这一点如果属实的话，显然，电报自然不是陆军守备队所发出的。
第二份密码电报，是拉包尔东航空基地的指挥官于山本出发的当天早晨发给巴拉尔基地指挥官的。这封电报通知说，两架陆基轰炸机和6架零式战斗机已经出发。
第三份电报是，山本的座机出发后，在飞行中，机长发往巴拉尔基地，告诉“将于07:45到达”的电报。
这两份电报，因为是用比较简单的航空用密码发出的，美方很可能破译。但是，这是出发的当天发出的，即使被美方破译，但也来不及作截击的准备。
第四份是4月13日发出的那份冗长的密码电报记有山本视察详细日程安排的。前面已经提到，城岛少将见了这份电报后勃然大怒。这份电报是用有5位乱数的“波密码”发出的，其构成同“吕密码”是一样的。“波密码”的乱数表是4月1日新更换的。
正如前面所说的那样，新更换的乱数密码，在10天或两周之内，如果不是直接盗去密码书，仅靠密码理论和使用常识是绝对破译不了的。因此说，军令部第四部坚持说“密码绝对不会被破译”也不无道理的。
第五份电报是4月16日以联合舰队司令长官的名义发给东京军令部总长及海军其他首脑，以汇报“”号作战计划执行情况的密码电报。这封电报的末尾还写有这样一句：
4月18日前往肖特兰视察后，4月19日将返回旗舰“武藏”。
虽然我们并不知道使用的是何种密码发这份电报，但根据以往的惯例可知，以联合舰队司令长官的名义向上汇报作战情况的电报，历来都使用机密等级很高的密码。
在二次大战日美交战的历史中，至今还有很多疑团未搞清。山本遇难一事只是其中的一个。20几年的时间在历史的长河中虽然只是沧海一桑，但战争毕竟已结束20余年了，想弄清战争中的那些至今尚不清楚的历史事件，的确是越来越困难了。随着时间的推移，那些未解之谜，也许只有不了了之了。山本遇难一事的当事者，有的在后来的作战中已经阵亡，侥幸活下来的人在战后大多也相继去世。现虽有战时公式化的官方记录，但也难辨真伪。正如前面提到的高木吉所一再强调的那样，“完全相信战时的那些公式化的记录，那是危险的。”
山本遇难一事在许多遗留未解的问题中，是最引人注目的。究竟是谁击落了山本乘坐的323号陆基轰炸机呢？在这一问题上，长时间内，日美双方一直都在认为是美国陆军航空部队的托马斯·兰菲尔上尉所驾驶的飞机击落的，几乎没有人提出过异议。因为他自己也曾公开证实是他亲手击落的。
战后，美国英文版《读者文摘》杂志曾悬赏征集“体验记”。兰菲尔上尉写了一篇题为《我击落了山本五十六的座机》的文章应征并获得了重奖。1967年，日本将该文译成日文，刊登在同年一月号《读者文摘》杂志上。美国人证实了山本遇难这天的详细战斗经过。
兰菲尔的文章说，究竟有多少架P38战斗机参加了截击山本座机的战斗，过去众说不一。有的说24架，有的说18架，还有的说16架。实际上，16架的说法是正确的。出击时确曾派出18架飞机，但其中有两架发生了故障，中途返回了基地。
看来，16架的说法是站得住脚的。不过，兰菲尔的文章中说，空战刚一开始，美机就击落了日本的一架零式战斗机，接着，连续又击落了数架，这一说法是错误的。
日本海军204航空队派出的6架护航战斗机，实际上，没有一架被击落。兰菲尔很可能是把稍晚些时候布因基地派出的前往救援的零式战斗机同那6架护航战斗机混淆了。他的文章中，并没区分开来这两部分飞机。为山本座机护航的战斗机队由6架飞机组成。队长是森崎武中尉。该机队又分为两个小队。第一小队1号机的驾驶员即队长森崎武，2号机和3号机的驾驶员分别是野上丰光一等飞行兵曹和杉田庄一飞行兵长；第二小队1、2、3号机的驾驶员分别是上等飞行兵曹、冈崎靖二等飞行兵曹和柳谷谦治飞行兵长。
其中的森崎、野上、杉田、日高、冈崎等5人到大战结束时均已阵亡，只有柳谷因在蒙塔一战中负重伤失去了右手，回乡而侥幸活了下来。《丸》杂志的主编高城肇曾特意走访了现在东京的柳谷谦治飞行兵长，并于去年——1968年出版了一本名为《六架护航战斗机》的书。该书进一步证实了在这次作战中，历史事实是6架护航战斗机一架也没有被击落。