子珪僧从前已获朝廷赐予紫衣，这次苏轼又上状为他请得“惠迁”师号，用以酬谢他两次修井的营干劳苦。13
然而问题是一个接着一个发生的，钱塘六井虽然修好了，但是六井的水源则在西湖；若是西湖的水源不足，不但六井归于无用，即辛苦浚治的运河，不得不取给于江水，江满必挟泥沙以俱来，仍将三年一浚，劳民伤财事小，为患闾里之害更大。
西湖湖水不但供给居民饮用而已，白乐天治湖，做石函泄水，湖水灌溉附近的田亩，达千顷之巨。吴越王时代，特置撩湖兵士千人，日夜开浚。自入宋朝以后，西湖被定为皇家放生池，就疏忽了浚湖的工作，每年干旱时节，水草丛生，横长蔓出，在湖面上出现了一块一块的葑田，葑田占据了湖面，湖水无所容纳，便越来越少了。苏轼说，他做本州通判时，湖上葑田还只占十之二三，到现在相距不过十五六年，湖面已经堙塞了将近一半。
开浚西湖工程，先由杭州父老农民一百一十五人到帅府来请愿，他们说：“西湖之利，上自运河，下及民田，亿万生聚饮食所资，非止为游观之美。而近年以来，水面日减，茭葑日滋，更二十年无西湖矣。”苏轼奋然道：“使杭州而无西湖，如人去其眉目，岂复为人乎！”
钱塘县尉许敦仁也建议“西湖可开”，他说：“议者欲开西湖久矣，自太守郑公戬以来，苟有志于民者，莫不以此为急，然皆用工灭裂，又无以善其后。……”
所以始终无人办好。但看西湖形势，三面环山，一角通江，虽以风景名胜腾誉天下，其实却是杭州城的一大蓄水潭，群山所受的雨水，流注西湖，干旱时期的农田灌溉和全城居民的饮水，莫不取给于此。西湖堙塞了，山水无所容蓄，稍遇干旱，即成灾害。所以开湖是民生乐利的水利工程，并非只为“游观之美”。
苏轼和各方面商议决定，既是为民兴利的事，必须克服任何困难，说到做到。苏轼遂于元祐五年四月二十九日，上《乞开杭州西湖状》，请再赐度牒五十道，配合本州赈饥余款，就可将湖面葑草二十五万丈清除干净，使西湖复唐之旧。照宋朝立法，本州节余款项，知州有权动用。苏轼就利用手头现有一万贯钱、一万石米的节余，足够支应十万人工。以每工开葑一丈计算，就可添得十万丈的水面，全湖积葑二十五万丈，已可消除十分之四。所以拜发奏状前一日——元祐五年四月二十八日，他已差派捍江船务等兵士五百名，先已动手铲除葑草，搬载湖泥；一面再分派民工参加作业，这些民工都是仰赖救济的灾民，以工代赈，减少政府的负担。
自开工之日起，苏轼闲日一至湖上，亲自督察工事的进行，奔走于砾石泥淖之中，甚至忘记回家吃饭，好在他生活习惯简率，就便与堤工同吃。施德操《北窗炙輠录》说：“筑新堤，坡日往视之。一日，饥令具食，食未至，遂于堤上取筑堤人饭器，满贮其陈仓米一器，尽之。”
他借钱塘门外大佛头山，即石佛院的十三间楼，作他的临时办公处。这石佛头山旧称始皇缆船石，僧人思净刻山为佛，筑院，与寿星院为邻，都在万松岭山麓。开工后七日即是端午假日，游人都出钱塘门到十三间楼来玩，苏轼也在那里督工，看到湖上游人如织，那样热闹，心里好不高兴。作《南歌子》词，题为“杭州端午”：
山与歌眉敛，波同醉眼流。游人都上十三楼，不羡竹西歌吹古扬州。菰黍连昌歜，琼彝倒玉舟。谁家水调唱歌头，声绕碧山飞去晚云留。辅佐苏轼主持开湖工程最力的，一是驻杭州的两浙兵马都监刘季孙，所用的兵工，完全靠他调度和督率，他每日由万松岭以至新堤，往来奔走，不辞劳怨；第二个是监杭州商税的苏坚，他娴习水道工程，故能担当这个非常重要的角色；第三个是钱塘县尉许敦仁，他首先建议西湖可开，且又是他所辖属地区的分内公事。所以此一工程中，这三个人的贡献都很大。
治湖所需最重要的条件：一是人力，二是船只。
人力方面，工兵自有常业，调拨有一定的限度，加上以工代赈的夫役，还是不够，船只缺乏的情形更严重，等到奉准全面开湖之日，这两项短缺，就成了非常困扰的问题。苏轼亲自写信给秀州的章致平求救，要他集合秀州人船前来助役，语气迫切，可见当时工程紧张的情况：
公见劝开西湖，已动手成伦理矣，想不惜见助。赃罚船子，告为尽数刬刷，多多益佳。……仍告差人驾来，本州诸般，全然阙兵也。至恳！至恳！湖中刬下来的葑草，挖出来的湿泥，往哪里放呢？苏轼周视良久，口中喃喃：“今欲去葑田，葑田如云，将安所置之？”后来他从西湖原有自西至东的长堤和白乐天筑堤得到灵感。那两道湖堤是这样的：