降授知随州的吕大防行秘书监，分司南京，郢州居住；降授知黄州的刘挚，试光禄卿，分司南京，蕲州居住；降授知袁州的苏辙，试少府监，分司南京，筠州居住。在苏轼到达惠州之前，辙已回到元丰年间曾监酒税的江西高安去了。
章惇与苏轼之间，为何有这样的深仇大恨，文献无征，不甚明白。
哲宗绍述熙丰新政的这个时代，刚一揭幕，那些见风转舵的言官们，放下在京朝的执政大臣不论，第一个拿来开刀的，即是远在定州的苏轼，这情形甚不可解，有人解释为：其时哲宗已有召章惇为相之意，朝中做官的，都想拿打垮苏轼来作晋见新相的见面礼。果然如此，则章惇对苏轼“欲得之而甘心”的毒念，在当时的官僚社会里，必是尽人皆知的常识了。
苏轼被责知英州为闰四月初三，后二十余日，章惇才到京任职。他一登上相位，果有重议苏轼讪谤罪责之论，续有责授建昌军司马、惠州安置的后命，则章惇对苏轼的恶意，果是事实。
苏轼与章惇交识甚早，同游仙游潭时，苏轼不敢走两谷间的独木桥，章惇平步而过，毫不畏惧。苏轼说笑道：“子厚他日必能杀人。”
元祐初，同在京师，又一类似的故事：
章子厚与苏子瞻少为莫逆交。一日，子厚坦腹而卧，适子瞻自外来，摩其腹以问子瞻曰：“公道此中何所有？”子瞻曰：“都是谋反的家事。”12当时戏言，殊不知章惇今日，所要谋反的，所要杀的，却是苏轼。
有人说熙宁八年（1075），章惇知湖州，苏作《和章七出守湖州二首》诗，有“方丈仙人”一联，使章惇疑在讥嘲他的出身，因此结怨。
这话有个故事的背景：章惇的父亲章俞，少年时，行为很不检点，与他早寡的岳母杨氏私通，生了章惇。原想将这私生儿溺毙算了，幸得杨氏之母不忍，劝她留了一手，用一大盒，将这新生儿缄封在内，送与章俞。
章俞推算这孩子的五行（八字）很好，断定将来可以光大门楣，所以雇用乳母，将他养大了。后来登第做官，与苏轼相交，苏作《送章七出守湖州》诗，首联：“方丈仙人出渺茫，高情犹爱水云乡。”章惇疑心是在嘲笑他这不大体面的出身，因此怀恨在心。至绍圣开元，得相天下，遂逼令苏轼渡海，意在报复云云。13此说流传甚广，人云亦云，其实不确。
章惇出知湖州后五年，苏轼因诗狱一案，被谪黄州。那时候，忧谗畏讥，非至亲知交，不敢以文字与人，独与章子厚书，坦述自己和弟辙经济窘迫的情况，娓娓详道黄州的生活；可见他们之间的交情依然深切。宰相王珪在神宗面前谗害苏轼，章惇代抱不平，苏轼贻书有“子厚平居遗我药石，及困急，又有以救恤之”的话，两人交谊何尝有所芥蒂？
元祐初，章惇知枢密院事，与司马光时时发生摩擦，司马不堪虐侮，幸赖苏轼居中调护和疏通，才得稍解。
这许多事实，皆足证明章惇于元祐元年春出知汶州，退出中枢政府之前，与苏轼的交谊还是非常完满的，并无嫌怨。可是，章惇这次离京以后，惇轼之间，确也再无往来形迹。
当然，元祐时期，苏章二人的政治立场不同，内外有别，使他们疏远了，这是非常自然的情势，不足以发生深仇大恨。所以，章惇相天下，首欲除掉并不在朝的苏轼，后又千方百计，非欲置之死地不可，恐怕私怨的成分不大，而是政治夺权的情势下，严重的猜疑所造成的祸患。
问题的症结，恐怕还是在于苏轼与哲宗的关系。
哲宗皇帝生性仁厚，少时有“不践蝼蚁”的美德，所以绝对不是一个毫无人性的帝王，只因年少识浅，感情冲动，心理不太正常，便被小人利用而已。
哲宗的仁厚，从下面的事例可以看得出来。苏辙当廷顶撞，皇帝已经盛怒；但于出知汝州，侍御史虞策以为罪重责轻，乞加远戍时，哲宗便说：“已谪矣，可止也。”吕大防既谪安州，他的哥哥大忠自泾原入朝，哲宗还问：“大防安否？”而且说：“执政欲迁诸岭南，朕独令处安陆（湖北），为朕寄声问之。大防朴直，为人所卖，二三年可复见也。”
可见这青年皇帝，还算是个非常念旧的人。
哲宗之与苏轼，关系更不平常，自他十岁登位以来，苏轼即是侍从的近臣；经筵讲读，师生之间，相处融洽，又与程颐说书不同。翰林学士，职司天子的侍从兼顾问，天子任何行动，翰林学士皆预坐，几乎时时不离左右；至为翰林承旨，更独承天子的密旨，论君臣关系之近密，更无逾于此职者。任何人都会想到，哲宗对这旧臣，不会永远弃置的。即如苏轼已经出知杭州，宫中有派使者赴杭之便，哲宗还悄悄地亲自缄封一包茶叶，密赐苏轼。