边让事件在兖州引发了地震一般的波动，陈宫等人相率叛离，曹操的事业几乎从此一蹶不振。在那次吃了大亏后，曹操学乖了许多，名士宗世林当面让他下不来台，他也就没给大官做而已，狂士弥衡对他采取击鼓骂曹的人格侮辱方式，实在容对方不下，便端茶送客，将其送给别人。因为曹操知道，杀一个宗世林、弥衡容易，关键是后遗症很可怕，重者将导致边让事件那样众叛亲离的后果，即便轻者，也会堵塞贤路，令想来投奔曹营的贤士们望而怯步。
许攸再过分，也没有超出弥衡的程度，如果曹操确实看他不爽，完全可以通过调任职务，甚至暂时撤职的方式来进行处理，最后却置许攸于死地，实在不能说是一个明智的决定。
与许攸一样因言获罪的，还有弥衡生前的老友孔融。
孔融的性情和主张一向都较为迂腐乖僻，有时还喜欢多管闲事。曹操出战袁绍、远征乌桓，他都提过反对意见，曹操让儿子曹丕娶袁绍的儿媳妇甄氏为妻，他要写信嘲笑曹操，就连曹操为节约粮食，下达禁酒令，他在照饮不误的同时，也没忘记来两句风凉话，说夏朝的桀、商朝的纣，都因荒淫好色而亡国，难道我们现在也要因此而禁止婚嫁吗？
曹操起先对孔融还能采取容忍的态度，后来随着战功和权利越来越大，便开始无法接受了。正好当时有一个叫郗虑的名士，此人心胸狭窄，是个小人，他与孔融不和，上表对孔融进行弹劾，曹操便趁势罢免了孔融。
孔融是孔子后裔，在社会上名气很大，迫于舆论的压力，曹操不久又重新起用了孔融。孔融不改初衷，还是想怎么说就怎么说，曹操回邺城后，他曾当着孙权使者的面，对曹操有所讥刺。曹操怒从心头起，于是再祭借刀杀人之法，将孔融的死对头郗虑提拔为御史大夫。郗虑心领神会，一上任就收集孔融的言行，整他的黑材料，在郗虑的指使下，有人上书奏告孔融的罪状，说他诽谤讥讽朝廷，图谋不轨。
曹操等的就是这一出，收到奏状后，即下令处死孔融。孔融家族也惨遭株连，据说连他的两个八岁的儿子都未能幸免，可谓是斩草除根，狠毒至极。
曹操此举当时就引起了社会舆论的不满。曹操自己也很心虚，亲自宣示孔融的罪状，说孔融其实是个大逆不道的人，要人们千万不要被此人的虚名和假相所骗。
孔融究竟是一个什么样的人，大家当然都看得清清楚楚，也正因如此，曹操对于人才的吸引力以及其幕僚们的向心力，都受到了一定的负面影响。
田畴在曹操平定乌桓一役中立下奇功，曹操照例论功行赏，要封他为亭侯，但被田畴推辞。后来曹操又一连四次要给他封爵，田畴始终不肯接受，甚至以死相拒。虽然这可能出于田畴志向高洁的本意，不过在孔融被杀的背景下，也不能不让人揣测，他是否有觉得曹营用人环境不佳，所以不愿再为曹操效力的隐情。事实上，自此以后，田畴也确实再未给曹操出一谋，办一事。
曹操杀孔融，当然不完全是因为自身权力膨胀，已经容不下任何逆耳之言，其中亦有在南征之前稳定内部，安定后方的考虑，出于同样目的，他每次出征，也都会关注关中的动静。
到曹操一统华北时，关中诸将中真正能与曹操对抗的，其实只剩下了马腾和韩遂。马腾、韩遂曾结拜为异姓兄弟，但此后由于部众摩擦，一变而成仇敌。曹操一面以朝廷名义帮他们调解，一面以幕僚张既为使，劝说马腾到朝中为官。
张既费尽唇舌，本已说动马腾，然而不久马腾又犹豫起来，张既怕马腾改变主意，便给关中至邺城沿途各县下了一道紧急命令，要求凡食禄两千石的官吏，必须到郊外迎接马腾。马腾骑虎难下，在不得已的情况下，只好举家来到邺城。曹操遂上表荐举马腾为卫尉，在邺城为官，而其子马超则为偏将军，统领马腾的军队，继续留在关中。
打从张绣反叛起，曹操便认定唯有送交人质，才能确保对方真正降服。尽管马超及军队还在关中，但有他父亲及其家属作为人质，曹操自然就不怕马超突然造他的反了，而且利用马超，还可以同时牵制韩遂等其他关西诸将，这也意味着，他在南征期间已基本没有后顾之忧了。
奇袭
曹操北征乌桓时，刘备曾游说刘表乘机袭击许都，结果没能被采纳。及至曹操返回邺城，刘表这才意识到自己做了错误决策，不无后悔地对刘备说，因为不听你的话，所以失掉了一次大好机会。