司马光忍受不住，接着奏道：“纯仁、祖禹做谏官，甚合众望，不可因臣之故，妨碍贤路，臣宁愿避位。”
“韩缜、司马光、吕公著必不至于徇私，但如他日有怀奸当国者据此为例，引用亲党做台谏，恐非国家之福！”章惇理直气壮地奏说。
这场争论的结果，改范纯仁为天章阁侍制，范祖禹为著作佐郎，其他三人顺利通过。苏辙于他老哥奉旨起复时，先已移知歙州的绩溪县，不久又以校书郎自绩溪被召入京，至此则已跻登谏垣了。苏辙初得校书郎时兴奋非凡，作《初闻得校书郎示同官》诗：“读书犹记少年狂，万卷纵横晒腹囊。奔走半生头欲白，今年始得校书郎。……”这也难怪，苏辙十九岁成进士，廿三岁登制科，淹滞于九品小官者达二十余年，到此才稍扬眉吐气。
章惇所争的，是政府重要人事的任命，不经过宰相的审核进拟，径由“宫廷”除目，显属侵害了相权，并非没有道理，无奈说话的态度有欠庄敬，台谏们就抓住这一弱点，对他开始攻击起来。
后来王岩叟有奏：“风闻章惇于帘前问陛下御批除谏官事，语涉轻侮。又问陛下从何而知，是不欲威权在人主也，乞行显黜。”
刘挚和朱光庭则攻击蔡确于神宗皇帝灵驾发引时，既不遵礼入宿幕次，复先驰数十里之远以自便，“为臣不恭，莫大于此”。
虽然，太皇太后对此弹章“留中不报”，然而朝中的御史官和台谏们认为国家安危，系于大臣。而现在执政大臣中，奸邪过半，如蔡确为左仆射，韩缜为右仆射，张璪为中书侍郎，李清臣为尚书左丞，章惇为知枢密院事，实际政权完全在他们手上。旧派的一二元老何以得行其志？这是当时热衷更化的朝士们一致的认同，他们在积极酝酿，只侍时机成熟，非要伐倒这几棵“敌派”的大树不可。
二 从调和到冲突
司马光为门下侍郎，章惇知枢密院，几个月间，两府之间的关系，已经搞得非常不好。司马光的脾气，虽然不如王安石的“拗”，但也十分固执；而章惇则秉性豪强，从不让人，共事未久，摩擦已经很深，几已到了冰炭不能相容的地步。每遇口舌相争的场合，司马光是个恂恂儒者，拙于言辞，而章子厚则躯干修伟，实大声宏，再加口齿锋利，咄咄逼人，弄得司马光真已不堪他的百般虐侮。苏轼与章惇多年老友，现在身当两大之间，义不容辞，应该挺身出来，做这个调人。
于是往见章惇，对他侃侃言道：“司马君实时望甚重。从前许靖因为虚名无实，为蜀主刘备所轻视。法正说：靖有虚名播于四海，若不礼遇，他人以为我们贱视贤者。刘备立即接受他的建议，以许靖为司徒。您想，许靖尚且不可轻侮，何况君实？”章惇认为苏轼的话对，以后对司马的态度，缓和了不少。
苏轼抵京才半个月，朝廷降告命：迁起居舍人。苏轼起于忧患未久，不愿骤然跻登清禁重地，两上章请辞，皆不许，他只得亲往谒见宰相蔡确，恳切面辞。
蔡确说：“公回翔已久，论资望，朝中无人更出公右。”
苏轼坚决辞谢。
“今日谁当在公前者？”蔡确问。
“前与林希同在史馆，他年龄比我长。”他举林希来代替自己。
“林希真的应该在你之先吗？”蔡确略作沉吟，摇头不应。
苏轼举以自代的林希，字子中，福建人，与苏轼、顾临、胡宗愈等，都是开封府举人试的同年。治平三年曾与苏轼在史馆共事，现在外任。苏轼推他自代，虽未获许，不过因此也被执政方面注意到了这个人，不久召回中枢，补了记注官。
宋制：起居郎、起居舍人谓之左右史，职掌宫廷记注和机要政务，俗谓“小侍从”。苏轼既任起居舍人，元祐元年二月以七品服入侍延和殿，蒙恩改赐银绯。
宋朝官员的服式，有严格的规定，文臣自入仕时起，着绿袍，满二十年才赐换绯袍和银鱼袋，换穿绯袍后再过二十年，才能赐换紫袍、佩金鱼袋。苏轼入仕，如以仁宗嘉祐六年（1061）中制科授大理评事起计，至元祐元年（1086），为时则已二十五年，但因中经顿挫，所以直到此时才得换绯挂银，并获诏赐对衣、金带、金镀银鞍辔马。
司马光执政后，一方面大刀阔斧地调整人事，一方面陆续废止熙丰年间实施的新法。元丰八年七月罢保甲法，十一月罢方田法，十二月罢市易法、保马法。元祐元年闰二月，被人反对得最激烈的青苗法，也告罢废。