。孙中山暗示他和这些战士们有特殊的关系，说他们去年曾想和他在香港接触，但由于他当时在美国，未能实现。孙中山认为，这就是学生起作用的地方。假如他们联合起来，他们就能把积极的因素注入三合会群众的破坏力中。作为领导会党的领袖，他们就能保证使革命导致“立文明之政府”。换句话说，他这是在建议继续贯彻兴中会的方针，而以一个更大、更有效的知识分子集团去扩充和加强它。
至于会党与知识分子的相对重要问题，因为同样的理由而重复了布鲁塞尔的讨论。尽管宋教仁及其朋友们想使孙中山相信知识分子重要性，可最终还是孙中山的这个观点取胜了：会党是行动的力量，只有通过它学生才能发挥作用。
统一意味着承认孙中山的领导地位，湖南人第二天抽时间在他们自己人中进行了一次讨论。陈天华同意完全合并，黄兴则主张在形式上加入孙中山的组织，而在“精神上”仍然保存他们的团体华兴会独立性。其他的人甚至有更大的保留。最后决定，各人自作选择。但是他们最有影响的领袖们已经倒向孙中山一边了。