熙宁二年（1069）九月，实施青苗法，引起朝廷内外一片反对的浪潮。
青苗法是用政府籴常平米的本钱，春散秋敛，借与农户，出息二分，本意在于青黄不接时，救济农民的困乏。不料付诸执行，官吏竟将此一优良的社会融资政策，变作政府放债取息，增加库收的工具。二分利息，本已不轻，照韩琦说：“春贷十千，半年之内，便令纳利二千；秋再放十千，至岁终又令纳利二千。则是贷万钱者，不论远近，岁令出息四千。”则政府竟自成了盘剥重利的高利贷，难怪范镇要说：“物议纷纷，皆云自古来未有天子开课场者。”
宋代老百姓的租税负担，已经非常沉重，韩琦论青苗，又说：“今天下田税已重……更有农具、牛皮、盐钱、曲钱、鞋钱之类，凡十余目，谓之杂钱。每于夏秋起纳，官中更加细绢斛斗，低估价例，令民将此杂钱折纳。……诸如此类，不可悉举，取利已厚，伤农已深，奈何更引《周礼》，谓放青苗取利，乃周公太平已试之法。”
欧阳修说：“田野之民，安知周公泉府为何物？但见官中放债，每钱一百文，要二十文利耳。若使天下晓然，知非为利，只乞除去二分息，但纳本钱。”
青苗法不但重利盘剥，实行后，产生一个最大的流弊，就是“抑配”，即强迫摊配。原来诏令规定青苗钱的贷放是“取民情愿”则与之，不许追呼、均配和抑勒。而提举使务以多散（放）为功，订立各郡的定额，州郡要达到定额，只能不分贫富，像配给一样强迫借与，又使贫富相保，终于致使贫者还不出钱流散逃亡，富者为之破产。韩琦疏言：“今所立条约，乃自乡户一等而下，皆立借钱贯陌，三等以上，更许增借。借钱一千，纳一千三百，是官自放钱取息，与初诏相违。又条约虽禁抑勒，然不抑散，上户必不愿请；下户虽愿请，请时甚易，纳时甚难，将来必有督索、同保均赔之患。”所以苏轼说：“青苗不许抑配之说，亦是空文。果不抑配，其间愿请人户，必皆孤贫不济之人。家若自有赢余，何至与官交易？此等鞭挞已急，则继之逃亡，逃亡之余，则均之邻保。”
从此以后，全国各地的地方政府，每日忙于逮捕积欠官钱的贫户，官厅里则日夜鞭打这些穷人，很多人“因欠青苗，至卖田产、鬻妻女，投水自缢者，不可胜数”。
顾名思义，贷放青苗钱，当然只以农户为限，但官吏为欲邀功，竞争贷放的实绩，城市里本无青苗，也强迫市人接受放款。事闻于帝，神宗便问安石道：“坊郭安得青苗，而使者亦强与之。”安石勃然进曰：“苟从其所欲，虽坊郭何害。”
其性情的固执，不惜强辞夺理来卫护己见，实已到了不讲道理的程度。如三朝老臣富弼，看到皇帝如此专任安石，自忖无法争得过他，只好称疾求退。神宗问他：“卿即去，谁可代卿者？”弼荐文彦博，帝默然。良久，帝问：“王安石如何？”富弼也默不作声。
张方平极言新法之害，不忍亲见这样的朝局，力求外放。神宗多方挽留，而方平去意甚坚，遂出知陈州。陛辞时，神宗还问：“能复稍留乎？”对曰：“退即行矣。”
方平辟苏辙为陈州学官，二月，辙亦离京，苏轼更是孤单，后作《次韵子由初到陈州见寄》诗，有曰：
旧隐三年别，杉松好在不？吾今尚眷眷，此意恐悠悠。闭户时寻梦，无人可说愁。还来送别处，双泪寄南州。苏轼是个最不能忍事的人，面对如此的政事，不堪满怀失望，但也无处诉说，就又常常怀念故乡的祖宗坟墓，不知何年何月，才能实现还乡之梦。
其时，神宗欲用司马光为枢密副使，光固辞不拜。
神宗将这事就商于王安石，安石说：“司马光外托劘上之名，内怀附下之实。所言尽害政之事，所与尽害政之人。而欲置之左右，使与国论，此消长之机也。”
司马光是反对派的领袖人物，王安石不欢迎他，是当然之事，所以更进一层说：“光才岂能害政，但在高位，则异论之人，倚以为重。”
理想主义的人，常常看不起保守人物，认为他连害政的本事都没有，皆是他身边那些异论之徒在掀风作浪，意指苏轼、刘攽等人。
参知政事赵抃，为反对派遣青苗提举官，四出扰民，恳求去位，又出知杭州。
熙宁三年（1070），改诸路更戍法，立保甲法、募役法。