直到这时，也并没弄清楚密码是否被破译，因此，山本的遇难依然被认为是一次偶然。
最后还是美国揭开这个谜的。战后，美国公开发表文章说：是因为破译了日本的密码，才成功地伏击山本座机。
担当这次伏击任务的是，驻守在瓜岛亨德森空军基地的美陆海军和海军陆战队的混合航空部队。该航空部队的司令官是麦克·米查少将。约翰·米切尔少校任具体执行伏击任务的P38战斗机队的总指挥。伏击机队由16架P38战斗机组成。托马斯·兰菲尔大尉所驾驶的飞机击落山本的座机。
麦克·米查是杜利特尔轰炸东京时“大黄蜂”号航空母舰的舰长。他被晋升为少将后，因指挥有名的所罗门空战再立战功而名声大噪。
4月17日下午，米查少将在瓜岛基地收到由哈尔西转来的尼米兹的一份绝密电报。电报中说“日本的山本提督，明天，即18日早晨，将于拉包尔出发到达巴拉尔，然后，转乘猎潜艇前往布因。预计到达巴拉尔的时间是上午9点45分（日本时间是7点45分）。山本历来严格遵守时间，从不提前或推迟。你部一定要在上述预定的时间进行行动。”此外，电报中还详细地说明了山本座机的机种和担任护航战斗机的架数等有关情况。该电报最后还命令说：“一定要想尽一切办法把山本的座机击落。”电报最后的署名是“海军部长弗兰克·诺克斯”。
此外，还有一种说法。有人说，夏威夷的尼米兹上将并不认为通过破译密码的手段杀害敌军的高级将领是件很光彩的事情。因此，他把这一问题上呈给了华盛顿，让上面作最后裁决。
有人说，切斯特·尼米兹和威廉·哈尔西是性格截然不同的两个高级将领。哈尔西很像大西泷治郎，尼米兹是一个同米内光政的性格很接近的人。其实，这种说法未必可靠。因为在那样你死我活的激烈战争中，任何稳健有理智的军人，也不会像绅士那样彬彬有礼。实际上，尼米兹所担心的是，怕因截击了山本而使日本察觉到美国已破译了他们的密码。因此，当初曾产生过犹豫，是否截击。后来，因为找到了避免日本产生怀疑的手段，即使日本改变原用的密码，美国同样也有相应的对策，所以，最后才果断地下决心进行截击。
对尼米兹来说，他并不为因用非正当的手段杀害了山本而感到有愧于心，因为他当时对山本并不很了解。悲剧就在于尼米兹所杀害的山本原来是舍命抵制日德意三国同盟并坚决反对日本同美国交战的人。战争结束时尼米兹终于了解到山本的一切并认识到山本的观点和行动的真正价值。
接到来自上面的电报命令后，麦克·米查少将立即开始拟制截击方案，并着手进行一应准备工作。
那么，山本的遇难的原因是否是因为那份电报被美国破译？美国又是怎样破译的呢？这些疑问，如同珍珠港、中途岛作战中所提到的密码电报被破译一样，长时间以来，依然还是个不解之谜。在尼米兹所写的《海战史》一书中，也只简单记述有“由于破译了日本的密码电报，所以才准确无误地击落了山本的座机”，并没涉及到事情的详细经过。
在截击并击落了山本座机后的第二天，亨德森空军基地的P38战斗机队，虽然没有任何战斗任务，但他们依然装作同18日一样，几次编队飞至布干维尔岛的上空，并故意让日本发现他们的空中行动，以使日方误认为山本的遇难同破译密码毫无关系。相反，日本拉包尔的东南方面舰队司令部也有意发出了一份草鹿任一司令长官要到前方视察的假的密码电报，试探美方的动静，但是，美方没作出任何反应。
美国的掩盖法获得了成功，而日本的试探却被美方识破了。
战后，从事这一问题研究的日本旧海军有关人员经调查了解后得知，关于山本前往布因、肖特兰视察，前后共发了6份电报。
其中的一份电报是，山本所要视察的巴拉尔基地的陆军守备队为了报告山本视察一事而打给布干维尔岛第17军司令部。
从海军的立场来说，当然希望被美破译的密码电报不是海军而是陆军发出的，事实上，他们也坚信海军所发出的密码电报不会被破译。为了证实这一问题，战后，日本海军曾有人打听美国海军情报部门的军官说：
“你们至少也应该告诉我们，你们所破译的密码电报是日本海军的还是陆军的。”
据说，美国情报部门的军官没有口头作答，只是在桌子上写了个“N”字。