山本不是那种只顾及情人的来信而对至亲好友的信不屑一顾的人，但此信又确实没有开封，究竟是什么原因呢？笔者也颇为不解。
后来，这封信作为山本的遗物，被退给了堀悌吉。
5月17日上午10时，“武藏”舰载着山本和其他遇难人员的骨灰及遗物等离开了特鲁克岛春岛泊地。5月21日，到达东京湾，停泊在木更津港港外海面上。
勤务兵长近江，后来在回忆他长时间的海军生涯时说，我随舰在海上航行了多年，但给我留下的印象最深，心情也最沉痛的是，护送山本骨灰在海上航行的那四天。
该舰的中尉甲板军官，田结穰的儿子田结保，这次也在“武藏”舰上。后来，他被调到“筑摩”号重巡洋舰上任分队长，在莱特海战中不幸战死。山本的骨灰被送往东京时，田结保随“武藏”回到了自己的家—东京。据说，他这时曾跟家里人说过：“山本先生的骨灰盒旁还祭祀有一个将棋棋盘。”
“武藏”舰离开特鲁克前往东京时，舰上的绝大部分人员还并不知道山本的死。有关山本遇难的消息依然还是保密的。吉村昭在其所写的《战舰武藏》一书中说，“武藏”舰离开特鲁克时，虽然舰上大部分官兵并不知道战舰为何驶往东京，但有相当一部分人开始产生了怀疑。舰上长官室附近的通道被禁止通往有人无意中还看到了宇垣参谋长身上缠着绷带；也有人看到了白色的骨灰盒，还有一些人在长官室周围嗅到了烧香的味儿。
在这种情况下，经请示古贺得到允许之后有马馨舰长，命副舰长加藤宪吉大佐召集全舰官兵公布了山本等遇难身亡一事。
山本的骨灰盒被放置在长官室隔壁作战会议室内临时设置的祭坛上，这很可能是在古贺新任长官上任时，才特意把它从长官室移到这里来的。
直到5月18日，海军省才正式把山本遇难身亡之消息通知给山本的家属。在此前一天，堀悌吉作为死者亲友的代表被海军大臣岛田繁太郎召进海军省。岛田嘱咐堀说：
“明天你去把事情告诉给山本的家属，一定不能让他们感到太突然，以免因刺激过度而发生意外。”
听了，堀问道：
“我想还应该告诉给神谷町一声，可以吗？”
“我看可以。”岛田回答说。
5月19日，堀来到三十间堀的中村家。他本想直接去见梅龙千代子，可转念一想，还是应该先铺垫一下为好。于是，他到三十间堀先见了敏子。从他那憔悴的脸上，敏子立刻意识到，堀的前来定有大事。于是，她紧张不安、疑惑地连续问道：
“堀先生，发生什么事了吗？莫非是山本先生……”
“到底是怎么回事，是山本先生病倒了，还是阵亡了？”
“他阵亡了，不过，在我没有同千代子说以前，你千万不能告诉她。”堀回答说。
这天，千代子正巧外出了。他到两国去观看历时八天的夏季相扑大赛了，住在神谷町的家里没回来。她回到三十间堀后，侍女告诉她说：“听说，堀悌吉先生来电话说，明天上午9点钟他要来看你。”听了，千代子想：“会是什么事呢？”第二天，堀悌吉果然来到了。他脸色铁青，毫无表情地说：
“现在有件事要告诉你，请你千万要冷静一点。”堀首先缓和一下气氛说，“山本战死了！”
这句话如同晴天霹雳，千代子当即昏迷了过去，过了好一会儿，她才苏醒过来。
大本营是在第二天的5月21日，向国民公布山本遇难身亡的消息，也就是“武藏”舰抵达东京湾的当天下午。全文如下：
联合舰队司令长官海军大将山本五十六，本年4月于前线，在同敌人作战的飞机上指挥全面作战中，不幸壮烈牺牲。遵圣上亲命，接替他职务的是海军大将古贺峰一，已前往联合舰队就任。
同日，情报局发布的公告称：追授山本大勋位、功一级、正三位、元帅称号，按国葬规格进行安葬。海军方面还请求加赐山本以“男爵”称号，但未批准。
5月23日，停泊在木更津海面的“武藏”舰上的全体人员行动，从一大早就开始了大清扫，然后，在舰上举行了告别仪式。上午11时30分，山本的骨灰盒被移至特意前来接运的驱逐舰“夕云”号上，由“秋云”号驱逐舰随从护航送往横须贺。临行时，联合舰队旗舰“武藏”上的全体官兵列队甲板，举行了隆重的送别仪式。