哲宗婚前，先已嬖幸刘婕妤。婚后，专宠如故。
宣仁太皇太后在时，有一次，刘婕妤随着孟后往朝景灵宫，礼毕就坐。嫔御皆应立侍，刘氏恃宠而骄，自以为与众不同，独自背立帘下。后阁中的陈迎儿呵责她，她亦不顾。宫人皆属中宫管辖，后宫中人对她非常不满。
这年冬至节，朝太后于隆祐宫，后用朱髹金饰的座椅，刘婕妤也要。侍从人员察知其意，就搬了一张相同的座椅给她。后宫中人心怀不平，有人假作传呼：“皇太后出！”皇后起立，婕妤亦起，她们便偷偷从后面将她的座椅搬开。等了一会儿，不见太后，刘婕妤回坐下去，便摔倒地上了。她向皇帝哭诉，并说以后再也不参加朝参了。内侍郝随安慰她道：“不必为此戚戚于心，愿为大家早生一子，这个座位就该当婕妤有了。”
刘婕妤处心积虑，必欲扳倒孟后。机会终于来了。
孟后之女福庆公主患病，后姊懂得医道，从前皇后有病，她尝出入宫掖，亲理汤药，但是这次，公主服药无效，她就带了道家治病符水进了宫。皇后大惊道：“姊莫非不知宫中禁严，与外间不同吗？”即令左右赶快收藏。等皇帝来时，照实禀明。哲宗说：“这也是人之常情。”
有了皇帝这句话，孟后才敢当着皇帝面前，烧这道符。
然而，宫中就沸沸扬扬传开来，说是历史上宫闱魇魅之乱开端了。
不久，皇后的养母、听宣夫人燕氏，尼姑法端，为后祷祠。有人检举其事，诏令内押班梁从政等就皇城司侦讯。侦讯中，逮捕宦官宫妾三十人，用各式各样的刑逼供，不但肢体毁折，甚至有舌头被割掉的。在这个样子的情形下，无求不得，这案子当然成立了。
但是，内臣鞫狱，恐怕遭人批评，所以又命御史董敦逸覆按。罪人过庭下，皆已气息奄奄，没有一人还能开口说话。敦逸把了笔，实在写不下去，郝随等就在旁以言语胁迫他。敦逸畏祸，照他们的意思上了奏牍。
于是，诏废皇后为华阳教主玉清妙静仙师，出居瑶华宫，时在绍圣三年（1096）九月。
章惇、蔡卞趁这个机会，向皇帝建言：宣仁太后曾有“废立之议”。指是范祖禹、刘安世为禁中觅乳媪事争言而起。皇帝回忆起当时的情形，便告诉章惇说：
元祐初，朕每晚只在宣仁寝处前阁中寝，宫嫔在左右者凡二十人，皆年长者。一日，觉十人非寻常所用者。移时，又十人至。十人还，复易十人去。其去而还者，皆色惨沮，若尝泣涕者。朕甚骇，不敢问。……后乃知因刘安世章疏，宣仁诘之。35章惇辈的报复手段，固然毒辣，而根源还是在于哲宗之引虎狼为腹心。
废后前一个月（绍圣三年八月），清算谏觅乳媪那节旧事，范祖禹、刘安世二人遂坐“构造诬谤罪”，范被责授昭州别驾、贺州安置，刘被英州安置。章惇的用意一在报复，一在杀鸡儆猴，钳制天下之口，使废后大事可以顺利成功。
废后一年后，封刘婕妤为贤妃。
自从这件大事成功之后，章惇有专宠的刘妃为内应，他的政治地位已经巩固，报复的凶焰也就狂燎天下了。
四五个月后，三省同奏：“司马光等倡为奸谋，诋毁先帝，变更法度，罪恶至深。当时凶党，虽已死及告老，亦宜薄示惩责。”于是，司马光和吕公著追贬节度副使，再追贬为朱崖军司户、昌化军司户；夺赵瞻、傅尧俞赠谥；追还韩维、孙固、范伯禄、胡宗愈等遗表恩。
吕大防的哥哥自泾原入朝，帝问大防安否，嘱他代为致意，并说：“二三年可复见也。”不料这位老兄，竟将如此重要的密论泄露给章惇听了。章惇大惊，就非将这班元祐重臣逼往岭外不可，否则，夜长梦多，后患不堪设想。
于是，侍御史来之邵说：“司马光典刑未正，幸有刘挚尚存，是老天留给陛下来杀的。”三省同奏：“吕大防等为臣不忠，罪与司马光等不异。顷朝廷虽尝惩责，而罚不称愆，生死异罪，无以垂示万世。”因此，就有绍圣四年（1097）二月的一批谪命：贬吕大防为舒州团练使、循州安置；刘挚，鼎州团练副使、新州安置；苏辙，化州别驾、雷州安置；梁焘，雷州别驾、化州安置；范纯仁，安武军节度副使、永州安置。
此外刘奉世、韩维以次，三十七人，均遭谴谪。秦观亦在案内，以谒告及写佛书为罪，从监处州酒税官，削秩，徙郴州，后又编管横州。