最后他以汉代末年贾充留朝而成晋氏之乱的史事，申言小人之党难去，讽劝神宗勇决。后来事实证明苏轼的预见，终神宗之世，尽是吕惠卿、韩维、曾布、蔡确之流，把持政柄而不能去，即使王安石亦被排挤。
苏轼此一谏稿真迹，经宋室南渡的战乱，仍为冯氏三代所珍藏，陆放翁题跋东坡谏草云：
天下自有公论，非爱憎异同能夺也。如东坡之论时事，岂独天下服其忠，高其辩，使荆公见之，其有不抚膺太息者乎！……早在苏轼甫登进士第时，欧阳修介绍他的门人晁端彦（美叔）到兴国浴室来访，由是订交，往来甚熟。这期间，端彦即常劝他言语谨慎，苏轼却说：“我性不忍事，心里有话，如食中有蝇，非吐不可。”
还有一次，又谈到这个问题，苏轼说：“某被昭陵（英宗）擢在贤科，一时魁旧，往往为知己。皇上（神宗）赐对便殿，有所开陈，悉蒙嘉纳，已而章疏屡上，虽甚剀切，亦终不怒。使某不言，谁当言者？某之所虑，不过恐朝廷杀我耳。……”
苏轼停顿一下，等待端彦的反应，而端彦默不作声，苏轼浩叹久之，续曰：“朝廷若果杀我，微命亦何足惜！只是有一件事，杀了我后，好了你。”
两人相与大笑而起。22
苏轼两上皇帝书，极论时事，即使日常与人聊天，也常讥诮时事时人。文同极不以为然，替他担忧,每每苦口劝诫，而苏轼不能听从。到被出为杭州通判时，文同作送行诗，还郑重叮咛：
北客若来休问事，西湖虽好莫吟诗。23九 遭诬
神宗是个开明的英主，喜欢听多方面的意见，所以王安石常将外来的地方官，引见皇帝，用以证见新政的成功，坚定皇帝的信心。范纯仁谏勿听信小臣之言，苏轼有听言太广之诤，都是针对这个情形而发。在安石方面，当时反对新政的人太多，很担忧这年轻的皇帝，会被众口动摇，所以竭力劝说神宗，为人主者必须“独断”。有一个独断的君主于上，必然连带产生“专任”的大臣于下，这是王安石巩固新政及其领导地位的一策。
开放言论，众谋国是，在苏轼看来，是比什么问题都重要的先决条件。他要揭破安石“独断”论的企图，限于位卑职小，没有办法进言。适逢开封府考试举人，苏轼被派为考官，就借发策来鼓励正论，以“晋武平吴以独断而克，苻坚伐晋以独断而亡；齐桓公专任管仲而霸，燕哙专任子之而败。事同而功异，何也”为问。王安石看到了，认为是讽刺他，非常愤怒。
初，言官群起反对新政，数月之间，台谏一空。一日，安石独对，向神宗进言曰：“陛下知今日所以议论纷纭之故何在？”
帝曰：“此由朕置台谏，皆非其人。”
安石说：“陛下遇群臣无术，数失事机，别置台谏官，但恐如今日措置，亦未能免其纷纷。”
于是安石荐淮南转运使谢景温为工部郎中兼侍御史知杂事。景温不能得官于中朝，以妹嫁与安石之弟安礼，结为姻亲，安石援以为助。
神宗又诏近臣举荐谏官，翰林学士范镇应诏奏举苏轼，可当其任。景温深恐苏轼这个劲敌，一旦当上谏官，必攻新政和新政派的人，遂先发制人，奏劾苏轼前于英宗治平三年丁父忧，扶丧归蜀时，沿途妄冒差借兵卒，并于所乘舟中，贩运私盐、苏木和瓷器。这件劾案，诏下江淮发运湖北运使逮捕当时的篙工水师，严切查问，又分文六路，按问水行陆行所历州县，令向苏轼曾经差借的兵夫舵工侦讯，又查知时任天章阁待制的李师中，其时，曾与苏轼遇于中途，就要他出来作供伪证，故意将这案子，闹得雷厉风行。
师中，字诚之，治平中自广南还京，他曾在史馆与苏轼共事。苏轼扶丧返蜀，师中出守凤翔，道出江陵，曾相邂逅。师中是个光明磊落的气节之士，岂肯为人做伪证。而各地方查问的结果，贩货的事根本子虚乌有，而所谓冒借兵卒一节，只是有几个眉州派出来迎接新太守的兵夫，因便送苏轼至京而已，并无冒差事实。穷治年余，毫无所得。
当景温劾苏案付查之初，声势严厉，似有将兴大狱的模样。范镇上疏为苏轼辩诬，他说：“苏轼于治平中丧父，韩琦赠银三百两，欧阳修赠二百两，轼皆辞谢不受，而现在言官劾他舟中夹带私盐贩卖，能得多少？岂有不受赠银而冒险私贩，博取蝇头小利之理。”24
其时，司马光为乞外放，入对垂拱殿，神宗问曰：“王安石素与卿善，何自疑？”