他给堀悌吉写过的信，后来被收录在《五峰录》中。从这些信可知，他出任联合舰队司令长官以后，对海军上层的无主见和平庸无能极为愤慨，有时，甚至破口大骂。其言词的激烈、反应程度的强烈远远超过了山本。
古贺临到联合舰队赴任之前，曾到铃木的私邸拜访了铃木。不出山本所料，他和他的几个同学从拉包尔发给铃木的那封信果然被铃木供放在自己家中的神龛前。此时，古贺也刚刚收到和寄给铃木的一样的山本及其同学从拉包尔寄来的信，这封信后来被收录在《五峰录》中，信的内容是这样的：
我们在东南前线举行了学友会。会上，我们追忆了学生时代的往事，畅谈各自的体会，实在开心。现简书寄上，谨此遥祝阁下健康愉快。
第37届毕业生
名誉会员山本五十六
草鹿任一
小泽治三郎
鲛岛具重
武田哲郎
柳川教茂
信中有6个人签了名，落款日期是4月13日，也就是拉包尔用电报向前线各基地通知山本视察计划的那天晚上。
在此之前的4月4日，也就是山本生日的那天，古贺邀请古川敏子，到横须贺去游玩。
镇守府的庭院中，盛开着山茶花和樱花，给人以一种清新愉快的感觉。古川敏子顺手摘下一朵花对古贺说：
“这花多美呀！把它夹在书里，干了后，可以送给山本，太好了。”
“是让山本看吗，要是把它腌咸后送给他吃，岂不更好吗。”古贺建议敏子说。
闲谈中，敏子提到山本给她的来信说：现在，他的手有些颤抖，脚也浮肿了。
古贺也已经知道，山本的这些情况。据说，当时古贺接着敏子的话茬说：
“是的，我曾为此到岛田那里去建议过，想让山本回到大陆上来养一养。他像是同意了，可是，不知为何直到现在也没有动静。”
大概是在此一周以后，古贺接到了山本和他早期在“宗谷”号上的同学们的联名来信。万万没有想到没多久，古贺又突然得知山本遇难身亡的消息。
4月20日，海军省正式收到确认山本遇难身亡的电报。对这一不幸的消息海军省严格保密，只有包括古贺峰一和堀悌吉在内的少数人知道。当时，连山本的家属也没通知。
据说，这天，山本重治正在省内自己的办公室里办公。突然，堀弟吉心情沉痛来到他的房间。一进房门，他用右手按下左手的两个指头打着手势，只说了一句话：
“这个”
山本一惊：
“是山本先生发生了意外？”
堀微闭双眼，往后仰了仰，没再说什么，就走出了办公室。
山本曾嘱托过：“必要的时候，请把我的东西交给堀悌吉。”
约一个月后，泽本次官将山本存放在次官室保险柜中的口袋，转交给了堀悌吉。
口袋中，除有16张崭新的面值为100日元的钞票（计1600日元）外，还有前面第七章中已提到的几样东西：山本任海军省次官时的《述志书》一份、1941年1月所写的关于夏威夷作战和联合舰队人事更换问题的备忘录一份、同年12月8日，即开战那天所写的带有遗书性质的《述志书》一份。12月8日的《述志书》中这样写道：
此次出征，乃奉圣上之诏，欲成就皇命，大功告成，必置生死于度外。如此大战，乃昔不曾有，任重道远，征程坎坷多艰。吾深知，不弃名利之念，不摆脱私欲之缠绕，欲完成克敌制胜之重任，难矣。
为遂皇愿，
保卫疆土，
失名舍利，
粉身碎骨，
在所不辞。
日本历来的传统思想是“武士珍视自己的名誉”山本不畏牺牲，更不怕有损于自己的名誉，毅然决定采取突袭珍珠港的果断行动，可以想象，他是很费了一番思索的，才最后下定了这样的决心，可见，他是做好了充分的思想准备的。
然而，也有一些人对山本上述《述志书》中的一些说法提出了种种非议。
对此，草鹿任一说：
“那是山本说给自己听的。作为一个高级指挥官，在他下定某种作战决心以前，往往会思之颇多：是这样好呢，还是那样好呢？这是理所当然的，无可非议。当然，作为当时来说，他下定那样的决心，也许是失败的，但对后世来说，也许又是对的。他这样想难道不是正常的吗，可以理解的吗！至于他考虑到自己的名誉的问题，那更是在情理之中。通常情况下，作为批判者来说，多半都是从事后的角度，以成败论英雄的。在这里，我不妨也反问一句：‘那样的话，如果是你，你能做得到吗？’”