据说，义正曾恳切地同父亲的部下及部下的夫人们说过：
“我们对有关父亲的事情知之不多，希望你们能多讲些给我们听。”
山本的死，使海军的官兵们和普通国民沉浸在极度的悲痛之中。他们不能不为战争的前途而感到忧虑和不安。
山本的死，还使国内的文人学士们震动了。他们痛定思痛，长歌当哭，挥笔写下了大量激情四溢的悼念性诗歌。
土屋文明、川田顺、佐佐木信纲和会津八一等以写和歌而著称的作家们，写下了大量悲壮的和歌；高村光太郎、佐藤春夫、和西条八十等有名的诗人也怀着悲痛的心情赋诗悼念山本。我认为，在这大量的诗歌中，感人至深的当属早在长冈中学时山本的同窗学友，现为宫中御歌所职员的外山且正所写的几句诗文：
虽言皆颂提督好，
我看还有非议人。
歌罢老友仰天叹，
百感交集泪满襟。
米内光政得知海军省“山本已战死在战场上”的通知时，正在和政友会成员绫部健太郎谈话。据说，米内得知这一消息后，立即流下了眼泪，他顾不得去擦，痛苦地闭着双眼对绫部说：
“山本也许愿意这样死去，他或许感到满足了。然而，不论是日本还是海军，却失去了一个不该失去的栋梁。”
山本任次官时的副官们以及很多海军方面的人士都一致认为：山本的死，无疑意味着日本的衰败。高木？吉这时在午鹤镇守府任参谋长，特意从午鹤赶来京都。会见京都帝国大学的学者们，他乘车行至市内时，意外得知了山本战死的消息，这使他大为震惊。瞬间，他联想到：“这样一来，战争就无法再打下去了；在目前的海军中，能够胜任接替山本先生任联合舰队司令长官职务的人，只有山口（多闻）和小泽（治三郎）先生。然而，山口先生已在前一年的中途岛作战中阵亡，就海军的论资排辈的迂腐传统来说，又不可能任用小泽先生。完了，一切都完了！”
高木的这些念头，虽然只是在一闪间出现的，但却给他留下了深刻的印象。至今，对这件事情，他还记忆犹新。
山本遇难前不久，田结穰到中国任日本驻中国舰队参谋长，驻在上海。
继古贺峰一之后，久病初愈的吉田善吾，也来到上海，任驻中国舰队的司令长官。
一天，吉田疑惑地对田结说：
“喂，参谋长，近来我总觉得山本好像有要死的打算，在他近期来信的字里行间，好像隐约地暗示了他的这一想法。”
也许吉田的猜疑是有道理的。此后没多久，果然传来了山本遇难身亡的噩耗。
松永敬介非常了解山本。他更清楚山本对尚未发生的事情有敏锐的预感，因此，当他得知山本遇难身亡的消息时，当即很自信地推断说：
“即使他不是有意自杀，但至少他也预料到这次行动可能会遇到的危险。很明显，他是故意为自己安排了死期。”
近藤泰一郎也曾断定说：
“他已经有了死的想法，至少，他也是怀着‘一死了之’的心情登上飞机的。用陆军的话来说就是，他故意走进了敌人的枪林弹雨中。”
山本遇难时，藤田元成为航空队司令官，驻守在千叶县的馆山。山本的死，对他来说，实际上是双重打击：一方面失去了自己心目中最崇敬的人；另一方面丧失了自己最可信赖的上司—联合舰队最称职的司令长官。这突如其来的打击，使他不寒而栗，尽管他没跟任何人说过，但他从这时起开始意识到：日本已经完了。
绰号为“地瓜先生”的深泽素彦，专门负责海外占领地宣传工作。大本营广播山本战死的消息时，他正在举行夏季相扑比赛的两国采访比赛实况。听到这一不幸的消息，他感到既震惊又悲伤。
为山本举行国葬的那天，太平洋石油公司的松元坚太郎，通宵未眠，整整哭了一夜。
对美国来说，击落山本座机的价值，不仅仅在于使对方失去了一个高级指挥官，而更重要的是，巨大打击了日本国民，特别是日本海军全体官兵的心理。
在当时的日本金融界中，曾有人暗自希望山本能尽早结束战争和战后收拾残局。山本的死，使他们的希望成了泡影。据说，山本国葬后，不久，松本赞吉到东洋经济新报报社去访问石桥湛山时，石桥曾深表遗憾地说过：
“失去山本这样一个人，实在太可惜了。我虽然未曾见过他，但是我总觉得他是收拾战后残局的最合适的人选。他立过威震全国的赫赫战功。如果他出面收拾千疮百孔的战后日本的残局的话，即使有些国民对某种实施的政策等强烈反对，但是，只要向他们解释‘这是山本五十六大将的主张’，我想他们也一定会接受的，即使他们一时还理解不了，也会采取忍耐的态度。再者，战前，他是主和的，不主张同美英交战的人，这更有利于日本获得舆论界的支持。”