1934年10月，上述新型战列舰的研制任务被作为帝国海军建设第三次补充计划的一环，由日本海军军令部交给海军舰政本部的时候，正是山本为参加海军裁军会议已出发前往伦敦，或许刚刚到达或许尚未到达的时候。
到山本担任航空本部部长时，大量的研究工作已基本结束，正是在部内征求意见为最后决定是否建造这种新型战列舰的时候。山本表示坚决反对。他列举了大量准确的数据阐述了他的观点，指出：建造“大和”、“武藏”这样的超级战列舰，需用大量的金钱和材料。倘把这些金钱和材料转用于日本海军的航空建设中，可大大提高海军的战斗力。然而，主张建造大型战列舰的人们并没有接受他的意见。
积极主张建造这种超级战列舰的主要代表人物是当时的海军军政本部部长中村良三大将和末次信政大将。而末次信政又是“舰队派”的首领和精神支柱，是山本打心眼儿里最憎恶的“前辈”之一。
山本的关于在未来海战中航空力量起决定性作用的观点中村大将不赞成。为建造“大和”“武藏”号超级战列舰之事，他经常同山本进行激烈地争论。无奈，海军大臣大角不得不请出伏见恭亲王从中斡旋。
山本的主要论点是：“战列舰再大，也难免被击沉。在海上作战中，飞机的机动性和灵活性远比战列舰要大得多。未来海战胜负的决定性力量将是飞机；战列舰在尚未发挥其舰炮作用之前，就有被飞机击沉的危险。所以，随着空中力量的发展，在未来的海战中，巨型战列舰将成为无用的庞然大物。”
对山本的观点持否定意见的唯一论据是：“迄今为止的世界海战史上，没有一艘战列舰是飞机击沉的”。的确，当时山本也确实拿不出这样的实例来。
山本的观点在现在看来是完全正确的。然而在当时却很少有人能够理解。部分人甚至认为，这不过是非现实的书生气十足的偏激的见解。
今天的事实证明，主张以巨型军舰和大口径舰炮为海军建设重点的观点，才是不符合时代潮流非现实的观点。它是一种感情用事的产物。然而，还是因为感情上的原因，直至开战后，还有人不愿意正视这一思想的错误。
这些人尽管否认他们的观点是错误的，但在部内私下却曾自责地议论道：世界上有三大蠢事：中国修建万里长城、埃及修筑金字塔和日本建造“大和”舰。虽然他们讨厌山本的“空海军主义”，但也不得不面对现实，承认山本是对的。不过，那是很晚很晚的事了。那时山本已经战死，一切都失去了意义。在战败的前一年，日本就已经深切地意识到，舰队的战斗力已明显下降，而且国家也没有能力再去补充和加强它了。
当时负责“大和”、“武藏”舰设计任务的，是日本造船界的权威人士平贺让和福田启二。
山本曾来到福田少将的办公室，将手搭在他的肩上推心置腹地对福田说：
“对不起，我本不愿意扫你的兴。我知道，你正在为造舰而竭尽全力，但还是得给你泼点冷水儿。我担心你不久将会失业。我认为，今后海军建设的重心将由军舰转向飞机，巨型军舰和大口径舰炮将成为过时的无用的东西。”
福田一向敬佩山本的为人。据说，他曾这样说过：“像山本那样的人，难怪连那些女人们都很恋慕。”
正如山本所说的那样，那时，福田正在“竭尽全力”想建造出世界上一流的大型军舰给人们看看，以实现作为一个技术工作者的夙愿。他接着山本的话音说：
“不，你说得不对。我虽然不能说这艘舰绝对不会被炸沉，但至少也可以说，它是不易被炸沉的。因为各种被炸沉的可能性在设计时都考虑到了。”
福田想以甲板的设计方案为例说服山本。他说，连甲板的内部结构都是采用蜂巢形的。所谓“蜂巢形甲板”(honeycombarmorplate）就是这种甲板的内部结构具有许多孔洞，像蜂巢一样。其优点是来自高空炸弹的袭击也不易穿透它，而且重量很轻。“大和”和“武藏”的心脏部位——锅炉室—上面的甲板均采用的是这种38厘米厚带有180个直径为18厘米的孔洞的蜂巢钢板。
据说，听了福田的这一番解释之后，山本并没有更多地说什么，只是说：“嗯，但是……”然后便突然停住，没有说下去，似乎仍然不太服气。