幸而定国于启程前先已来了信，使苏轼有机会倾吐自己的歉疚。复书曰：
某启：罪大责轻，得此甚幸，未尝戚戚。但知识数十人，缘我得罪，而定国为某所累尤深，流落荒服，亲爱隔阔，每念至此，觉心肺间便有汤火芒刺。今得来教，既不见弃绝，而能以道自遣，无丝发蒂介，然后知定国为可人，而不肖他日，犹得以衰颜白发，厕宾客之末也，幸甚，幸甚。苏轼认为王巩是两代宰相家的贵族子弟，一向娇生惯养，怕他吃不了远谪南荒的辛苦，谁知定国却很坚忍刻励，和苏辙在筠州一样，晨起到税局去做盐税酒税的杂事，下班后，穷经著书或则诗酒自娱，生活得还很安宁。
在黄州的第三年，王巩自宾州寄诗来，苏轼有《次韵和王巩六首》之作，清清楚楚写出他的歉疚，要为他祈祷的沉重的心理：
况子三年囚，苦雾变饮食。吉人终不死，仰荷天地德。…………此行我累君，乃反得安宅。苏轼在黄州，最常挂念的，也是远谪广南的王巩。那年重九，登栖霞楼，凄然歌《千秋岁》词，所念即是定国：
霜降水痕收，浅碧鳞鳞露远洲。酒力渐消风力软，飕飕，破帽多情却恋头。佳节若为酬，但把清樽断送秋。万事到头都是梦，休休，明日黄花蝶也愁。此词末句，特为引用从前在徐州逍遥堂中，夜与定国和诗的旧句，缱绻的旧情与无凭的人事，交织成寥落无归的沉哀，自有一种震撼感情的力量，使当日同座诸人，不论认不认识王巩的，都为之想望这位漂泊岭外的朋友。
所幸元丰六年，王巩先自宾州放归，苏轼欣慰非常，作《次韵王巩南迁初归二首》，对于定国“归来貌如故，妙语仍破镝。那能废诗酒，亦未妨禅寂”，平安度过一场因他牵累而起的灾难，庆幸之情，溢于言表。
其实，在这三年中，定国的遭遇很坏。“以余故得罪，贬海上三年，一子死贬所，一子死于家，定国亦病几死。”（《王定国诗集·序》）但是王巩从来不怨苏轼，还时时和他谈论昔日徐州从游之乐的旧事，苏轼一面欣然见他“十年冰蘖战膏粱，万里烟波濯纨绮”的新境界，一面则怅然对他说道：“却思庾岭今何在？更说彭城真梦耳。”新近度岭的痛苦经验都已悄然过去了，那里还有徐州游乐的梦痕。经历忧患的苏轼，深深体认了人生的虚幻。
写上述诗时，苏轼也已离开黄州，在江淮一带求田问舍，预定明春去南都谒见王巩的岳父，乐全老人张方平。后来王巩去了汴京，所以苏轼到扬州、到南都，似乎都未曾与他相见。
定国有一歌姬，姓宇文，名柔奴，眉目娟丽，颇善应对。其家世住京师，从定国南迁，苏轼后有一次问她：
“广南风土应是不好？”
“此心安处，便是吾乡。”柔奴回答。
这似是一句非常平凡的话，但在一个体验过忧患的人听来，却如针刺要穴，凛然感到语中充满着哲理和智慧，特地为她填了一阕《定风波》词：
常羡人间琢玉郎，天应乞与点酥娘。自作清歌传皓齿，风起，雪飞炎海变清凉。万里归来年愈少，微笑，笑时犹带岭梅香。试问岭南应不好，却道：此心安处是吾乡。元丰八年（1085），宣仁太皇太后听政，下诏求直言，一时上封事者五千件，司马光看详，以孔宗翰居第一，定国第二，因此得早两年“磨勘”，司马光荐为宗正寺丞。元祐元年八月，本来已有颍州通判的新命，尚未赴任，苏轼荐举他充“节操方正可备献纳科”的制科试，不料为台谏们斥为奸邪，斥为谄事苏轼。这句话非常刺激苏轼，不得不大声驳斥道：“臣与王巩，自幼相知，从我为学，何名谄事？台谏要攻击的是我，王巩受我连累而已，这样无理诬陷，能不令人悚惧？”一阵扰攘之后，王巩终被出为西京通判，他又是苏门中第一个代罪的羔羊。
因此，苏轼和王巩元祐初同在京师的时间，还不到一年。王巩在西京通判任上不过七八个月，二年秋间又转任扬州通判。其时，京师的党争已很激烈，苏轼自己正在进退两难的煎熬中，所以并不希望他回到这红尘滚滚的京朝里来，因作《次韵王定国倅扬州》诗，劝他不要再落红尘，在扬州好好写书：
此身江海寄天游，一落红尘不易收。未许相如还蜀道，空教何逊在扬州。又惊白酒催黄菊，尚喜朱颜映黑头。火急著书千古事，虞卿应未厌穷愁。然而，定国在扬州不到一年，又被人打下来了，三年秋后，回到汴京。