“陛下即位，兄轼方起自谪籍，臣亦被召。清臣时为左丞，今日反谓臣兄弟变先帝之法，是欺也。”
清臣语塞。
李清臣肆无忌惮，竟以诋毁国策的话做御试进士的策题，荒谬达于极点；不过小人之敢于如此，自然有其背景。苏辙明知皇帝心病很深，已经很容易地中了小人的蛊惑，朝局的翻覆在旦夕之间。只为仰体太皇太后的苦心孤诣，缔造元祐之治的前辈们的心血流注，在这九年间，他以一个秘书省校书郎洊升到副相的地位，因此不能不以最大的道德勇气，宁冒杀身的凶险，奋起上奏：
伏以御试策题，历诋近岁行事，有欲复熙宁、元丰故事之意。臣料陛下必无此心，必有人妄意陛下牵于父子之恩，不复深究是非，远虑安危，故劝陛下复行此事。此小人之爱君，取快于一时，非忠臣之爱君，以安社稷为悦者也。这篇奏文，劈头说破政治变革的症结在于小人的媒孽。接着阐述神宗在位近二十年中有利无害的“睿算”，元祐以来，上下奉行，未尝改变的事实。续言熙丰间也有措置失当的地方，这是任何一个朝代都有的事情，“父作之于前，子救之于后，前后相济，此则圣人之孝也”。他举汉武帝讨伐四夷，大兴宫室，使财政破产，赋税繁重，民不堪命，幸赖昭帝委任霍光整理财税，汉室乃定；光武显宗察察为明，迷信谶语，天下恐惧，章帝接位，代以宽仁之政，后世称焉，这是历史上以子改父的事实。继言本朝的故事：真宗迷信天书，章献后藏书梓宫，以泯其迹，仁宗嗣位，绝口不言；英宗自藩邸入继大位，为了本生父濮王尊称的问题，盈廷议论，纷纭不休，闹了几年，神宗即位，再也不谈此事。苏辙遂下结论说：
……夫以汉昭章之贤，与吾仁宗、神宗之圣，岂其薄于孝敬而轻事变易也哉，盖有不可不以庙社为重故也。是以子孙既获孝敬之实，而父祖不失圣明之称。臣愿陛下反复臣言，慎勿轻事改易，若轻变九年已行之事，擢任累岁不用之人，人怀私忿而以先帝为词，则大事去矣。奏入，皇帝看了，怒道：“安得以汉武比先帝！”李清臣和邓润甫又从中挑拨，皇帝心里更是不悦。
苏辙等得没有消息，再上札子，请求面论。札言：
圣意谓先帝旧政，有不合更改，固当宣谕臣等，令商议措置。今自宰臣以下，未尝略闻此言，而忽因策问宣露密旨。譬如家人，父兄欲有所为，子弟皆不与知，而与行路谋之，可乎？皇帝看了这份札子，更加愤怒。次日殿上面论，即先降谕诘责曰：“人臣言事，并无所害。但卿昨日以札子奏谓机事，不可宣于外，请秘而不出，今日乃对众陈之。且引汉武帝以上比先帝，引喻甚失当。”
哲宗亲政后，临朝的态度威重严肃，睥睨朝士，说话非常激烈，使群臣不敢仰视，无不凛惧。苏辙不知道这个引喻会有问题，所以坦然答奏：
“汉武帝，明主也。”
“卿所奏汉武帝外事四夷，内兴宫室，立盐铁、榷酤、均输之法，实则止谓武帝穷兵黩武，末年下哀痛之诏，岂是明主！”
皇帝说这段话时，声色俱厉，苏辙被皇上严厉责斥得只好下殿待罪，众莫敢救。
右仆射范纯仁从容向帝解释道：
“武帝雄才大略，史无贬辞；辙以比先帝，非谤也。陛下亲政之初，进退大臣当以礼，不可如呵斥奴仆。”
邓润甫越次进曰：“先帝法度，为司马光、苏辙坏尽。”
纯仁说：“不然，法本无弊，弊则当改。”
帝曰：“人谓秦皇汉武。”
纯仁对曰：“辙所论，事与时也，非人也。”
皇帝的火气被范纯仁这番话略略化解，天颜稍霁。
苏辙平日与范纯仁不合，至此，乃大为感服。纯仁退下殿来，苏辙举笏长揖，谢曰：“公，佛地位人也。”
归家，亟亟具奏，乞赐屏退。
诏以苏辙为端明殿学士，知汝州。中书舍人吴安诗草制，中有“文学风节，天下所闻”“原诚终是爱君，薄责尚期改过”的话，皇帝看了，非常生气，手批道：
苏辙引用汉武帝故事，比拟先帝，事体失当。所进入词语，不着事实。朕进退大臣，非率易也，盖义不得已，可止以本官知汝州。仍别撰词进入。吴安诗便因这篇诰词，被侍御史虞策、殿中御史来之邵、监察御史郭知章等指摘为“重轻止徇于私情，褒贬不归于公议”，罢起居郎。