《三经新义》也是当时及后世许多攻击王安石的人的一个借口。据历史记载，苏嘉在太学读书，老师颜复曾经以王莽变法和后周宇文氏变法为题考这些学生，苏嘉在文章中极力表示对变法不赞成。他的文章被老师列为优等，激怒了王安石，把各位学官都赶走了，让李定、常秩同判监事，重新选用学官，不是执政者喜欢的人一概不要，此后就颁发了《三经新义》一书。考察王安石平日的言论，他总是把一种学术当作端正人心的根本。那么，历史中的记载应该不是对他的诬蔑，这实在是王安石为政纲领中最丑陋的部分。大概社会要不断进化，确保其思想自由是第一位的。所以，当今之世谈论政治的人在各个方面都要求整齐划一，把这当作惯例，只有在学术上则完全相反，主张百家争鸣，信仰则尊重每个人自己的选择。真理总是越辩越明，人的心灵只要疏通，就不会枯竭。用强制的手段要求大家信奉一种思想，这只能使思想被禁锢。自从汉武帝罢黜百家以来，中国学术史上再也没有光芒四射的局面，就像王安石这样一个优秀的人，在这方面也重蹈覆辙，真是可悲啊！
不过，王安石当时并非在《三经新义》之外完全排斥其他思想，只不过要求大学以此作为教材罢了。既然设立大学，必定要有教育者，而且教育者必定有他所主张的学说。大学既然作为一个国家学术的生产部门，它的思想一定会在社会上作为主导而存在，这也是势所必然，是不能回避的。就像今日的日本，其帝国大学有两三位老辈学者的学说颇为一些年轻学者所反对，受到他们的抨击，但全国大多数学者还是要学习他们的学说，这也是没有办法的事。既然如此，也就不能过多地责备王安石了。如果因王安石排斥其他思想，就认为他破坏思想自由的话，那么他其实并没有禁止其他思想的传播，不过是提倡自己一家的主张罢了。学者有了他所主张的学说，一定想使其发扬光大并因此而改变世界，这不仅不违背常理，而且是负责任的表现，王安石有什么错呢？如果一个学者没有自己的主张，只是揣摩执政者的喜好，以此来换取高官厚禄，这才是学者在犯罪，而倡导新的学说的人并没有犯罪。
自从元祐年间将《三经新义》废除以后，南宋时的学者更是不遗余力地攻击《三经新义》，从那时开始，数百年来很多学者都羞于提它。《三经新义》中的《诗义》《书义》出自王安石的儿子王雱和学生之手，如今已经不在了。只有《周官新义》一书为王安石亲自撰写，清朝乾隆年间编修《四库全书》，还从《永乐大典》中找了出来，加以重新编辑，现在还可以见得到。我曾经找来读过，其中精要之处是很多的，实在是为我国经学研究开辟了一条新路，从汉代到今天，没有能够超过它的。这一点我会在“王安石的学术成就”一章中专门讨论，这里就不啰唆了。
但学者不认真思考，就随声附和，大肆诋毁、排斥、抵制王安石的思想，这就是韩愈说过的“蚍蜉撼大树，可笑不自量”吧？王安石不曾禁止别人学习他之外的学说，倒是反对王安石的人禁止别人学习王安石的学说。既然如此，那么束缚思想自由、言论自由的人是王安石呢，还是王安石的反对者呢？这又是不能不认真考察的。宋哲宗元祐元年（1086年），国子司业黄隐焚烧《三经新义》的书版，禁止学生们诵读他的书。大学的许多学生听说王安石去世了，想要设立灵堂进行祭奠，也遭到禁止。第二年，皇帝下诏禁止科举考试使用王安石的《三经新义》和《字说》。宋钦宗靖康年间（1126—1127），一个叫杨时的人上奏朝廷，竟把王安石的著作斥责为邪说，认为它污染了学者的耳目，请求朝廷追夺他的王爵，使歪理邪说不再迷惑学者。宋高宗绍兴六年（1136年），张浚为宰相，又一次重申禁止王安石学说的传播。由此看来，以王安石对比诸位贤德的学者，他怎么样呢？当时，看到杨时诋毁王安石的学说，御史中丞王过当即在朝廷之上弹劾他：
五经的意义很精深，因而各家的学说常有不同，这是很难避免的。把自己可以接受的视为正，把自己不能接受的视为邪，这是一种很大的失误和偏颇。前不久有人斥责苏轼的学问为邪说，并加以禁止，如今已经解禁了，允许采用他的长处，这实在是一种通达的见解。祭酒杨时矫枉太过，又来诋毁王安石的学说，把它视为邪说，这也是不对的。学生们习惯了引用王安石的学说，现在杨时提出要禁毁王安石的书，不允许学生们阅读，他们便聚集起来去找他理论。杨时竟闭门不敢出来，不得已，学生们才散去，这也足以证明杨时的做法是不能服众的。