他并非不知道王安石得君之专，以及新政派垄断一切的作风，多少元老重臣，都被迫得相率走避。宋自立国以来，言官向被尊重的传统，也不惜因此破坏。今已台谏一空，苏轼，他只是一个区区八品闲官，怎能拂逆巨龙的鳞甲？倘如不自量力，他将付出何等重大的代价，也是谁都明白的后果。
然而，老百姓自己没有讲话的机会。英明的神宗，求治之心过分激切，不暇冷静思考，九重之内，听不到千家万户的号哭，也看不到老百姓咬牙切齿的冤苦。苏轼则来自田间，原是老百姓中的一分子，彼此血肉相连，痛痒关切，有一种单纯而强烈的感情，对受苦受难的老百姓抱持着情不自禁的同情心，逼得他要挺身出来，“为民请命”。
苏轼内无畏怖，外无所求，皇帝既许建言，他也不能漠视同胞们悲惨的命运，不替天下哀苦无告的老百姓，说出他们的艰难和困穷。假使因此必须要他肝脑涂地，则东汉范滂的影子在他前面，他也有这份道德勇气承受一切，做一个伟大的悲剧英雄，毫不顾虑个人的祸福。
于是，熙宁四年（1071）二月，苏轼撰进长达三千四百余字的《上神宗皇帝书》。略曰：
臣之所欲言者，三言而已。愿陛下结人心，厚风俗，存纪纲。人主之所恃者，人心而已。陛下不以财用付三司，无故又创制置三司条例一司。使六七少年，日夜讲求于内；使者四十余辈，分行营干于外。以万乘之主而言利，以天子之宰而治财。君臣宵旰几一年矣，而富国之功，茫如捕风，道路皆知其难。……汴水浊流，不以种稻，今欲陂而清之。一岁一淤，三岁而满矣。真谓陛下有意兴作，上糜帑廪，下夺农时，堤防一开，水失故道。虽食议者之肉，何补于民。……自古役人，必用乡户。今者江浙之间，数郡雇役，而欲措之天下。单丁女户，盖天民之穷者也，而陛下首欲役之，富有四海，忍不加恤。……青苗放钱，自昔有禁，今陛下始立成法。愿请之户，必皆孤贫不济之人，鞭挞已急，则继之逃亡，不还，则均及邻保。势有必至，异日天下恨之，国史记之曰：青苗钱自陛下始，岂不惜哉！……议者必谓：民可与乐成，难与虑始。故陛下坚执不顾，期于必行。此乃战国贪功之人，行险侥幸之说。未及乐成，而怨已起。臣之所愿陛下结人心者，此也。臣愿陛下务从道德而厚风俗，不愿陛下急于有功而贪富强。爱惜风俗，如护元气。仁祖持法至宽，德泽在人，风俗知义，故升遐之日，天下归化。今则招来新进勇锐之人，以图一切速成之效。多开骤进之门，使有意外之得。公卿侍从，跬步可图。俾常调之人，举生非望。欲望风俗之厚，岂可得者？……近岁朴拙之人愈少，巧佞之士益多。惟陛下哀之救之，以简易为法，以清净为心，而民德归厚。臣之所愿陛下厚风俗者，此也。……祖宗委任台谏，许以风闻。言及乘舆，则天子改容；事关廊庙，则宰相待罪。养其锐气，而借之重权，将以折奸臣之萌也。陛下得不上念祖宗设此官之意，下为子孙立万世之防，朝廷纪纲，孰大于此。……台谏所言，常随天下公议。今者物论沸腾，怨讟交至，公议所在，亦可知矣，而相顾不发，中外失望。臣恐自兹以往，习惯成风，使台谏尽为执政私人，以致人主孤立，纪纲一废，何事不生！万一有小人居其间，则人主何缘知觉？臣之所愿存纪纲者，此也。三月，朝廷诏令各路监司实地考察“青苗抑配”情形，又将选择三路试办。苏轼续有《再上皇帝书》，他将立条例司、遣青苗使、敛助役钱、行均输法，四海骚动，行路怨咨的情况，譬喻为医生用人的性命来试验毒药，断言道：“今日之政，小用则小败，大用则大败，若力行不已，则乱亡随之。”他说：
自古以来，国家存亡寄托在四种人的身上：一曰民，二曰军，三曰吏，四曰士。这四种人的人心一失，足以生变，今陛下一举而兼犯之。
一、青苗、助役法成，则农不安；均输之令出，商贾不行。
二、并省诸军，迫逐老病，而军始怨。
三、内则不取谋元臣侍从，而专用新进小生；外则不责成守令监司，而专用青苗使者，多置闲局，以摈老成，而吏解体。
四、今用事者欲消进士，纯取明经，虽未有成法，而小人招权，自以为功，而士始失望。
苏轼毅然直指谄谀之人，但求逢迎，不怕欺罔，所以凡是说军心乐于合并，百姓乐于青苗者，都是谗言，皆不可信。最后，他竟直指神宗“人皆谓陛下圣明神武，必能徙义修慝，以致太平。而近日之事，乃有文过遂非之风，此臣所以愤懑而太息不能已也”。这样的话，在那个时代，杀头尚有余辜，苏轼之奋不顾身，固然可惊，而神宗的宽容，尤不可及。