苏轼七月到任，正是铄石流金的炎夏时节，干旱之灾已成。他最先注意到的是当时主要的交通命脉——运河干浅所造成的交通瘫痪，因而货运阻塞，使谷米薪刍全面涨价。
解决水的问题，是拯救干旱的根本，也是疏通货运、平抑物价的唯一办法。苏轼前任杭州通判时，曾与当时的知州陈襄共同擘划过杭州的水源，在这方面他有相当的了解，因此很快接受临濮县主簿、监杭州商税苏坚（伯固）的建议，第一步浚治杭州的两条运河：一是南抵龙山浙江闸口，北出天宗门的茆山河；一是南至州前碧波亭下，东合茆山河而北出余杭门的盐桥河。
他先调集捍江兵士及诸色厢军千余人，浚治这两段河道，各有十余里。以茆山一河，专受钱塘江的江水；以盐桥一河，专受西湖淡水。因为若不把这两道运河的水源分别隔开，则每天江潮来时，随着潮水带进大量泥沙到运河里来，不出三五年，河道依然要被淤塞，前功尽弃。所以这次工程不但河分两道，又在钤辖司前创建一座水闸，每天江潮上时，关闭闸门，使龙山江潮只能从茆山河出天宗门而去；等过了一两个时辰，潮平水清，才开闸门，则江潮中挟带的泥沙，就不会流入穿越市内的盐桥河，大部分流经城市的运河也就不会淤塞了。茆山河流，全在市区外的乡野之地，浚治淤积，便无碍城中的商市和居民。
此一工程自元祐四年十月开工，不到半年，即已完成。两河河床受水的深度，都在八尺以上，于是客货船运，顺利通行。杭州的父老们都一致赞颂，说三十年来，开河未有如这次那么深、那么快的。
治水救旱，浚河通航是解决问题的一半，而另一半的任务则为充裕人民日用的水源。根据苏坚的建议，原来西湖淡水贯城进入清湖河者，大小共有五支水道，但却都从清湖河直下，径出余杭门，不复与城中运河相灌输，未加利用，最为可惜。因此他们在涌金门内小河中，造一座小堰，使暗门和涌金门二道所引湖水，注入法慧寺东沟中，沿此添凿四五道新沟，引入市内猫儿桥河口，由猫儿桥河口流入新水门而至盐桥河——这就是盐桥河专受湖水（亦即淡水）的导流工程。
盐桥河的下流，容纳江潮的清水，上流有西湖活水流性，有此两大水源，则城中居民便永无缺水之忧了。这湖水所过曲折之处，分别设置石柜贮水，老百姓可以汲用洗濯,并可为救火消防之备。苏轼与苏坚商定了这个计划，再叫仁和知县黄僎去实地相度，又亲率僚吏躬自验视，认为确凿无疑，就用以工代赈的办法，将这小堰和凿沟的工程于元祐五年四月二十日开工做了。
苏轼原来请求留上供米一半或三分之二，用以赈灾，而朝廷所许只有三分之一。照他的估计，还差三万石，他只引领期待朝廷能够如数给赐二百道度牒，可以让他先用来调节粮米，再修官屋。
其时淮南路也报灾伤，朝廷将它并成一案办理，准了两浙、淮南路，各赐空名度牒三百道，付各路转运使，命与提刑、两路钤辖司洽商分配。
这宗公事的主管是转运使叶温叟，他在出巡各州勘灾途中，奉到圣旨，却不会商有关官署，擅自作主，把它分配了，杭州只配得度牒三十道。
这使苏轼大为不平，立刻上奏《论叶温叟分擘度牒不公状》。状言：度牒的分配，应该依州郡大小、户口众寡、灾伤程度的深浅来定配额，现在叶温叟不经会商，擅自分配，已经违背了诏令，而他独出私意，只分与杭州三十道，更不公平。如润州人户，仅为杭州的十分之三，而且并未报灾，他却分与度牒一百道；其余或多或少，任意支配，漫无准则，致使“杭州百姓，例皆咨怨，将谓圣恩偏厚润州，不及杭州”。4
苏轼在状中再度详申杭州缺米的严重，乞赐指挥于三百道度牒内支一百五十道与杭州。
叶温叟与苏轼是进士同年，两人议事每不相合；不过，公事虽然要争，但不妨碍私谊。此事之后的元祐六年（1091）正月，叶温叟以主客郎中被召还京，行前还与苏轼一同视察新河。将行，轼作《浣溪沙》小词为他送行，还希望将来再在杭州相逢：
阳羡姑苏已买田，相逢谁信是前缘。莫教便唱水如天。我作洞霄君作守，白头相对故依然。西湖知有几同年。这段度牒公案，卒于五年五月获得解决，由朝廷加赐两浙、淮南度牒六百道，其中杭、扬二州，各得百道。
于是，杭州且有钱余，可作开湖的部分经费了。5