接下来便应该是发动南征了。在班师途中，曹操还写了一首《龟虽寿》，诗中写道：“老骥伏枥，志在千里，烈士暮年，壮心不已。”曹操时年五十三岁，已经进入他认为的“暮年”，他要争取更多的时间，尽快完成自己统一天下的志愿。
曹军原先一直都是在北方作战，基本是清一色的陆军，没什么水军，南方则不同，荆州有汉水，水战随时可能发生，所以曹操如果要南下荆州，势必还要建立水军。公元208年2月，曹操返回邺城后，即在邺城开凿玄武池，加紧训练和组建水军。
在外领兵打仗时间越长，曹操越能感受和享受到揽权的好处。早在许都时期，由曹操直接控制的司空府就无事不统，俨然是与朝廷并立的“小朝廷”，被称为“霸府”，而献帝和朝廷方面，因曹操自己忙于打仗，一直是通过荀彧所负责的尚书台来与之打交道，但是渐渐地，他对此感到了不满。
那个时代的地方政权或大员，对于中央有着相对的独立性，比如郡府被称为“郡朝”或“本朝”，郡守可称“贤君”，属史亦可称“忠臣”。也就是说，当时的士大夫普遍具有两重君主的观念，只是对于皇帝和主公的“忠”，各有侧重不同而已，有人忠心于皇帝，对主公能应付就应付，还有人只顾对主公忠，把皇帝撇到了一边。
荀彧是两边都忠，既忠于主公曹操，又忠于献帝，而且当两边产生矛盾时，他同情的天平往往会倾向于献帝一方。
荀彧原来支持曹操，就有依靠曹操的力量，翦灭群雄，持扶献帝，兴盛汉室的意图。他向曹操建议迎帝都许，为曹操所采纳，但对曹操而言，这只不过是权宜之计，内心其实想的是挟天子以令诸侯，但荀彧却完全是出自对献帝和汉室的一片忠心，他不希望汉亡，且真心希望自己和曹操都能够匡扶汉室。
看到荀彧处处维护献帝和汉室，曹操心里很是别扭，他认为荀彧没有尽到自己作为家臣的责任，证明这位首席幕僚在政治上已经有了与自己离心离德的趋向。
在占领邺城，并以邺城为大本营后，邺城随之成为霸府所在，曹操下令将尚书台也迁至邺城，并将其置于霸府的控制之下。
就这样，曹操仍觉得不够。汉王朝初期，本来沿袭秦制，中央的最高官职是丞相，后来皇室为了限制丞相的权力，用三公代替了丞相。曹操虽担任着三公中的司空，但三公地位平行，而且太尉、司徒在名义次序上还都排在他前面，曹操于是在南征前宣布废除三公，重新恢复了丞相的名称，自然，这个丞相也只能由他来当。
“曹公”变成了“曹丞相”，不光是称呼发生变化，更主要的是曹操在法制上取得了独揽朝政的保证，挟天子以令诸侯的具体运作程序也因此变化为：曹操将他的意图传达给丞相府主簿，丞相府主簿传给尚书令荀彧，荀彧传给献帝，最后由献帝以诏书的形式颁发全国。
因言获罪
权力是把双刃剑，随着权力地位的不断攀升，曹操在集中和调动资源方面，固然更加名正言顺，得心应手，但也让他逐渐产生出可以为所欲为的错觉，以致在他最为看重的人才领域都频频打出臭牌。
许攸是曹操取胜于官渡大战的功臣之一，若不是他在关键时刻叛袁降曹，曹操即便最后能够取胜，也要艰难得多。许攸加入曹幕后，一来自恃有功，二来过去与曹操是好友，说话便很不谨慎，经常和曹操逗笑取乐，甚至在很多人在坐的场合，直呼曹操的小名：“阿瞒，若是没有我相助，你是得不到冀州的。”
曹操听了很不高兴，但当着众人的面，也只得强装大度，笑着回应：“你说得很对。”
后来又有一次，从邺城东门出去，随口对左右人员吹嘘道：“曹家若是得不到我，是不能够出入此门的。”有人报告了曹操，曹操一怒之下，便下令将许攸下狱处死。
除了爱开玩笑爱吹牛，许攸并未有别的大错，曹操也未免下手太重了，这恐怕不能不让投降曹营的其他谋士感到寒心和害怕：当初人家许攸来投你的时候，你赤着脚跑出来欢迎，那抚掌欢笑的样子，曾是何等热情，如今突然翻脸不认人，难道是飞鸟尽，良弓藏？
有些具备才能或者名气的人，往往并不屑于迎合曹操，曹操最早以兖州为基地的时候，名士边让就因言辞上就触怒了曹操，使得他一时没有忍住性子，竟然下令杀了边让全家。