二十年后，苏轼重来，苛酷的新法已经革除了，现在情况，已与从前不同。元祐五年除夕，检点狱讼，竟是“庭事萧然，三圄皆空”。
苏轼听到这个报告，欢喜满足之余，认为此“盖同僚之力，非拙朽所致”。和前篇韵作诗呈公济、子侔两通判：
山川不改旧，岁月逝不留。百年一俯仰，五胜更王囚。同僚比岑范，德业前人羞。坐令老钝守，啸诺获少休。却思二十年，出处非人谋。齿发付天公，缺坏不可修。三 治六井·开西湖
古代社会缺乏公共卫生设施，任何地方水旱灾荒之后，一定会发生瘟疫，瘟疫蔓延，也必有大批大批的人死亡。
果然，杭州于干旱之后，翌（五）年三月间，气候转暖，疫病随即大作，照苏轼说：“杭州是水陆交通之区，因疫病死者，比他处常多。”
苏轼立即实行两项救济措施：一是设置病坊，一是施药。
他拨出结余官钱两千贯，自捐私款黄金五十两，在城中众安桥设置病坊一所，取名“安乐”，遴选僧人主持施医的工作。规定每年从钱粮（即田赋）中留出病坊的常年经费，三年内医逾千人者，对主持僧人，呈由朝廷赐与紫衣。10
既设病坊，他又自费修合药剂——圣散子，施送贫病。这圣散子的功效，苏轼自记：
昔尝览千金方三建散云：风冷痰饮，症癖痎疟，无所不治。而孙思邈特为著论，以谓此方用药节度，不近人情，至于救急，其验特异。乃知神物效灵，不拘常制，至理开惑，智不能知。今仆所蓄圣散子，殆此类耶？据他说，此药表里虚实，一切不问，凡阴阳二毒状至危急者，连续饮服数剂，立即汗出气通。如遇时疫流行，于天明时用大釜煎煮，不问老少良贱，各服一大盏，就能使疫气不入其门；如是平常疾病，空腹一服，也能饮食倍常，百病不生，真是“济世之具，卫家之宝”。
这圣散子药效如此神奇，简直就是万应灵丹；而且所用都是中下品的药科，每服成本只要一钱。所以苏轼劝人施药，必曰“千钱可救千命”。四年春间杭州这场时疫中，苏轼自费修合此药，广事施舍，据说，“得此药全活者，不可胜数”。
这个秘方，苏轼得来不易：
其方不知所从出，得之于眉山人巢君谷。谷多学，好方秘，惜此方不传其子，余苦求得之。谪居黄州，比年时疫，合此药散之，所活不可胜数。巢初与余约不传人，指江水为盟。余窃隘之，乃以传蕲水人庞君安时。安时以善医闻于世，又善著书，欲以传后，故以授之，亦使巢君之名与此方同不朽也。一千多年前的苏轼，就反对家传秘方，认为应将验方公开，博施济众。
苏轼初从巢谷手上得到这个秘方的时候，他在黄州贬所，经济情况很不宽裕，然而还是合这个药，施舍别人。11
疫病期间，失时旷业，饥民必然骤增，苏轼又命人设厂煮粥，普施贫病。
苏轼去任后，所设病坊，改名“安济”，从城中众安桥迁至西湖上，办了没有几年，就停废了。南宋周煇言：四十年前见到祥符寺一老僧，称其先师曾隶安济坊，现在杭州虽为陪都，却不见官府再办这种拯民疾苦的社会事业。
饮水，与人们的健康和防止疾病传布，关系非常密切。苏轼为解救杭州旱灾，费了半年功夫，浚治了茆河、盐桥两道运河，疏通了航运，供给了居民洗濯用的水，但还不能解决人民日常饮水的问题。
杭州，本在水底，由沧海变成桑田，故虽渐为城市，而水泉咸苦，居民还甚稀少。唐李泌始造六井，汲引西湖群山所出的淡水，供应民饮；白居易继复治湖浚井，筑石函隔绝江水，饮水问题才获充分解决。
至熙宁五年（1072），钱塘六井年久失修，居民又苦水不够饮。时陈襄来知杭州，苏轼为通判，命僧人仲文、子珪、如正、思坦等负责修整，自擘划以至工程的点验，苏轼亦均参与其事。钱塘六井对于杭州居民饮水的关系，苏轼有极深的了解，当时并应陈襄之请，为撰《钱塘六井记》一文，石刻于相国井之亭上。12
十六年后，沈公井又告淤塞了，时又灾旱，军民皆苦无水。苏轼想起前事，就各处寻觅熙宁年间负责修井的这几个和尚。四人中只剩下子珪一僧尚在人间，虽然已七十，但幸精力未衰。苏轼问他：“沈公井何以又坏了？”他说：“熙宁中虽已修好，但当时系用毛竹来做水管，所以容易腐坏。”于是改用瓦筒作管，又将瓦筒盛在石槽中，两边以砖石培瓷固护，底盖力求坚厚，锢捍周密，费时不过一二月，即已完工。井既修复，则西湖淡水，几乎遍于全城，家家都有可饮之水了。